В 1942 году было решено построить 18 больших подводных лодок, каждая из которых способна была принять на борт 3 самолета-торпедоносца. Прошел слух, что испытания самолета, который должен поступить на вооружение этих лодок, близки к завершению. Однако, пока ожидали окончания строительства лодок, военная обстановка продолжала ухудшаться. В декабре 1944 года было закончено строительство первой подводной лодки этого типа, то есть «I-400», а в январе 1945 года ожидалось окончание строительства лодки «I-401». Кроме того, для этих же целей были переоборудованы подводные лодки «I-13» и «I-14», которые могли принимать по два самолета. Переоборудование было закончено в январе и феврале 1945 года соответственно.
Все четыре подводные лодки были сведены в один отряд, командиром которого был назначен капитан 2-го ранга Аридзуми. В районе Внутреннего Японского моря приступили к проведению частичных испытаний. Лодки предназначались для выполнения операции по бомбардировке Панамского канала, но самолеты, которыми предполагалось вооружить лодки, еще не были готовы, поэтому отработка задач по выпуску их с лодок тогда была еще невозможна и осуществить ее удалось только в конце апреля 1945 года В процессе отработки были различные неудачи. Например, лодка «I-401» наскочила на мину, и выход отряда на выполнение задания был отсрочен. Планирование же операции заканчивалось.
Радиус действия подводных лодок типа «I-400» равнялся 40 тыс. миль, так что запасов горючего хватало с избытком на рейс до Панамы и обратно. Переоборудованные лодки типа «I-13» имели меньший радиус действия, поэтому пополнение их горючим в море должны были производить лодки типа «I-400». Лодки обоих типов должны были принять четырехмесячный запас продовольствия. Всего предполагалось взять 10 самолетов, из которых 6 вооружались торпедами, остальные 4 — бомбами. Планом операции предусматривалось нанесение двух ударов по шлюзам канала в каком-нибудь одном месте с тем, чтобы полностью их разрушить. При отработке задач был изготовлен макет шлюзов, по которым проводились многократные учебные бомбометания. В конце июня были проведены тренировки с каждым отдельным самолетом, во время которых разбились две машины.
Тем временем обстановка продолжала ухудшаться. Начались сильные воздушные напеты на территорию собственно Японии, которые предположительно были подготовкой к высадке десанта. В Японском море американская подводная лодка атаковала нашу подводную лодку «I-122», и вскоре стало невозможно найти безопасное место для отработки учебных задач. При создавшейся обстановке было совсем не до проведения операции против далекого Панамского канала. Так как имелась острая необходимость в подводных лодках для нанесения ударов по авианосцам противника, находящимся на якорных стоянках у о-вов Улити и в подмандатной территории, то было решено послать лодки «I-14» и «I-13» в Трук для проведения силами базировавшихся на них самолетов воздушной разведки в районе о-вов Улити. На этих лодках имелось по два новейших самолета-разведчика типа «Аягумос».
15 июня обе лодки вышли из Оминато, а утром следующего дня лодка «I-13» была потоплена американским самолетом авианосной авиации. Подводная лодка «I-14» благополучно прибыла в Трук. Вслед за ней туда же были направлены лодки «I-400» и «I-401». План удара по Панамскому каналу был пересмотрен. Самолеты лодок «I-400» и «I-401» вначале должны были произвести налет на о-ва Улити, а затем лодки после приема обратно своих самолетов должны были направиться в район Панамского канала.
Налет на Улити был запланирован на 25 августа. В начале августа подводные лодки «I-400» и «I-401» вышли из Трука на выполнение этого задания, но 16 августа окончилась война. Указанные две лодки водоизмещением по 3500 т каждая так и не добились никаких боевых успехов. Это были самые большие в мире подводные лодки. Три года планирования и конструирования пропали даром! Командир отряда капитан 2-го ранга Аридзуми застрелился перед приходом в Йокосука в конце августа 1945 года.