Границы объекта существовали поначалу только на карте, «разведка» местности была проведена весьма приблизительно. Проблемой являлось и то обстоятельство, что, несмотря на запущенность зданий монастыря и потерю им своего прямого назначения, паломничество жителей окрестных мест сюда, особенно по православным праздникам, продолжалось. Люди шли к святым источникам, к местам отшельничества Серафима Саровского. Кроме основной магистрали со стороны Арзамаса, с разных направлений к выделенной территории подходило 17 грунтовых проселочных дорог и одна узкоколейка. Лесной массив, окружавший поселок, не везде имел даже просеки.
Режим охраны территории зоны должен был вступить в действие 1 мая 1947 года. Его обеспечение возлагалось на полк МВД под командованием подполковника С. Е. Гончарова. Полк в тот период времени ничем не отличался от аналогичных воинских подразделений системы внутренних дел. Задачи же требовалось решать специфические — создание полностью закрытой от внешнего мира строго секретной зоны, включавшей как производственную, так и жилую территории. Понимая, что создать в одночасье все необходимые условия, для того чтобы отрезать объект от Большой земли, невозможно, командование полка попыталось уклониться от возложенной на него задачи.
Тогда в Совет министров СССР от руководителя объекта генерал-майора П. М. Зернова поступила информация о невыполнении постановления, подписанного Сталиным. Небывалый по тем временам прецедент, и «исчерпан» он был очень быстро. Командир полка С. Е. Гончаров не только получил новое распоряжение командования войск о немедленном взятии зоны объекта под охрану с лагерным несением службы, но и «заработал» на свою голову специальную комиссию.
6 июня 1947 года члены комиссии, куда входили начальник войск МВД СССР по охране особо важных объектов промышленности и железных дорог генерал-лейтенант Сироткин, заместитель начальника отдела «К» МГБ СССР полковник Свердлов, начальник КБ-11 генерал-майор Зернов, заместитель уполномоченного Совета министров СССР по КБ-11 Рукавицын и, наконец, сам подполковник Гончаров, подписали акт о взятии периметра зоны объекта под охрану.
Начали форсированно прорубать в лесном массиве просеки шириной 25 метров. В помощь был привлечен саперный батальон. Параллельно началось сооружение ограждения периметра, сторожевых вышек, контрольно-пропускных пунктов. Были возведены четыре контрольно-пропускных пункта. Проход через них на объект был, таким образом, «легализован», а все остальные подходившие к территории зоны дороги были наглухо перекрыты. Частокол запретительных уведомлений типа «Проход закрыт», «Стой! Закрытая зона», «Тупик» был сооружен везде, где можно было пройти на территорию бывшего монастыря. Полностью строительство ограждений зоны и комплекса зданий (заставы, здание штаба охраны полка, казармы и т. п.), предназначенных для изоляции объекта, завершили в 1948 году. Стоило все это по ценам 1945 года более шеста миллионов рублей[27]. 17 июля 1947 года специальным постановлением Президиум Верховного Совета РСФСР вывел поселок Сарова из административного подчинения Мордовской АССР и исключил из всех учетных регистров. Так завершилось юридическое существование поселка Саров, который отныне стал лишь ведомственным жилищным фондом. Возникло анонимное поселение, обреченное на долгие десятилетия оставаться «невидимкой», в том числе и для собственных соотечественников.
Первыми жертвами секретности оказались некоторые люди, жившие здесь ранее. Большинство жителей, работавших на заводе, остались в этих местах, «потеряв», правда, название своего местожительства. Но часть населения еще до принятия решения Президиумом Верховного Совета РСФСР в конце июня того же года приказом начальника объекта, опиравшимся на постановление Совета министров СССР от 19 июня 1947 года, стала выселяться из расположения закрытой зоны. В списки отселяемых попали 502 человека (121 семья и 24 одиноких) по следующим мотивам: не внушают политического доверия, были осуждены в прошлом за уголовные преступления, являются выходцами из враждебных классов или не занимаются общественно полезным трудом[28]. Среди отнесенных к неблагонадежным числились и не заслуживающие подобных мер люди. Однако в тот период, при всей антигуманности подобной меры, они не стали «выброшенными людьми». Особым распоряжением правительство обязало Совет министров Мордовской АССР возместить отселяемым лицам стоимость жилых домов и хозяйственных построек, оставленных ими в зоне объекта, оплатить расходы переезда (280 рублей на человека) до нового места, выдать ссуды сроком на 7 лет размером 5 тысяч на каждую семью. Переселенцев обеспечили транспортом, необходимым количеством железнодорожных вагонов для перевозки имущества и скота, а также строительными материалами. На период переезда для животных безвозмездно был выделен зернофураж[29].