Это возвысило их в глазах приверженцев, гостей и черных людей московских, которым было известно, как усердно Шуйские хлопотали о гибели Годунова, готовя бунт против Бельского, и какое участие принимали они в разрушенном заговоре Мстиславского. Торговые люди стали смелее поговаривать, «что не долго, де, татарский выродок [1] повеличается перед исконными князьями Шуйскими. Их смелость сообщилась другим слоям общества. Удачный опыт недавнего бунта ободрил чернь, сильную многочисленностью. Видя верховную власть в руках согражданина, а не царя, она не признавала её законности. Угрозы в домах, в кабаках, на улицах и площадях сделались до того открытыми и дерзкими, что сам митрополит Дионисий ужаснулся и поспешил предупредить новую бурю миротворством. Он умел найти для Шуйских достаточные выгоды в согласии, хотя на время, с могущественным царским шурином; а Годунов рад был этому средству разрознить единодушие простонародья и купцов с старой аристократией. Торговые московские люди явились в этом случае сословием деятельным и неустрашимым. У митрополита идет мировая, а они собрались нетерпеливою толпою около Грановитой Палаты и ждут, чем кончится дело. Они вовсе не желают мира; они боятся, чтоб он не состоялся. В борьбе с Годуновым надежда обещает им успех, а примирение с ним Шуйских угрожает им, с его стороны, местью. Поэтому-то, когда князь Иван Шуйский вышел объявить им радостную весть, мертвое молчание толпы было ему ответом, а два гостиннодворца не утерпели, вышли вперед и сказали смело: «Помирились вы нашими головами! И вам, князь Иван Петрович, от Бориса пропасть, и нам погибнуть!»
Опасения торговых людей оправдались. Годунов не замедлил воспользоваться разъединением своих врагов. Привлекши на свою сторону аристократию, он в ту же ночь схватил двух смельчаков-гостиннодворцев и запроторил их без вести. Знал он, как это огорчит Шуйских, но рассчитывал, что не вдруг же они снова разгорячат охладевшую к ним толпу. Шуйские поняли тогда, что Годунова перехитрить трудно и что легче сломить его делом отважным и решительным. Злоба внушила им самое надежное к тому средство. Вместе с митрополитом Дионисием, у которого были свои неудовольствия на Годунова, они составили от лица всего народа челобитную, в которой все сословия, устрашенные будто бы мыслью, что бесплодие царицы Ирины угрожает отечеству прекращением Рюрикова дома, торжественно просят Фёдора развестись с нею, отпустить в монастырь и взять другую супругу, чтоб иметь наследника престола, для общего спокойствия. Начали собирать подписи, а между тем волновали чернь, чтоб устрашить Фёдора и заставить его на все согласиться. Но медленность и некоторая гласность, неизбежные при таком деле, дали Годунову время принять свои меры. Суд о разводе зависел от митрополита. Годунов спешит в палаты к Дионисию и употребляет в дело все, что мог внушить ему, как духовному хранителю народного спокойствия, и все, чем искушаются люди со стороны честолюбия. Видеть в своей келье самовластного правителя государства с мольбою о спасении, обязать такого человека в столь трудное для него время и обладать средством привести снова его в такое положение — в уме Дионисия это значило, что отныне он разделит с Годуновым поровну верховное господство над государством. Годунов видел его насквозь со всеми его поползновениями, и, наружно перед ним унижаясь, внутренно торжествовал над ним и изрекал роковой приговор ему и его сообщникам.
Лишь только слухи о разводе стихли, нашелся доносчик на князей Шуйских, что они в заговоре с московскими купцами и думают изменить царю, — доносчик ничтожный, слуга самих же обвиняемых, но его извету поверили и немедленно взяли под стражу главных представителей фамилии Шуйских, вместе с друзьми их, князьями Татевыми, Колычевыми, Урусовыми, Быкасовыми, вместе со многими дворянами и богатыми купцами. Нельзя было, однакож, употребить законной строгости с Шуйскими, и потому придуманы средства беззаконные. Сделали вид, будто бы из уважения к заслугам щадят князя Ивана Петровича, знаменитого защитника Пскова против Батория, и отправили его на Белоозеро, а князя Андрея Ивановича, по тому ж милосердию, — в Каргополь; но оба были тайно удавлены. Старший из них, Василий Фёдорович Скопин-Шуйский, видно, сам по себе казался неопасным: ему позволили жить в Москве, но отобрали Каргопольское наместничество. Прочих взятых под стражу также разослали по дальним городам, а купцам, для острастки московской черни, всенародно отрубили головы. Митрополит Дионисий сам ускорил свое падение. В порыве огорчения за друзей своих, он не размыслил, что Годунову ничего нельзя сделать посредством царя, которого слабое существование было подобно постоянной дремоте; волнение души преувеличило в понятии Дионисия силу влияния речей его на Фёдора, который доверчиво принимал всякое убеждение своего любимца. Дионисий забыл, что Годунов, как всемогущий дух, давно уже владеет волею и всеми помышлениями уединенного властителя; вместе с своим товарищем, Крутицким архиепископом Варлаамом, явился он в царские палаты и смело изъяснил царю поступки Годунова, беззаконные и опасные для государства. Царь слушал его, покачивая в удивлении головою, и может быть, уже в ту самую минуту в его набожном сокрушении (вместо ожидаемого негодования) Дионисий и Варлаам прочли свою участь. Едва они удалились, Годунов рассеял скорбь его и внушил ему, что эти изветники — не пастыри церкви, а волки хищные в одежде овечьей. Дионисия и Варлаама схватили в тот же день, лишили сана и заточили в дальние монастыри. На первосвятительский престол возведен был Иов, смиренный богомолец, устремлявший все свое внимание на исправление духовенства и на церковное благолепие. Он представлял противоположность Дионисию, гордому своими познаниями, высокомерному умом, пылкому сердцем, и Годунов, облекши его в высший духовный сан, надеялся сделать из него послушное себе орудие, что и подтвердилось отчасти дальнейшими событиями.