По отношению к местным жителям инструкции, полученные лейтенантом Блэром, гласили: «Что касается наиболее подходящего способа сношений с людьми, находящимися на низкой ступени цивилизации, то, исходя из имеющихся сведений, многое можно получить на основании изучения аналогичных попыток, сделанных современными мореплавателями при новых открытиях. Опираясь на их опыт, пожалуй, вам было бы целесообразнее на первых порах воздержаться от высадки на берег, если только в этом не окажется крайней необходимости, за исключением таких мест на побережье, которые сочтете подходящими для успешного разрешения задач обследования. С целью избежания, насколько возможно, открытых столкновений с аборигенами, чье нерасположение к каким-либо сношениям подтверждается примером г-на Ритчи, встретившегося с проявлением враждебности во время его посещения островов, вам рекомендуется прибегать не к силе или обману, а к убеждению и подаркам. По возможности следует приглашать аборигенов подняться на борт судна, где ласковое и внимательное обращение с ними поможет устранению недоверия среди местных жителей к вам и более легкому установлению контактов. При этом может быть достигнута и другая полезная цель — получение сведений об их образе жизни, обычаях и языке».
В инструкции лейтенанту Блэру также указывалось, что он теперь находится в распоряжении коммодора Корнуоллиса, командующего в Индии эскадрой флота Его Величества, брата генерал-губернатора. Лейтенанта Блэра сопровождал лейтенант Роберт Хайд Коулбрук из бенгальских саперных войск. 20 декабря 1788 года на борту «Элизабет» в сопровождении «Вайпера» Блэр отплыл из Калькутты, взяв курс на остров Интервью, расположенный к востоку от Большого Андамана. Лейтенант Блэр обследовал главную гавань Интервью, а затем поплыл к Южному Андаману. Лишь после того как он увидел Порт-Корнуоллис (сейчас Порт-Блэр), только тогда Блэр понял, что это именно то, что ему нужно.
В докладе лорду Корнуоллису Блэр сообщал: «Едва ли можно представить себе более безопасную и отличную гавань. Она достаточно большая, чтобы вместить около пятидесяти судов. Там они могут быть прекрасно укрыты от всех ветров и штормов, и, хотя вода во время приливов поднимается здесь футов на семь, нет никакого течения, которое помешало бы судну, стоящему на ремонте. Ее расположение дает возможность судам при любой погоде выйти из нее. Следует также отметить, что у этого острова очень удобные бухты, что дает возможность поддерживать постоянную связь с Калькуттой».
15 марта 1789 года Блэр закончил обследование Порт-Корнуоллиса. Затем лейтенант приступил к изучению остальной части западного побережья Южного Андамана и берегов острова Баратанг, лежащего между Средним и Южным Андаманом. После этого он направился к Баррену. Когда Блэр приблизился к вулкану, он извергал, по словам лейтенанта, огромные клубы дыма и красные раскаленные камни. Некоторые из них были весом от 3 до 4 тонн и разлетались на сотни ярдов от подножия конуса вулкана. Пока суда были вблизи острова, произошло два или три извержения. Несколько красных раскаленных камней скатились со склона. Основание конуса вулкана — самая низкая часть острова и находится лишь чуть выше уровня моря. Вулкан поднимается под углом 32°17′ до высоты почти 1800 футов, что также является высотой других частей острова. При взгляде на его контуры можно предположить, что вулкан возник почти в центре острова или несколько ближе к его северо-западной части, и потребовалось много времени, чтобы он приобрел весьма экстравагантную форму. В заключение Блэр писал, что «на острове места, удаленные от вулкана, покрыты засохшим кустарником и погибшими деревьями».
Баррен был последним из островов Андаманской группы, который посетил Блэр. Он побывал также на острове Принца Уэльского возле Суматры, а также зашел в Ачин, гавань в северной части Суматры. Блэр пробыл на острове Принца Уэльского почти три недели. За это время он пополнял запасы продовольствия и ремонтировал суда. В Калькутту он вернулся в начале июня 1789 года и тут же представил свой доклад о результатах поездки лорду Корнуоллису, генерал-губернатору.
В отчете Блэр упоминал о некоторых инцидентах с аборигенами в связи с попытками установить с ними контакты. Первый произошел 11 января 1789 года, когда экипаж корабля был у небольшого островка «вблизи Порт-Андамана». Согласно Блэру, «утром нас… посетили местные жители. После некоторого колебания они подплыли ближе к корме и равнодушно приняли от нас несколько ножей и зеркал. Мы показали им бутылки рома, и они выразили большое желание обладать ими: делали знаки, что хотят ими бриться. Один из них очень выразительно протягивал руку к голове, которая была обрита только с одной стороны. И когда бутылку подняли, он протянул раскрытые ладони, чтобы поймать ее, и закричал ки, ки, что, вероятно, на их языке значит «дай». Туземцы были настроены миролюбиво, но держались крайне настороженно и не пытались подняться на борт даже за бутылками. Внешне эти люди похожи на жителей острова Интервью. Они абсолютно голые, a черты лица, цвет кожи и волосы как и у туземцев Африки».
Блэр в докладе сообщал, что он и его спутники также терпели «множество ничем не вызванных оскорблений… со стороны туземцев», поэтому они «вынуждены были зачастую покидать берег, чтобы избежать конфликта». Далее он писал, что, хотя они делали все, чтобы сохранить дружбу с местным населением, однажды, когда группа пополняла запасы воды, на них неожиданно напали. В результате один матрос был ранен стрелой в шею. Пришлось обороняться ружейным огнем. Так был ранен один абориген. Этот маленький инцидент имел хороший результат — следующие два дня никто не мешал им запасаться питьевой водой.
Еще один инцидент произошел возле острова Петери: «Я встретил два каноэ и передал людям, сидевшим в них, несколько бутылок, чем они были весьма довольны или казались довольными, но, к моему удивлению, один из них неожиданно выпрыгнул из каноэ, отбежал ярдов на двадцать и осыпал нас стрелами. К счастью, они никого не задели, большинство попало в борт лодки. Чтобы наказать негодяя, я взял его каноэ и поднял на борт, а на следующее утро поджег, столкнул на воду, и ветер подогнал его к тому месту, где на нас напали», — сообщал Блэр.
Доклад, представленный лейтенантом Арчибальдом Блэром, произвел на лорда Корнуоллиса глубокое впечатление. «Генерал-губернатор в Совете, рассмотрев Ваш доклад о действиях при несении Вами службы в Бенгальском заливе, поручил мне сообщить, что Его светлость весьма довольны проведенными Вами обследованиями Андаманских островов» — такими словами была выражена благодарность Блэру за службу.
События развивались быстро. 12 июня 1789 года, спустя несколько дней после представления Блэром доклада, генерал-губернатор провел заседание Совета, на котором присутствовал и лейтенант Блэр. На Совете было решено начать колонизацию Андаманских островов. Главная цель этого мероприятия состояла в создании должным образом укрепленного порта, который служил бы убежищем британскому военному флоту. Особенно он мог бы быть полезен в случае войны или во время кораблекрушений, которые часто терпели суда в этом районе из-за яростных муссонов. Также была выражена надежда, что само присутствие европейцев может положить конец расправам над теми, кто в поисках убежища попадает в руки аборигенов, и сократить до минимума разбойничьи действия пиратов из Малайи. В то время Ост-Индская компания еще не собиралась превращать Андаманы в место ссылки каторжан, но туда, как и в поселения в Пенанге и на Суматре, позднее послали несколько осужденных, которых использовали на расчистке джунглей и на многих других тяжелых работах.