Так что, когда С. Н. Терпигорев готовил для издателя А. Ф. Маркса собрание своих сочинений, состав третьего тома, в который вошли «Потревоженные тени», был уже фактически определен. Осталось только определить последовательность расположения рассказов, что и было сделано писателем.
В основном рассказы этого цикла публиковались в журнале «Исторический вестник» с 1889 по 1894 г.: 1889, т. XXXV, март; т. XXXVI, апрель — «Дядина любовь» (под названием «Актриса»); 1889, т. XXXVIII, декабрь — «Тетенька Клавдия Васильевна»; 1890, т. XXXIX, январь — «В раю»; 1890, т. XLII, ноябрь — «Маша — Марфа»; 1890, т. XLII, декабрь — «Бабушка Аграфена Ниловна»; 1981, т. XLIII, январь — «Вице-королева Неаполитанская»; 1891, т. XLIII, февраль — «Проданные дети»; 1892, т. L, декабрь — «Илья Игнатьевич, богатый человек»; 1893, т. LI, январь — «Дворянин Евстигней Чарыков»; 1894, т. LV, январь — «Емельяновские узницы»; 1894, т. LVIII, ноябрь, декабрь — «Праздник Венеры». Перед названием каждого опубликованного в «Историческом вестнике» рассказа стояло название цикла: «Потревоженные тени». Все это время писатель сознавал, что пишет единую книгу.
Остальные рассказы писались раньше, публиковались в других журналах, и, видимо, их принадлежность к этому циклу была осознана позднее. «Первая охота» — в журнале «Русское богатство», 1883, т. VIII, август, с подзаголовком «Впечатления раннего возраста». «Две жизни — поконченная и призванная» в том же 1883 г, впервые была напечатана в книге С. Н. Терпигорова «Узорочная пестрядь» под первоначальным заглавием «Рафаэль Иван Степаныч (Из семейных летописей)». «Иуда» — в журнале «Новь» с ноября 1887 но февраль 1888 г., с жанровым обозначением «повесть».
При включении рассказов этого цикла в книги, а потом и готовя собрание сочинений, С. Н. Торпигоров обязательно производил дополнительную работу: правил текст, при необходимости делил его ни главы, менял названия произведений. В 1950 г, готовя первое послереволюционное падание в Потревоженных теней, Н. И. Соколов и Н. И. Тотубалин произвели подготовку текста, сверив текст третьего тома собрания сочинений 1890 г, с первыми публикациями, прижизненными изданиями, исправив опечатки и устранив другого рода искажения.