В первые годы своего существования Саровская пустынь находилась в непосредственном управлении Москвы и пользовалась покровительством местоблюстителя. В 1721 году был организован Синод, во главе которого был поставлен пользовавшийся авторитетом среди духовных лиц Стефан Яворский. К этому времени наметились уже некоторые разногласия между Яворским и Петром I в отношении к церковным реформам. Поэтому влияния на дела Синода Стефан не имел, а главным проводником идей царя стал один из вице-президентов Синода Феофан Прокопович. Феофан Прокопович, архиепископ Новгородский, выражаясь сегодняшним языком, был идеологом проводившихся Петром I реформ. Именно Прокоповичу Петр поручил подготовку новой формы духовного правления. В 1719 году Феофаном был составлен «Духовный регламент», согласно которому и был учрежден Синод (Духовная коллегия).
В 1724 году Петр подготовил указ о монашестве и монастырях. «Нетерпимый ко всякому инакомыслию, даже пассивному сопротивлению, царь не мог допустить, что в его государстве могут жить люди, проповедовавшие иные ценности, иной образ жизни, чем тот, который проповедовал сам Петр и который он считал лучшим для России», — писал историк Е. В. Анисимов[10]. Не удивительно, что в монашеской среде было много недовольных реформами, проводившимися Петром и Феофаном Прокоповичем. Архимандрит Маркелл Родышевский, написавший несколько произведений, в которых полемизировал с Феофаном Прокоповичем, был осужден и сослан, а его сочинения попали в список запрещенных.
Продолжалось ужесточение политики в отношении монашества и после смерти Петра I. В 1732 году вышел указ Синода, в котором предписывалось ужесточить учет и надзор за монахами, закрепить их за монастырями, в которых чернецы находились на момент издания указа. Переходы из обители в обитель разрешались только с благословения архиерея. Этот указ положил конец некоторой монашеской вольнице. До него монахи свободно могли перемещаться по своему усмотрению из монастыря в монастырь, в пострижении тоже не было строгости. В масштабах государства наведение порядка имело смысл — оно препятствовало укрывательству в монастырях беглых солдат и крестьян, мужей от живых жен, несовершеннолетних.
К нарушителям указа, тем, кто постригался и постригал незаконно, применялись строгие меры. В 1731 году императрица Анна Иоанновна восстановила учрежденную Петром I, но впоследствии ликвидированную Тайную канцелярию. В это ведомство попадали дела, которые квалифицировались как «государственная измена» или «попытка государственного переворота». За малейшее подозрение или незначительную провинность человек мог попасть на каторгу в Сибирь до конца своих дней. В ходу были доносы, и даже священников обязывали сообщать в «органы» услышанное ими на исповеди что-либо подозрительное.
Именно в это время один из монахов Саровской пустыни Георгий (в миру Зворыкин из Костромского уезда, из шляхетства) 13 декабря 1733 года явился в Московскую синодальную контору, чтобы покаяться в страшных грехах: вероотступничестве, общении с нечистой силой и т. п. Его показания были выслушаны и записаны служащими конторы. В конце своих показаний Зворыкин заявил, что обо всем этом он рассказывал на исповеди своему духовнику саровскому иеромонаху Иосии и что, «…заявляя о своем грехопадении, по приказанию отца своего духовного, просит у ее императорского величества милосердия, а у св. Синода милостивого разсуждения, чтоб повелено ему было окончить жизнь в покаянии, в Саровской пустыни, потому что он весь дряхл и скорбен». Следует отметить, что было Георгию Зворыкину всего-то 26 лет, происходил он из обедневшего, но «хорошего» рода, однако страдал эпилепсией и не раз тяжело болел. Пострижен был как раз «в болезни при смерти», но излечился. В Синодальной конторе его продолжали допрашивать и он продолжал давать все новые показания, в том числе на своего духовника Иосию. Надо сказать, Иосия (в миру Яков Самгин, из купеческого сословия) имел обширные связи среди высокопоставленных лиц в Москве. По некоторым источникам, он и в Сарове-то оказался по просьбе царевен Марии и Феодосии. Не без использования своих московских связей Иосия был назначен строителем подмосковной Берлюковской пустыни. В частности, прошение о назначении его настоятелем Берлюковской пустыни поддержала княгиня Мария Долгорукова, которая имела поместье в Арзамасском уезде и была вкладчицей Саровской, а потом и Берлюковской пустыней. По показаниям (сделанным уже позднее, в ходе следствия) берлюковского монаха Никодима, «Иосия часто езжал в Москву исповедовать детей духовных, потому что у него много в духовности знатных персон». С 1733 года Иосия стал духовником в семье Алексея Васильевича Макарова, некогда могущественного кабинет-секретаря Петра I.