Создавая такую историческую перспективу, Мурасаки тем не менее избегает всяких прямых аналогий, постоянно скользя по грани реальности и вымысла. Персонажи, как правило, безымянны, но в них угадываются черты реально существовавших лиц. Особую достоверность повествованию придает введение в текст подлинных имен (Цураюки, Исэ). Той же цели служат намеки на действительные события, особенно частые в первой части «Повести».
Что касается главного героя, то вряд ли можно назвать какое-то определенное историческое лицо, послужившее его прототипом. Скорее всего это образ собирательный. Чаще всего отмечают сходство Гэндзи с Минамото Такаакира (914–982), сыном императора Дайго. Так же как и Гэндзи, Такаакира был внесен в список простых подданных, успешно продвигался по служебной лестнице, но после неудачной попытки сделать наследным принцем своего зятя, принца Тамэхира (четвертого сына императора Мураками), был заподозрен в тайном противодействии властям и стараниями боявшихся его усиления Фудзивара сослан на Цукуси, где пробыл три года. Его судьба вызывала большое сочувствие во многих столичных семьях (об этом говорится, к примеру, в «Дневнике поденки» матери Арицуна).
Образ Гэндзи нередко соотносится и с такими личностями, как Аривара Нарихира, Тайра Садафуми, Сугавара Митидзанэ, принц Ацухира и др.
Очевидно, узнавались и другие персонажи. Считается, что под именем Тамакадзура в «Повести» выведена дочь Минамото Такаакира, в Восьмом принце угадываются черты Фудзивара Корэтика, а в образе Гэн-но найси высмеивается некая престарелая родственница Мурасаки, весьма враждебно по отношению к ней настроенная. Несомненно, момент «узнавания» и явился одной из причин популярности произведения Мурасаки среди ее современников.
В «Повести о Гэндзи» как бы наложены друг на друга два временных плана — время начала усиления рода Фудзивара и время полного расцвета его могущества (т. е. время, в которое жила сама Мурасаки). Повествуя, как того требовала традиция, о прошлом, писательница — вольно или невольно — наделяет это прошлое чертами настоящего. Так, изображая в лице императора Кирицубо императора Дайго, она одновременно придает ему черты явного сходства с императором Кадзан, с которым связана судьба ее отца, а, рисуя образы ученых, подчеркивает незначительность их положения при дворе, что характерно для периода владычества Фудзивара Митинага, но отнюдь не для того времени, которое описывается.
В образе Гэндзи можно усмотреть немало черт сходства с самим Фудзивара Митинага. А описание дома на Шестой линии удивительным образом совпадает с описанием принадлежавшего Митинага дворца у Земляных ворот в «Дневнике» Мурасаки.
Прототипом Удзи-но адзари многие исследователи считают монаха Кисэна, жившего в начале эпохи Хэйан отшельником на горе Удзи, а прототипом настоятеля Ёкава — монаха Гэнсина (942-1017), одного из теоретиков учения о Чистой земле, с которым был близок Тамэтоки.
Многие эпизоды «Повести» носят ярко выраженный автобиографический характер. Зафиксированный в домашней антологии Мурасаки эпизод с незнакомцем, старающимся проникнуть в ее дом, и упоминание о слишком большой активности старшего сына Нобутака, после смерти отца пытавшегося взять его вдову под свое покровительство, нашли отражение в судьбе Уцусэми. В «Главах Удзи» можно усмотреть воспоминания детства, проведенного со старшей сестрой в женских покоях дома у Столичного предела. Даже в образе наложницы Кирицубо отразились некоторые черты самой Мурасаки — ее настроения того времени, когда она только что приступила к придворной службе.
Вместе с тем реальный мир, изображенный в «Повести о Гэндзи», подчиняется не столько реальным, сколько условно-литературным законам. Да и сами герои находятся на грани между действительно существовавшими людьми и обобщенно-условными персонажами моногатари.
Уже сам выбор персонажей является данью литературной традиции, требующей, чтобы герои моногатари принадлежали к высшим слоям столичной аристократии. (Исключение составляют описанные в главах «Пустая скорлупка цикады» — «Вечерний лик» женщины среднего сословия, изображение которых было смелым новаторством со стороны Мурасаки.)
Сам Гэндзи, несмотря на соотносимость его судьбы с судьбами действительно существовавших личностей, образ скорее идеальный, чем реальный. Писательница наделила его всеми мыслимыми достоинствами благородного мужа, уподобив совершенным героям древности. Человеческое сочетается в образе Гэндзи с божественным — недаром дом на Шестой линии постоянно сравнивается с Землей Вечного Блаженства — буддийским раем. Уход Гэндзи из мира также напоминает уход божества — в старинных моногатари никогда не рассказывается о смерти богов и фей, они просто переходят в другие миры, исполнив свое земное предначертание. На небеса возносится Кагуя-химэ, в облаках скрывается Гэндзи.
От мифа и стремление Мурасаки к равновесию судеб: богатые, счастливые рано умирают, несчастные, пренебрегаемые всеми — возвышаются.
В истории Укифунэ находит отражение весьма распространенный в то время сюжет о злой мачехе и падчерице, а в любовном треугольнике Ниоу — Укифунэ — Каору можно усмотреть новый вариант древней легенды о деве Унаи, зафиксированной еще в «Манъёсю».
Мотив «выбора женихов», впервые прозвучавший в «Повести о старике Такэтори» и подхваченный автором «Повести о Дупле» (глава «Атэмия»), звучит и в «Повести о Гэндзи» — в эпизодах с выбором мужа для Тамакадзура.