Центральную комиссию по допуску сотрудников к взрывным работам и работе с взрывчатыми материалами возглавлял первый заместитель главного конструктора КБ-11 К. И. Щелкин. Он же, и только лично, давал разрешение на проведение экспериментальных работ на спецплощадках. Инструкции по технике безопасности утверждались Ю. Б. Харитоном и К. И. Щелкиным. Каждый сотрудник, допущенный к опасным работам, проходил ежемесячный инструктаж. Требования комиссии по проверке знаний правил техники безопасности были настолько высоки, что большинство научных работников не осиливало сдачу экзамена с первого захода. Определенным барьером являлось то, что многие инструкции имели высокий гриф секретности и в силу этого не доводились до сведения всех исполнителей работ, прежде всего до рабочих и мастеров, которые знали о свойствах веществ, с которыми работали, лишь понаслышке.
Первые получившие разрешение на проведение взрывных опытов специалисты — асы своего дела, К. И. Щелкин, Л. В. Альтшулер, Д. М. Тарасов, хотя их профессионализм не вызывал никаких сомнений, обязаны были следовать жесточайшим условиям проведения эксперимента. Все, в том числе военизированная охрана, должны были быть заблаговременно удалены…
К середине 1948 года понимание необходимости специализированных служб по технике безопасности стало очевидным. Приказом П. М. Зернова была регламентирована ответственность всех должностных лиц за обеспечение безопасности на вверенных им участках. Но и при таком высоком уровне контроля отсутствие на объекте специальной службы охраны труда и техники безопасности нередко приводило к нарушениям. Все сведения об этом сосредоточивались в местных службах госбезопасности. Отсюда информация о нарушениях в обобщенном виде поступала руководителям объекта. Полученные сведения заставляли директора КБ-11, начальников лабораторий издавать приказы, уточнявшие порядок учета, хранения и выдачи взрывчатых и специальных материалов. Павел Михайлович обращается в высшие инстанции с просьбой ускорить создание специальной службы по технике безопасности и охране труда, но все-таки прошел еще год, прежде чем сформировался отдел по технике безопасности.
Количество несчастных случаев на производстве постепенно увеличивалось. В 1949 году их было 53, в том числе 8 профессиональных заболеваний, вызванных радиационным воздействием. Это сразу же стало предметом обсуждения руководителей объекта и министерства, после чего была создана система медицинского обслуживания сотрудников, включая обследование и профилактику.
Конечно, создание специального органа и издание инструкций еще не гарантирует безопасность. В. А. Цукерман отмечал, что официальные инструкции не исчерпывали всего свода правил, которыми руководствовались экспериментаторы. Существовали многочисленные неписаные нормы, вырабатывавшиеся в ходе практической деятельности. Ну и, конечно, выручал высокий уровень квалификации. За полигоны на объекте отвечали не просто кадровые офицеры, но и классные специалисты в своей опасной профессии. Все они имели высшее инженерное образование. Полигон на объекте возглавлял Г. П. Ломинский, выпускник Артиллерийской академии. До приезда в КБ-11 он руководил НИИ Главного артиллерийского управления. Начальниками испытательных площадок были офицеры инженерных войск Ю. А. Ворошилов, П. С. Повышев, И. П. Михеев и другие.
Отдавая должное всей совокупности факторов, обеспечивавших достаточно высокий уровень техники безопасности в КБ-11, В. А. Цукерман считал, что и Его Величество Случай бывал благосклонен к экспериментаторам, выручая их. Но на случай, судя по всему, не очень полагались. Ни одна более или менее серьезная производственная травма, ни одно происшествие не оставались без внимания и соответствующей реакции. И, как правило, выход находили не в дальнейшем ужесточении требований к технике безопасности, а в другом. Так, от электродетонаторов, доставивших немало хлопот при «общении» с ними, сумели отказаться вовсе, разработав новые средства инициирования. С 1948 года степень безопасности взрывных экспериментов резко повысилась и одновременно определились пути создания надежных схем подрыва «изделия».
Не только взрывная тематика доставляла большие хлопоты с точки зрения безопасности. Гораздо опаснее была радиоактивность — невидимый и серьезный противник
Зимой 1960 года случилась авария на производстве, которая грозила безопасности населению всего города. Весь состав рабочих и ИТР, несмотря на мороз, был выведен из помещения. В производственном корпусе уже находился директор Б. Г. Музруков. Доза в рабочем помещении раза в три превышала допустимую. При включении дозиметры издавали мелодичный звон, сигнализирующий о повышенной радиоактивности. Директор весьма оперативно привлек к работе нужных специалистов. Исследовав ситуацию, сделали вывод, что при таком превышении активности в эвакуации не было необходимости. Приняли решение выяснить и устранить причину.