К этому времени испортились отношения Иоанна с Иосией, которого сместили с поста казначея Саровской пустыни. Обиженный Иосия удалился в келью недалеко от монастыря, начал переманивать монахов, призывая создать другой монастырь в противовес Саровскому, а Иоанна сместить. Подоспевшее назначение в Берлюковскую пустынь предотвратило открытое столкновение двух священнослужителей, но, уезжая, Иосия грозил, что он добьется смены настоятеля. Вот уж действительно: «О времена! О нравы!»
Оставшиеся в Саровской пустыни испугались не столько угроз Иосии, сколько назначения настоятеля со стороны. Они поспешили избрать вместо Иоанна нового руководителя, Дорофея. Не исключаю, что в принятии такого решения участвовал и сам Иоанн. Прошение о назначении было послано в Москву в октябре 1731 года, но указ об этом вышел лишь в январе 1733-го. По этому указу Дорофея следовало именовать строителем пустыни, а Иоанна — первоначальником. Интересно, что с этим официальным титулом Иоанн в списке монашествующих Саровской пустыни (табели) 1733 года шел первым — перед строителем, в знак признания заслуг и, наверное, в знак того, что, несмотря на назначение Дорофея, первым лицом в монастыре все же оставался Иоанн.
Узнав о показаниях Зворыкина, Иосия решил, что лучшая оборона — это нападение, и сам настрочил донос. Принял он это решение не без колебаний, о чем свидетельствуют его обращения за советом к своим покровителям. Князь И. Одоевский не советовал давать делу ход, а А. В. Макарова не оказалось дома. И все-таки Иосия решился на донос. Он пересказал, что поведал ему Зворыкин на исповеди, и сообщил, что бумаги хранятся в Саровской пустыни (думается, он прекрасно понимал, что тем самым он «подставляет» Иоанна).
В Саровскую пустынь нагрянул отряд солдат для изъятия документов. В указанном Иосией месте были найдены бумаги (писанные углем и кровью), в которых Зворыкин письменно отрекался от Бога, его же покаяния, разрешительное письмо Иосии, отпускавшее Зворыкину его грехи. Среди этих бумаг попалось и запрещенное вышеупомянутое сочинение Родышевского «Возражение на объявление о монашестве», переписанное в тетрадях от руки. Эти тетради придали делу саровских монахов политический поворот. Служащим Синодальной конторы дело показалось достаточно серьезным, о нем было сообщено в московскую контору Тайной канцелярии. Та приказала арестовать Зворыкина, а также всех упомянутых им монахов, в том числе Иоанна и Иосию. В записях монахов сохранился рассказ о том, как арестовывали Иоанна.
«За первоначальником послали чиновника с двумя инвалидами; приехали в пустынь; первоначальника не было в обители: отлучился по нуждам монастырским до города Темникова. Чиновник взял монаха, чтобы отыскать вскорости. Поехали к Темникову, не доехали до города 12 верст; первоначальник навстречу ехал, на одной лошади, с послушником; взяли его, обнаживши сабли, чтобы везти в Москву; но первоначальник упрашивал их со слезами заехать в монастырь проститься с назначенным в строители и с братиею и едва мог убедить оных. Приехавши в обитель, не допустили его до нареченного строителя и братии сажен 10; сделал он со слезами как настоятелю, так и братии троекратное поклонение до земли, такожде и братия сделала поклонение; и, не допустивши его и до кельи, в чем застали, в том и увезли в Москву».
Больше Саровскую пустынь увидеть ему уже было не суждено.
Историки допускают, что сам Иоанн отрицательно относился к некоторым политическим, в частности к церковным, реформам Петра. Тетради с сочинениями Родышевского Иоанн приобрел в 17 30 году в Москве у книготорговцев Щелягиных (также арестованных по этому делу), монах Аарон доставил их в Саров (и пострадал за это), а затем их переписали. Переписчиков тоже всех арестовали.
4 апреля 1734 года всех арестованных по этому делу отправили в Петербург. Разбирательством лично занялся Феофан Прокопович.