Болонский университет монополизировал преподавание римского права; этим занимались одновременно множество профессоров, у каждого из которых была своя школа. Студенты платили им за обучение либо индивидуально, либо в складчину. Парижу не было дозволено преподавать гражданское право — за этим надо было ехать в Орлеан.
Все студенты Орлеанского университета были клириками, многим предстояло сделать церковную карьеру, самые известные становились епископами, игравшими большое значение в царствование Людовика Святого, Филиппа III и Филиппа IV. После того как Анжуйский дом завладел Сицилией, он беспрестанно черпал нужные кадры в Орлеанском университете. В XIII веке изучение гражданского права и профессура были самыми надежными способами добиться высоких государственных должностей: Симон Парижский стал канцлером Королевства Сицилия, Пьер из Оксонна сделал карьеру в Англии — оба прежде преподавали в Орлеане.
Орлеанские юристы соперничали с болонскими; их преподавание основывалось на диалектическом методе и новом умонастроении, которое выражалось в неприятии затверженных толкований и несогласии с канонистами (учеными, занимавшимися церковным правом), вольной интерпретации текстов и наполнении общих идей большим практическим смыслом.
В эту же эпоху право преподавали и в Авиньоне, Безье, Монпелье, но пальма первенства быстро перешла к Тулузе. В 1284 году профессором тамошнего университета был Гильом Ферьер, учившийся в Орлеане и ставший затем вице-канцлером неаполитанского короля Карла II и кардиналом Франции при папе Целестине V. В XIV веке университет процветал благодаря заботе о нем двух пап — Климента V и Иоанна XXII, в прошлом профессоров права. Тулуза тоже разработала свою методу: так, Пьетро Перегросси, учившийся в Болонье и Орлеане, переводил свои итальянские комментарии на провансальский диалект, чтобы его лучше понимали студенты, — в Орлеане такое и представить себе не могли. Однако университеты поддерживали тесные связи и даже практиковали «научные обмены»: тот же Ферьер давал уроки в Орлеане.
Медицинские школы довольно быстро встали на путь самостоятельного развития. В середине XV века врачи добились права не пребывать в статусе клириков (надо сказать, что на практике это правило уже давно не соблюдалось). Медицинский факультет открывал хорошие перспективы в смысле материальной обеспеченности, но доктора могли найти себе клиентов только среди зажиточных людей; средний класс и беднота предпочитали обращаться напрямую к аптекарям, хирургам и цирюльникам, которые тогда выполняли нехитрые врачебные операции типа кровопускания. Теоретики-врачи считали, что практики-хирурги отбивают у них хлеб, и делали всё, чтобы исключить эту корпорацию из сословия ученых мужей, к которому принадлежали сами.
На самом деле более надежный способ получения обширной практики — стать настоящим врачевателем, способным не только рассуждать на латыни, но и лечить. После изгнания сарацинов из Испании многие знаменитые арабские врачи, последователи Авиценны и Аверроэса (Абу-ль Валида Мухаммеда ибн Рушда), обосновались в Монпелье, создав там ядро медицинской школы. Профессора университета являлись еще и успешными врачами-практиками, чем, собственно, и снискали медицинскому факультету европейскую славу. Например, граф де ла Шамбр из Савойи лечился в Базеле, но был признан тамошними врачами прокаженным и неизлечимым; в Монпелье же его исцелили.
Преимущество обучения в Монпелье заключалось в том, что студенты могли сопровождать докторов во время визитов к пациентам, следить за постановкой диагноза, осуществлением медицинских предписаний и действием лекарств. За известным врачом по улице следовала толпа студентов.
Докторов выпускали и другие университеты на юге Франции, например в Валансе или Ажене, но они не столь высоко котировались в сопредельных странах. В немецкоговорящих государствах ходила поговорка про французские медицинские школы: «Accipimus pecuniam, et mittimus stultos in Germaniam» («Мы берем деньги, а их отправляем в Германию дураками»). Поэтому в Базеле, например, даже выпускник Монпелье не мог начать практиковать, не выдержав публичного диспута, то есть не сдав экзамен на профпригодность.
Качество обучения во многом зависело от позиции руководства школы и ее высоких покровителей. Курфюрсты Пфальца заботились об основанном ими Гейдельбергском университете и развивали новые течения, например, гуманизм на юридическом факультете. Фридрих I Победоносный (1451–1476) реформировал богословский факультет, разрешив преподавать там реализм. Отто Генрих (1556–1559) в 1556 году преобразовал университет в Высшую школу евангелизма; отныне студенты могли посещать занятия в светской одежде. На теологическом факультете стали в обязательном порядке изучать древнееврейский и греческий языки, на медицинском — уделять больше внимания практике.