После наполнения водохранилища до отметки НПУ в 1990 году резко увеличился фильтрационный расход через тело плотины и зону контакта плотины и основания, достигнув в 1995 году 549 л/с в основании и 457 л/с в теле плотины против предполагавшихся проектом 100—150 л/с в основании и незначительных объёмов в теле плотины. Причиной увеличения фильтрации явилось образование трещин в первом столбе плотины между отметками 354 и 359 м, а также между отметками 376 и 380 м, трещинообразование на контакте бетона плотины и её основания, а также разуплотнение пород основания. …. Работы по инъектированию трещин в теле плотины, проведённые в 1996—1997 годах с помощью эпоксидного состава «Родур-624», показали хороший результат — фильтрация была подавлена до 5 л/с и менее. Опираясь на этот опыт, в 1998—2002 годах российскими специалистами были проведены работы по инъектированию трещин в основании плотины уже с помощью отечественного состава КДС-173 (смесь эпоксидной смолы и модифицированного каучука), также давшие положительный результат — фильтрация снизилась в несколько раз, упав до значений меньших, чем предусмотрено проектом. Всего на ремонтные работы в плотине и её основании было затрачено 334 тонны эпоксидных составов
Авария 17 августа 2009 года: В 8:13 местного времени (MSK+4) 17 августа 2009 года на Саяно-Шушенской ГЭС произошла тяжёлая авария (техногенная катастрофа). Находившийся в работе гидроагрегат № 2 внезапно разрушился и был выброшен напором воды со своего места. В машинный зал станции под большим напором стала поступать вода, затопившая машинный зал и технические помещения под ним. В момент аварии мощность станции составляла 4100 МВт, в работе находились 9 гидроагрегатов, автоматические защиты на большинстве из которых не сработали. Было потеряно электропитание собственных нужд станции, в результате чего сброс аварийно-ремонтных затворов на водоприёмниках (с целью остановки поступления воды) персоналу станции пришлось производить вручную.
В результате аварии погибло 75 человек, большинство из которых составили сотрудники подрядных организаций, занимавшиеся ремонтными работами. Все гидроагрегаты станции получили повреждения различной степени тяжести; наиболее сильные, вплоть до полного разрушения — гидроагрегаты № 2, № 7 и № 9. Было частично разрушено здание машинного зала, повреждено электротехническое и вспомогательное оборудование. В результате попадания в Енисей турбинного масла был нанесён экологический ущерб…. Непосредственной причиной разрушения гидроагрегата № 2 было названо усталостное разрушение шпилек крепления крышки турбины в результате вибрации, возникавшей при переходах режима мощности гидроагрегата через диапазон «запрещённой зоны».
Аварийно-спасательные работы на станции были в целом завершены к 23 августа 2009 года, после чего начались работы по восстановлению станции. Разбор завалов в машинном зале был завершён к 7 октября 2009 года. Восстановление стен и крыши машинного зала было завершено 6 ноября 2009 года. Одновременно велись работы по демонтажу повреждённых гидроагрегатов и восстановлению строительных конструкций, наиболее повреждённый гидроагрегат № 2 был окончательно демонтирован в апреле 2010 года.
Контракт на поставку новых гидроагрегатов (той же мощности, что и старые, но с улучшенными характеристиками в области надёжности и безопасности) был подписан с «Силовыми машинами» 30 ноября 2009 года, сумма контракта составила 11,7 миллиардов рублей без НДС. Предприятия концерна должны были поставить 10 гидротурбин, 9 гидрогенераторов и 6 систем возбуждения, а также осуществить шефмонтаж и пусконаладочные работы. В связи с тем, что изготовление новых гидроагрегатов занимает более года, было принято решение о восстановлении в течение 2010 года четырёх наименее пострадавших «старых» гидроагрегатов станции. … В дальнейшем эти четыре гидроагрегата были выведены из эксплуатации на реконструкцию, вместо них и остальных старых гидроагрегатов монтировались и вводились в работу новые гидроагрегаты, изготовленные предприятиями концерна «Силовые машины»: гидроагрегат № 1 был пущен 19 декабря 2011 года; № 7 — 15 марта 2012 года, № 8 — 15 июня 2012 года, № 9 — 21 декабря 2012 года, № 10 — 4 марта 2013 года, № 6 — в июле 2013 года, № 5 — в декабре 2013 года, № 4 — в мае 2014 года, № 3 — в августе 2014 года. 12 ноября 2014 года был введён в строй гидроагрегат № 2. Полностью все работы по восстановлению станции были завершены в 2017 году….