17 сентября 1789 года Блэр вместе с несколькими мастеровыми, рабочими и солдатами отплыл из Калькутты и 28 сентября того же месяца прибыл в Порт-Корнуоллис. Об этом своем плавании он сообщал как об «утомительном и бурном». 25 октября 1789 года был поднят британский флаг над редутом, который к тому времени, по мнению лейтенанта Блэра, стал «обороноспособным против любого нападения, которое могут предпринять туземцы». Поднятию флага салютовал «Рейнджер» (судно компании, на борту которого прибыли Блэр и его группа), ему вторил троекратный залп гарнизона.
Свое временное пребывание на острове Чатам Блэр начал с расчистки джунглей, выращивания овощей и посадки фруктовых деревьев. В некоторых местах на острове посеяли траву, построили жилища для 119 человек и даже лазарет. Хотя значительная часть провианта доставлялась сюда из Пенанга и Калькутты, однажды «Рейнджер» послали на остров Кар-Никобар за «деревьями, кокосами и овощами». Согласно Блэру, корабль не только вернулся со множеством продуктов, но и доставил двух китайцев-огородников, которым незамедлительно поручили подготовить участок под второй огород.
Дело быстро пошло на лад — поселение развивалось. К февралю 1790 года была построена деревянная верфь. Спустя некоторое время тем, кто ехал в отпуск в Калькутту, разрешили привозить с собой семьи. В марте 1792 года Блэр сообщал, что состояние здоровья людей в поселке настолько хорошее, что даже не чувствуется отсутствия корабельного врача, уехавшего в отпуск. Самое главное — Блэру удалось установить довольно дружественные отношения с аборигенами, хотя на первых порах, правда, еще имели место столкновения.
М. В. Портмен, чиновник но делам андаманцев в конце прошлого века, опубликовавший в 1899 году записки по истории отношений англичан с андаманцами, писал: «Хотя лейтенант Блэр не знал, что в гавани он сталкивается не с одним племенем туземцев — их там было два, они враждовали между собой и не понимали языка друг друга… тем не менее вскоре после его прибытия туда он установил дружественные отношения с племенем джаравов, которое занимало южную половину гавани».
Без сомнения, это было достижением, учитывая, что джаравы — непримиримые враги любой чуждой цивилизации, такими они остаются и в наши дни. Другое племя, ака-би-да (тогда оно занимало северную половину острова), сначала не причиняло Блэру никаких неприятностей. Портмен писал, что отношения испортились позднее. Однако, по мнению Блэра, это было вызвано плохим обращением с аборигенами со стороны малайцев — они совершали жестокие налеты, зачастую кончавшиеся тем, что увозили с собой ака-би-да и продавали в рабство.
Хотя успех поселения был очевиден, однако правительство, как сообщал М. В. Портмен, «не смогло этого оценить», и было принято решение перевести поселение в северо-восточную гавань острова Северный Андаман. Сейчас это поселение называется Порт-Корнуоллис. Это оказалось серьезной ошибкой. Все началось 13 апреля 1790 года, когда Блэр довел до сведения правительства, что северо-восточная гавань заслуживает внимания генерал-губернатора. Вслед за этим гавань посетил коммодор Корнуоллис. Она произвела на него очень хорошее впечатление, и он отдал распоряжение Блэру провести специальное ее обследование. Блэр провел его в марте 1791 года. Получив доклад Блэра о результатах обследования, коммодор писал генерал-губернатору: «Считаю, что северо-восточная гавань значительно лучше подходит для размещения военных кораблей, чем Порт-Корнуоллис. Последний, по моему мнению, слишком ограничен и легкоуязвим, так как окружен высокими холмами. Источник питьевой воды у них общий — дождь. Что касается обороны, то остров расположен вне досягаемости пушечного выстрела с отдаленного берега, я сам в этом убедился, произведя выстрел с острова. И хотя он невелик, на нем много сухого места при низких приливах… Думаю, он вполне пригоден для установки батарей».
Коммодор рекомендовал перевести поселение в эту новую, северо-восточную гавань на Северном Андамане.
Его рекомендация была принята, и в сентябре 1791 года Блэр получил уведомление о переводе поселения в северо-восточную гавань. Окончательные распоряжения были отданы 16 октября 1792 года. Вскоре генерал-губернатор подписал официальный документ, в котором содержались детальные инструкции относительно организации переезда. Для проведения этого плана в жизнь был назначен новый суперинтендант — капитан Александр Кид из бенгальских саперов, бывший в 1790 году генеральным инспектором. Но руководство непосредственной операцией по переводу старого поселения, как и по основанию нового, было поручено лейтенанту Блэру до тех пор, пока его не сменит капитан Кид. В то время лейтенант Блэр находился в Калькутте и приказ об отплытии получил 12 ноября 1792 года. В приказе сообщалось, что новое поселение будет названо Порт-Корнуоллисом, как и старое, и оно должно иметь те же размеры.
В распоряжение Блэра предоставили четыре корабля — «Юнион», «Джуно», «Корнуоллис» и «Сихорс». Лейтенант Блэр отбыл на Андаманы на борту «Юниона». Там находились запасы воды и продовольствия на шесть месяцев, а также 360 будущих поселенцев. Отплытие состоялось 4 декабря 1792 года. В открытом море на суда обрушился сильный шторм, и они потеряли друг друга из виду. «Юнион» прибыл на место нового поселения 30 декабря 1792 года. Лейтенант Уэльс на «Рейнджере» приплыл раньше «Юниона» и уже приступил к расчистке участка и запасался пресной водой. Из трех кораблей, отделившихся от Блэра во время шторма, «Сихорс» и «Корнуоллис» добрались до места вполне благополучно, но о «Джуно», который, очевидно, попал в центр циклона, никаких известий не было. Он затонул вместе со своим экипажем, 90 поселенцами и большим запасом провианта.
Работы в новом поселении быстро продвигались вперед. По случайному стечению обстоятельств в новой гавани также оказался свой остров Чатам. На нем сразу же построили бараки, резервуары для питьевой воды, вырыли колодцы и даже возвели три бунгало. Поселенцы установили кузницу и печь для сушки и обжига, посадили огород и заложили питомник. 5 марта 1793 года сюда прибыл капитан Кил для вступления в новую должность. До его прибытия стояла сухая погода, так как сезон муссонов еще не наступил, следовательно, среди поселенцев не свирепствовали массовые заболевания, за исключением единичных случаев различных тропических язв, обостренных цингой. Поэтому в докладах Кида начальству преобладали оптимистические тона относительно будущего поселения. Вскоре сюда прибыли ремесленники и мастеровые, а также впервые 200 каторжан. Спустя два месяца в поселение приехали 113 сипаев, a в мае 1793 года прибыло еще 72 ремесленника.
Оптимистическое настроение у Кида продержалось недолго — через два месяца после его прибытия умер 21 человек. Причиной смерти были тропическая язва и цинга. Когда настал период муссонов, заболевания приняли массовый характер. К тропической язве и цинге прибавились лихорадка и приступы раздражительности, вызванные, возможно, общим недомоганием поселенцев.
Единственное важное событие 1793 года в жизни поселения — новость о начале войны с Францией. В Порт-Корнуоллисе были приняты оборонительные меры. Капитан Кид облюбовал на острове Чатам холм для постройки форта, который обеспечивал бы защиту судов в гавани и где могли бы укрыться женщины и дети поселения. Кид сделал все для выполнения намеченного плана, а затем отбыл в Калькутту за пополнением гарнизона. Хотя правительство полностью одобрило предложения Кида, однако подкрепления не присылались в течение нескольких месяцев.
Первая партия европейских каторжан, которая оказалась также и последней, прибыла на Андаманы в 1794 году, однако Кид отказался принять ее. Поэтому каторжане вынуждены были вернуться в Бомбей. Со ссылкой на генерал-губернатора решили, что на Андаманские острова не будет сослан ни один каторжанин-европеец, но осужденные индийцы продолжали прибывать; одна из групп в 50 человек была доставлена в ноябре 1794 года.