По возвращении в монастырь после пятнадцатилетнего пребывания в пустыни начался новый подвиг преподобного — затворничество. 9 мая, в день перенесения мощей святителя Николая, старец Серафим причастился в больничной церкви Святых Зосимы и Савватия Соловецких и, взяв благословение у настоятеля Нифонта, поселился в прежней своей монастырской келье. При этом он никого не принимал к себе, никуда не выходил и не говорил ни с кем ни слова. В келье своей он не держал ничего, даже самых необходимых вещей: лишь икона Божией Матери, перед которой всегда горела лампада, да обрубок пня, заменявший ему стул, составляли всю его обстановку. Старец не употреблял даже огня. Он носил ту же одежду, что и в пустыни. Под рубашкой на груди у него висел большой пятивершковый железный крест, который старец именовал «веригами». Но собственно вериг и власяницы он не носил. Пил преподобный одну только воду, в пищу же употреблял лишь толокно и белую квашеную капусту. Воду и пищу приносил ему живший по соседству инок Павел. В течение всех лет затвора во все воскресные и праздничные дни старец причащался Святых Тайн, приносимых ему прямо в келью из больничной церкви. Чтобы не забыть о часе смертном, он попросил поставить в сенях своей кельи гроб, выдолбленный им самим из цельного дуба.
После пятилетнего пребывания в затворе старец несколько ослабил его. Затем понемногу преподобный стал беседовать с приходящими к нему иноками и мирянами, исповедовать их, все еще не выходя из затвора.
Так святитель принял на себя новый великий подвиг так называемого старчества, всецело посвятив себя служению миру, духовному руководительству и врачеванию иноков и всех нуждающихся в его утешении и совете. Окончательно он оставил затвор только в 1825 году, после нового чудесного явления ему Пресвятой Богородицы.
По болезни ног он уже не мог часто ходить в свою прежнюю, «дальнюю пустыньку». Ему полюбился так называемый Богословский родник верстах в двух от монастыря. По просьбе старца родник расчистили; Серафим стал повсюду собирать камешки и выкладывать ими дно родника. Впоследствии этот родник получил название «Серафимова» и прославился тем, что от его воды люди получали исцеление от самых различных болезней. На горке возле родника для преподобного был устроен небольшой сруб без окон и даже без дверей, с земляным входом. Позже поставили новую келью с дверями и печью, но также без окон. В этой келье, получившей название «нижней», или «ближней пустыньки», старец проводил все будние дни, к вечеру же возвращался в монастырь. (Впоследствии эта «ближняя пустынька» была перенесена в Серафимо-Дивеевский монастырь, основанный преподобным.)
Сорок семь лет провел к тому времени старец в монастыре, из них шестнадцать лет в пустынножительстве, другие шестнадцать лет в затворничестве, в многолетнем молчании, в неустанных трудах над своей душой. Слава о великом подвижнике давно уже ходила по всей России. Тысячи страждущих духом, чающих наставления, духовного или телесного исцеления устремляются к святому старцу — и теперь преподобный готов принять всех их.
Среди приходящих в обитель были люди самого различного звания: и знатные люди, и государственные деятели, и даже члены императорской фамилии (в 1825 году преподобного Серафима Саровского посетил и принял от него благословение великий князь Михаил Павлович, брат тогдашнего императора Александра I и будущего Николая I; существует предание, согласно которому святого незадолго до своей смерти посетил и император Александр I). Но более всего было простолюдинов, крестьян. Поток паломников к «батюшке Серафиму» особенно возрос в последние годы его жизни; иной раз ему приходилось принимать до двух тысяч и даже более человек. Старец как бы насквозь видел каждого, и слово его исцеляло многих, даже зачерствевших душою людей.
Ко всем приходящим он обращался одинаково ласково, каждого называл «радость моя» или «сокровище мое», и это были не простые слова, ибо святой старец искренне радовался, видя в грешнике истинное христианское настроение и готовность раскаяться. Люди уходили от преподобного духовно утешенные, часто в духовно-восторженном состоянии. «Радость моя! Стяжи себе мирный дух, и тысячи вокруг тебя спасутся», — говорил он одному благочестивому посетителю. Эти слова в полной мере применимы к самому святому.