На двадцать втором году жизни меня призвали на военную службу. Я сразу назвался охотником во флот».
А затем был далекий путь к берегам Балтийского моря, в Кронштадт, где начались «его университеты».
Пять лет жизни матроса Новикова — с 1900 по 1904 год — прошли в городе Кронштадте.
Свое политическое прозрение он связывал с занятиями в воскресной школе. Еще на родине он прочитал все книги, которые мог найти у своего старшего брата, у знакомой учительницы. Попав во флот, он усиленно занялся самообразованием. О своих занятиях в воскресной школе Алексей Силыч впоследствии вспоминал в автобиографии с большой теплотой: «Из этой школы, как от прожектора, был направлен в мрак царского флота яркий луч знания».
Преподаватели воскресной школы познакомили юношу с нелегальной политической литературой. Постепенно он втянулся в революционную деятельность и стал организатором социал-демократического кружка в учебно-артиллерийском отряде, где проходил военную службу.
В марте 1903 года в воскресной школе были произведены аресты преподавателей и некоторых ее слушателей, в том числе матроса Новикова.
Как особо опасный преступник Алексей Новиков был отправлен под конвоем из Кронштадта в Петербург и целый месяц содержался в доме предварительного заключения, подвергался неоднократным допросам. Его обвиняли в том, что он распространял нелегальную литературу и занимался революционной агитацией среди матросов. Но при обыске у него не было обнаружено ничего запретного, а допрошенные по его делу матросы не выдали товарища. Вскоре Алексей Силыч вернулся на крейсер «Минин», где находился под тайным надзором полиции.
В газете «Искра» (№ 42 от 15 июня 1903 г.) была опубликована информация об аресте членов матросского кружка и заключении в тюрьму вместе с 20 матросами А. С. Новикова.
В 1904 году матроса Новикова как политически неблагонадежного перевели на броненосец «Орел», который в составе II Тихоокеанской эскадры уходил к берегам Японии.
Русско-японская война окончилась для Алексея Новикова пленом. В лагере японского города Кумамото он продолжал вести дневник, начатый с первых дней плавания, и стал одновременно записывать рассказы моряков и те события, очевидцем которых был сам. История сбора материала и неоднократной пропажи рукописей задуманного им литературного произведения о походе и бое II Тихоокеанской эскадры изложена моим отцом в предисловии к роману «Цусима».
После возвращения в 1906 году из плена Алексей Силыч уехал в родное село Матвеевское. Опасаясь ареста за политическую агитацию крестьян, он тайно перебрался в Петербург. По подложному паспорту друзья устроили его письмоводителем к помощнику присяжного поверенного Топорову — человеку либеральных взглядов.
В это время были напечатаны его первые литературные произведения, которые носили очерковый характер и были посвящены цусимскому сражению. В 1907 году одновременно в Петербурге и Москве подпольным издательством выпускаются две книжки: «Безумцы и бесплодные жертвы» (об участии броненосца «Орел» в бою) и «За чужие грехи», подписанные псевдонимом «А. Затертый (бывший матрос)». Обе книжки были немедленно конфискованы царской цензурой как крамольные. Автор был обвинен в «дерзностном неуважении верховной власти», и началось дело по его розыску.