В соответствии с тогдашними законами Российской империи ему был выписан специальный билет для беспрепятственного проживания в уединенной келье, подписанный старцем Исайей. «Объявитель сего, — говорилось в билете, — Саровской пустыни иеромонах Серафим, уволен для пребывания в пустыне, в своей даче (келье. — В.М.), по неспособности его в обществе, за болезнию, и по усердию и после многолетнего искушения в той обители и в пустыне, уволен единственно для спокойствия духа, Бога ради, и с данным ему правилом, согласно святых отец положениям, и впредь ему никому не препятствовать пребывание иметь в одном месте…»
Непосредственной причиной переселения подвижника из обители стала болезнь ног: от постоянного стояния в течение многих лет на ногах, не только днем, но и ночью, преподобный впал в недуг; ноги его распухли, на них открылись язвы, так что он на некоторое время лишился возможности священнодействовать.
Келья, в которой поселился Серафим, находилась в густом сосновом лесу, на берегу речки Саровки, на высоком холме, верстах в пяти-шести от монастыря. Она представляла собой небольшую избушку из одной комнатки с печкой и сеней. Возле кельи преподобный устроил небольшой огород, а потом и пчельник. Позднее эта келья получила название «Дальняя пустынька».
Неподалеку от Серафима жили и другие саровские отшельники. Вся окрестная местность, состоявшая из возвышенностей, усеянных лесом, зарослями кустарника, напоминала Святую гору Афон, и потому Серафим назвал свой холм горой Афонской; наиболее уединенным местам в лесу он также дал названия святых мест: Иерусалим, Вифлеем, Иордан, поток Кедрский, Голгофа, гора Фавор и другие. Так окрестности Сарова стали новой Святой землей.
Одежду преподобный носил всегда одну и ту же — простую и даже убогую: на голове поношенную камилавку, на теле полукафтан в виде балахона из белого полотна, на руках кожаные рукавицы, на ногах кожаные чулки и поверх лапти. На груди у него висел медный крест, которым некогда благословила его мать, а за плечами — сумка со Святым Евангелием, с которым преподобный никогда не расставался.
Все свое время Серафим проводил в трудах, молитве и чтении Священного Писания и других божественных книг, прежде всего писаний Отцов Церкви. В холодное время он собирал сучья и хворост и рубил их топориком для обогрева своей убогой кельи. Летом работал на огороде, где выращивал овощи. Для удобрения земли преподобный ходил в жаркие летние дни на болото и собирал там мох.
Так он проводил будние дни, а накануне воскресных и праздничных дней возвращался в Саровскую обитель, слушал вечерню, всенощное бдение или утреню и за ранней литургией причащался Святых Тайн. Вечером он брал с собою хлеб на неделю и уходил в свою пустынную келью. Впоследствии преподобный вовсе отказался от монастырского хлеба и стал жить только тем, что выращивал на огороде. Уже в конце жизни он признался, что в течение почти трех лет питался одним отваром травы сныти, которую собирал летом и сушил на зиму.
В эти годы его нередко посещали саровские иноки, а иногда и миряне; они приходили за советом, или наставлением, или просто, чтобы повидать его. Святой умел распознавать людей и их тайные мысли: от разговора с одними он уклонялся и встречал их молча, с другими беседовал охотно. Если же старец встречал кого-нибудь вне своей кельи, например в лесу, то обыкновенно смиренно кланялся ему и, не вступая в беседу, удалялся молча. «От молчания никто никогда не раскаивался», — не раз говорил он впоследствии.
Каковы были подвиги святого в это время, мы можем только догадываться. Сам он рассказывал, между прочим, что принял на себя, по примеру древних отцов, подвиг столпничества. В лесу, на полпути от кельи к монастырю, лежал высокий гранитный камень. Ночью, никем невидимый, преподобный взбирался на него и, стоя на ногах или на коленях, молился, взывая к Богу: «Боже, милостив буди мне грешному». В своей пустыньке он также поставил большой камень и молился на нем с утра и до вечера, прерываясь лишь для недолгого отдыха и принятия скудной пищи. И так, в этом великом подвиге, преподобный провел тысячу дней и тысячу ночей. От такого невероятного напряжения сил и почти трехлетнего стояния на камне старец пришел в крайнее телесное истощение; на ногах его образовались болезненные язвы, и он вынужден был прекратить сей великий подвиг. Преподобный Серафим рассказал об этом своим ученикам лишь в конце жизни, незадолго до смерти. Впоследствии эти молитвенные камни были разнесены паломниками на кусочки, и многие получали от них исцеление.