А в шесть вечера состоялась самая главная и торжественная церковная служба этих дней — всенощная, во время которой произошло прославление Серафима Саровского как святого Русской Православной Церкви. Гроб с его останками был перенесен из Зосимо-Савватиевской церкви в Успенский собор; носилки с ним несли Николай II, великие князья и архиереи.
Из дневника царя: «Впечатление было потрясающее, видеть, как народ и в особенности больные, калеки и несчастные относились к крестному ходу. Очень торжественная минута была, когда началось прославление и затем прикладывание к мощам. Ушли из собора после этого, простояв три часа за всенощной».
По распоряжению Синода всенощные бдения в ознаменование прославления Серафима Саровского состоялись 18 июля во всех православных храмах Российской империи, а 19 июля — литургии и молебны святому преподобному Серафиму. Во время службы 19 июля в Сарове крестный ход с мощами Серафима Саровского, которые несли на носилках Николай II с великими князьями, обошел вокруг Успенского собора, после чего мощи были помещены в установленную в соборе раку. К вечеру 19 июля относится следующая очень любопытная запись в дневнике царя: «В 7 с ½ обедали у Мама. Затем по два и по три пошли к источнику, где с особым чувством выкупались из-под крана студеной водой. Вернулись благополучно, никто в темноте не узнавал». Так состоялось это вошедшее в легенды купание Николая II и Александры Федоровны в источнике преподобного Серафима, которое связали затем с рождением наследника императора. Интересно, что в официальных репортажах, порой очень подробных, ничего об этой вечерней прогулке к источнику не сказано. На следующий день 20 июля в девятом часу утра Николай II со свитой отбыл из Сарова.
Торжества 1903 года раз и навсегда изменили жизнь Саровской пустыни. Монастырь был обречен принимать и обслуживать тысячи и тысячи паломников. Ежедневно в течение первых месяцев после канонизации в монастыре находились 20–30 тысяч богомольцев, а на праздник Успения (15 августа по старому стилю) — до 50 тысяч. Естественно, что летом, особенно в день преподобного Серафима (1 августа по новому стилю), количество паломников увеличивалось, зимой — несколько уменьшалось. Со временем, начиная с 1906–1907 годов, поток богомольцев несколько ослабел.
Новый статус Сарова как места паломничества привел к ряду отрицательных, по мнению священнослужителей, сторон. Сразу отказались от монастырской традиции бесплатно кормить всех богомольцев. Монахи вместо обычных послушаний и молитв начали заниматься торговлей, присмотром особо посещаемых мест и т. п. Подобная атмосфера ощущалась и паломниками. В их воспоминаниях чувствуются нотки разочарования. Святой Серафим представлялся человеку, прочитавшему его Житие и видевшему его канонические изображения, старцем, жившим в гармонии с природой и в окружении ее. Постановка «на поток» политической идеи не могла не нарушить эту гармонию. Характерно, что уже в 1904 году это почувствовал известный писатель и философ В. Розанов: «Тропинка от монастыря до ключа — та самая, по которой всю свою жизнь ходил из кельи в монастырь св. Серафим, — искажена и уже, увы, непоправимо! Именно прошлый год… просекли и разработали инженерно большую дорогу туда: и, конечно, тропинка, которая раньше пролегала тут, бесследно исчезла — и исказился самый вид этой местности, на который Преподобный постоянно смотрел!»
Монастырское руководство стремилось хоть как-то сохранить верность традициям и уставу, не допустить дальнейшей коммерциализации жизни монастыря. Настоятель Иерофей употребил все свое влияние, чтобы не дать осуществиться разработанному в 1908 году проекту строительства через Саров железной дороги. В письме к ардатовскому городскому старосте, стороннику проекта, он писал: «Саровская пустынь насаждена безмолвием, им она прославилась, им она всегда привлекала его любителей».
Тем не менее внешний вид Саровской пустыни в эти годы стремительно менялся. В 1905–1906 годах были построены новые кирпичные складские и хозяйственные помещения, в 1911–1914 годах были выстроены три новых гостиничных корпуса на западном краю монастыря. В Москве на месте подворья Саровской пустыни решено было построить большой пятиэтажный доходный дом и часовню. Строительство было окончено в 1914–1915 годах. (Этот дом по Старосадскому переулку, № 6 на углу с Петроверигским переулком сохранился в Москве до нашего времени.)
Изменение статуса монастыря вызвало и смену хозяйственной политики. Ряд объектов монастырского натурального хозяйства (водяные мельницы, удаленные от монастыря угодья) монахи стали сдавать в аренду или продавать. В 1906 году часть земли (2374 десятины) была продана двум крестьянам села Старый Город — А. А. Козлову и М. Г. Курносову за 210 тысяч рублей.