В этот свой приезд в Саров комиссия произвела из Саровских церквей изъятие 23 фунтов (около 9 килограммов) жемчуга, 9 пудов 23 фунтов (153 килограммов) серебра и двух аметистов из раки преподобного Серафима.
В целом по России, так же как и в Сарове, кампания по изъятию церковных ценностей проходила достаточно спокойно, но ход кампании не давал ожидаемой суммы. В марте 1922 года мирный ход кампании был прерван инцидентом в городе Шуе. При изъятии в церквях города произошло вооруженное столкновение красноармейцев с верующими, погибло четыре человека. Это дало повод Троцкому и поддерживавшим его Бухарину и Зиновьеву потребовать ужесточения подхода к Церкви.
Соответствующие директивы сверху были переданы на места. В июне в Темников прибыл из Тамбова представитель губернского исполнительного комитета Захаров. По его мнению, местная «…комиссия пошла в противовес твердой политике РКП по пути наименьшего сопротивления».
Вторичное изъятие ценностей из Саровской пустыни состоялось 30 июня под личным руководством товарища Захарова. При этом сумели найти и изъять значительно больше, чем в первый раз:
золота — 13 золотников 95 долей (59 граммов),
серебра — 37 пудов 13 фунтов 93 золотника 40 долей (597 килограммов),
жемчуга — 5 фунтов 14 долей (более 2 килограммов),
алмазов — 74 доли (около 7 карат),
бриллиантов — 97 долей (около 9 карат).
Основной вес серебра составили ризы с икон из соборов, некоторые были весом в один-два пуда.
В протоколе заседания комиссии занесено высказывание одного члена комиссии: «…не уверен, что в Сарове все имущество налицо, есть основания думать, что часть имущества спрятана». В архивах МВД исследователь истории Сарова Юрченков обнаружил ряд донесений секретных осведомителей, которых, видимо, было немало в те годы в бывшем монастыре. Эти донесения основывались на слухах о спрятанных сокровищах. В пещерах якобы обнаружены места, заложенные камнем. В одном донесении утверждалось даже, что тайное хранилище ценностей расположено под «Красным собором» (очевидно, имелся в виду храм преподобного Серафима). В ответ на эту информацию последовало указание сотрудникам ОГПУ: «…вести строгое наблюдение за Саровской обителью и в частности за посетителями пещеры — игуменом Руфином и казначеем». 16 ноября 1923 года Саров посетил секретарь патриарха Тихона А. Готовцев. По слухам, попавшим в ОГПУ, «он увез отсюда золото». В другой раз, когда Готовцев ехал в Саров, он был арестован по дороге. Это произошло в январе 1924 года.
Не отсюда ли последние легенды о сокровищах Саровской пустыни? Известно со слов очевидцев всего о двух случаях находок в Сарове кладов, уже после закрытия монастыря. Один из них был найден в 1930-х годах в пещерах воспитанниками существовавшей тогда на территории монастыря детской колонии. Другой клад был найден уже во времена строительства секретного объекта, то есть после 1946 года. При прокладке через территорию монастыря нынешнего проспекта Мира в земле был обнаружен большой тяжелый сундук, который тут же увезли охранники (на строительстве работали заключенные). Содержимое и дальнейшая судьба сундука неизвестны.
24 марта 1927 года было принято правительственное решение о закрытии монастыря. Имущество и здания были конфискованы и отданы в ведение нижегородского управления НКВД. Монахи и служители были частично изгнаны, некоторые арестованы. Кто-то остался в Сарове. На базе монастыря было решено создать детскую трудовую колонию. По воспоминаниям одного из колонистов, прибывавших в Саров начиная с июня 1928 года, в момент их вселения в помещения бывшего монастыря там еще обитал кое-кто из братии.
Как сообщала газета «Завод и пашня», к началу 1929 года в Саровской трудовой коммуне имени В. В. Шмидта было около четырех тысяч беспризорников. Основной задачей трудовой коммуны фабрики № 4 Народного комиссариата труда было «…перевоспитать беспризорников через вовлечение воспитанников в трудовые процессы». Предполагалось развить на базе коммуны производства лесопильное, галантерейное, пошивочное, сапожное, деревообделочное и многие другие, в числе которых было даже производство стенных часов. Именно силами воспитанников коммуны развернулось весной 1929 года строительство ветки железнодорожной узкоколейной дороги, а в конце 1930-го по ней прошел первый поезд. Эта ветка, переведенная на широкую колею, связывает Саров с «большой землей» до сих пор.