Так же, как в Саровской, проводилось расследование и в Берлюковской пустыни. Вскрылись многочисленные нарушения правил пострижения в монашество. К допросу по следствию были привлечены некоторые знатные особы из числа благотворителей Саровской и Берлюковской пустыней: княгиня Мария Долгорукова, А. В. Макаров.
После смерти в 1736 году главного обвинителя по делу — Феофана Прокоповича расследование продолжилось. В 1737 году в застенке Тайной канцелярии скончался саровский первоначальник иеросхимонах Иоанн. Похоронен он был в Санкт-Петербурге рядом с Колтовской Преображенской церковью. Эта церковь находилась невдалеке от Тайной канцелярии, и при ней хоронили скончавшихся там арестантов. Могила первоначальника не была никак отмечена, и место ее осталось неизвестно[11].
13 декабря 1738 года был вынесен окончательный приговор.
«Разстригу Якова Самгина вместо смертной казни бить кнутом и, с вырезанием ноздрей, сослать в Камчатку, в работу вечно;
разстригу Ивана Кучина бить кнутом и сослать на сибирские казенные железные заводы в работу вечно;
разстригу Степана Викторова отослать в Военную коллегию для написания в писари;
разстригу Зворыкина вместо смертной казни, сверх бывших ему розысков, бить кнутом нещадно и, с вырезанием у него ноздрей, сослать в Охотский острог в работу вечно;
иеромонаха Ефрема, за важные его вины, по лишении иеромонашества, бить кнутом нещадно и сослать в Оренбург в шахты вечно;
иеродиакону Боголепу, за вины его, лиша монашеского чина, вместо кнута учинить нещадное наказание плетьми и отослать в Военную коллегию, для написания в солдаты».
В 1741 году на престол взошла императрица Елизавета Петровна. Многие люди, осужденные и сосланные во времена бироновщины, получали помилование и освобождались. Из осужденных по Саровскому делу первым был отпущен Степан Викторов (Сильвестр). Он был освобожден от военной службы, и ему вернули монашество. В 1743 году освободили Зворыкина, и в 1744-м он добрался до Саровской пустыни с указанием Московской духовной дикастерии: «…по Всемилостивейшему Ея Императорского Величества указу, из той Сибири освобожден, и посылается к тебе, Настоятелю Дорофею, и быть ему у тебя, Настоятеля, в послушании монастырском, а сверх оного монашества, в другие чины никуда не выбирать».
Саровские монахи стали предпринимать попытки вызволить из неволи остальных. Но сначала, в 1742 году, они попросили вернуть им конфискованные книги. Книги были возвращены. 27 января 1743 года Дорофей рискнул уже обратиться в Синод с прошением на высочайшее имя по поводу томившихся в ссылке людей. Он, ссылаясь на свою старость, просил возвратить в пустынь на его место Иосию и других монахов. Синод переслал запрос в Тайную канцелярию, из которой ответили, что Самгин, Кучин и Короткий (Ефрем) значатся в вечных ссылках и освобождению не подлежат, Боголеп, будучи в Кронштадтском гарнизоне, женился, а иеродиакон Феофилакт, так же как Иоанн, скончался под караулом, о чем в Сарове, видимо, не знали.
Прослышав об освобождении Зворыкина, в начале 1745 года в Московскую синодальную контору явились с разрешения сибирских властей Иосия и Иаков. Обоих поместили в Донской монастырь и послали запрос в Синод, а тот обратился за разъяснениями в Тайную канцелярию. Несмотря на смену императрицы, во главе Тайной канцелярии остался тот же человек — граф Ушаков. Ответ был чисто российским: «…они, вместо смертной казни, отправлены на работы вечно — и о свободе их из ссылки в Тайной канцелярии не токмо указу, но и известия не имеется; а потому, взяв их, Самгина и Кучина, из Донского монастыря, а Зворыкина из Саровской пустыни, в контору Тайной канцелярии, по сношению с московской Синодальной конторой, снять с Зворыкина монашество, ежели оно подлинно ему возвращено, и отправить из той конторы всех троих, на ямских подводах, немедленно в Сибирь, по-прежнему, а именно: Самгина — в Камчатку, Зворыкина — в Охотский острог, Кучина — на сибирские казенные заводы, в работу — вечно: и ту отправку учинить на коште сибирского губернатора… и свободе за те свои важные вины они не подлежат; а потому сибирскому губернатору не имея из Тайной канцелярии точного указа об их свободе, и освобождать их собою не надлежало; за что подлежал оный губернатор штрафу, но вместо того учинить на его счет означенную обратную их в Сибирь отправку. 22 марта 1745 года».
Не выдержав, по-видимому, угрозы повторной ссылки, Зворыкин скончался. Дальнейшая судьба Иосии и Иакова не известна. Интересна история освобождения последнего оставшегося в ссылке иеромонаха Ефрема. Он отбывал свое наказание в Орской крепости, где исполнял обязанности церковнослужителя. Сохранилось повествование о том, что Ефрем заслужил помилование, найдя весьма значительный клад, который «…с полною заботливостью и неприкосновенностью представлен им он был властям».