В конце сентября стояли сильные туманы. В связи с дальнейшим ухудшением погоды в октябре месяце, когда запуск самолета и подъем его на палубу стали чрезвычайно затруднительными либо совершенно невозможными, указанные выше действия были прекращены.
В начале октября подводная лодка «I-25» потопила 2 танкера у западного побережья США и при наличии лишь одной оставшейся торпеды атаковала и потопила американскую подводную лодку. В конце месяца «I-25» вернулась в отечественные воды.
Тем временем подводные лодки выполняли и другие задачи. В марте 1942 года был запланирован воздушный налет на Пирл-Харбор с использованием летающих лодок. Командир подводной лодки «I-22» получил задание выбрать место, которое можно было бы использовать в качестве базы пополнения топливом летающих лодок на пути их перелета. Наиболее подходящим для этой цели оказался рифовый атолл Френч-Фригат. Лодка произвела также предварительную разведку района между Гавайями и о. Мидуэй. В конце февраля, в период подготовки к операции, подводные лодки «I-15», «I-19», «I-26» приняли запас авиационного бензина и вышли к атоллу. Подводная лодка «I-9» заняла позицию в районе между Маршалловым и о-вами и рифами Френч-Фригат, чтобы принимать радиодонесения с летающих лодок и передавать их в базу гидроавиации на атолл Джалуит (Маршалловы о-ва).
В воздушном налете на Пирл-Харбор участвовали крупные летающие лодки «типа 2» с большим радиусом действия. 4 марта на закате солнца летающие лодки благополучно прибыли с атолла Джалуит в район рифов Френч-Фригат. Заправившись с подводных лодок горючим, летающие лодки взяли курс на Гавайские о-ва, а семь часов спустя после захода солнца атаковали Пирл-Харбор и затем благополучно возвратились на базу в Джалуит.
В этот же самый день оперативное соединение военно-морских сил противника атаковало о. Уэйк, вследствие чего вторая атака наших летающих лодок была перенесена на 5 марта. Однако ее вскоре отменили, подводным лодкам было приказано занять позиции с целью перехватить соединение противника на его отходе от о. Уэйк.
В начале сентября 1942 года в связи с внезапным изменением обстановки в районе Соломоновых о-вов, как только стало известно, что противник принял решение силами 17-й армии начать первое общее контрнаступление на о. Гуадалканал, главнокомандующий Соединенным флотом адмирал Ямамото предпринял попытку организовать разведку самолетами гидроавиации обширного района к юго-востоку от о. Гуадалканал.
В середине сентября в этот район вышла подводная лодка «I-122», которая примерно в течение недели занималась заправкой летающих лодок топливом. Последние вели на широком фронте разведку позиций противника, что давало возможность нашим силам быть готовыми к отражению внезапных атак.
В период морских боев в южной части Тихого океана подводная лодка «I-26» вела разведку в районах к югу от Соломоновых о-вов. Лодка вышла из базы на о. Трук 4 октября и возвратилась обратно только 30 ноября. В районе Соломоновых о-вов лодка в течение нескольких дней производила заправку горючим летающих лодок, действовавших с базы гидроавиации, расположенной на о. Шортленд. В ходе этих действий подводная лодка наскочила на риф, но ей удалось сняться с него, продув цистерны и использовав задний ход, хотя три нижних носовых торпедных аппарата были при этом выведены из строя. В другом случае эта лодка была атакована американским самолетом «В-17», однако повреждение оказалось незначительным.
Несмотря на частые разведывательные полеты летающих лодок противника в районе рифов Индиспенсейбл, подводная лодка «I-127» смогла 10 ноября заправить горючим наши летающие лодки. В период отступления с о-ва Гуадалканал в январе 1943 года летающие лодки все еще могли заправляться горючим у рифов Индиспенсейбл, но уже к началу февраля подводные лодки не могли больше выполнять свою задачу из-за воздушных атак противника.
С каждым днем наступление американцев в районе Соломоновых о-вов и восточного побережья о. Новая Гвинея усиливалось, поэтому большая часть наших подводных лодок использовалась с целью нарушить подвоз пополнений противника, а также снабжать наши изолированные передовые базы.
В середине августа 1943 года, по данным разведки, стало известно, что на Гавайях сосредоточиваются и готовятся к новой операции крупные американские силы. Для уточнения этих данных штаб Соединенного флота решил послать туда подводную лодку «I-36». Она закончила подготовку к походу и в начале сентября вышла из Йокосука, прибыв к Гавайским о-вам в середине сентября.