Напряженная деятельность подрывала силы безнадежно больного человека. Он знал это, но не переставал трудиться.
В 1947 году, когда над Шмидтом нависла угроза смерти от туберкулеза горла, врачи категорически запретили ему разговаривать. Он подчинился и целый год молчал, в полном смысле этого слова. Членам семьи и посещавшим его друзьям он писал записки.
Какое надо было иметь мужество, силу воли, какую таить в себе жажду жизни, чтобы выдержать такое испытание. И опять болезнь временно была побеждена.
Отто Юльевич, несмотря на протесты врачей, начал читать лекции в новом здании Московского университета и читал их до конца 1953 года.
Несмотря на огромную работу, связанную с созданием новой материалистической теории происхождения Земли, Шмидт не оставлял и «чистой» математики, последняя его работа датирована 1947 годом. Много внимания он уделял и пропаганде естествознания, не только как главный редактор журнала «Природа», но, когда позволяли силы, и личными выступлениями.
Отошедший от непосредственного руководства изучением полярных морей и островов, Отто Юльевич никогда не переставал интересоваться Арктикой. Как мог поступить иначе человек с полным на это правом говоривший:
«Да, Арктика стала настоящей страстью моей жизни».
Об этом помнили старые полярники, его товарищи по прошлым путешествиям, знали молодые. Стало неписанным законом перед каждой экспедицией, а их было немало в последние годы, приходить к «старику», рассказать ему о проектах, послушать ею советы, а после окончания поделиться достижениями.
В его просторную квартиру, двери которой всегда были открыты для полярников, приходили летчики, научные работники, руководители созданного им почти четверть века назад ГУСМП. И каждый уходил от Шмидта еще больше полюбившим трудное, но почетное дело освоения арктических вод и земель.
К организатору первой станции на дрейфующей льдине приходили начальники СП-2, СП-3, СП-4 и других научных станций в сердце Арктики. И он не уставал слушать их рассказы о жизни и работе на льдинах.
Шмидт собирался написать историю советских открытий в Арктике.
«Я хочу написать историю научного освоения Арктики… Обычно либо стараются перечислить все древние упоминания и все дальнейшие экспедиции. Это полезно, но это не наука, или же описывают подробно — с приключениями — главнейшие экспедиции. Это занимательно, но тем более не наука. Я хотел бы изложить историю постановки и решения проблемы, смену незнания знанием в историческом развитии и в связи с общим ростом науки и конкретными условиями эпох — до советской включительно».
С весны 1954 года он уже не вставал, но продолжал работать и читать. Ясность мысли его никогда не покидала.
Врачи поражались его могучей жизненной силе.
Прикованный к постели ученый продолжал работать.
Последнюю свою статью он написал за две недели до смерти.
Жажда жизни, вера в науку поддерживали его все угасающие силы. Он не падал духом, жизнерадостность не покидала его.
Отто Юльевич даже шутил, что он «доволен тем, что заболел в такое время, когда появилось такое могучее лекарство, как стрептомицин. Что бы я без него делал?»…
Но современная медицина не в силах была приостановить бурно развивавшийся процесс в легких и болезнь горла.
В последнюю ночь, мучительную для больного и страшную для близких, он думал не о себе, а заботился о жене, о дежурной медицинской сестре.
— Ну, что вы не ложитесь? — с трудом мог прошептать он.
— Идите отдохните, ведь впереди еще немало трудных ночей. Я позову, если нужно будет…
7 сентября 1956 года Отто Юльевича Шмидта не стало.
Соболезнования в Академию наук, в ГУСМП и семье покойного приходили со всех концов страны и из зарубежных стран.
«С глубоким прискорбием узнал о кончине выдающегося советского ученого, крупного математика, геофизика, знаменитого путешественника и полярного исследователя О. Ю. Шмидта, принесшей большой ущерб научным кругам всего мира», — телеграфировал президент Академии наук Китая Го Мо-жо.
Известный американский полярный исследователь Вильялмур Стефансон, который председательствовал в 1934 году на банкете, данном в Нью-Йорке «Клубом путешественников» в честь героя челюскинской эпопеи, откликнулся некрологом на смерть почетного члена этого клуба:
«…После того, как болезнь отстранила его от активного изучения Севера, Шмидт много лет плодотворно работал, снискав себе славу среди ученых всех стран»…