Улаживая конфликты со своими ближайшими родственниками, Людовик XIII одновременно решал еще одну серьезную внутреннюю проблему, грозившую перерасти во внешнюю. Гугеноты, которым принадлежало несколько городов и крепостей на юге Франции, не подчинялись французским законам и практически создали государство в государстве. Своеобразно истолковав Нантский эдикт о веротерпимости, изданный Генрихом IV в 1598 году, гугеноты распространили свободу вероисповедания на административную область: издавали свои законы, вводили налоги. В 1620 году ассамблея протестантов в Лудене закрыла своим постановлением доступ католикам в протестантские укрепленные города. 25 декабря того же года собрание протестантов в Ла-Рошели провозгласило союз реформатских провинций Франции. Людовик и Люинь осадили Монтобан, но осада не принесла результатов, и ее пришлось снять. На следующий год, уже после смерти Люиня, король возглавил новый военный поход против гугенотов. В октябре 1622 года в Монпелье был заключен мир; многие протестантские военачальники за деньги перешли на королевскую службу. Людовик подтвердил Нантский эдикт и даровал мятежникам амнистию. Взамен они должны были разрушить недавно построенные укрепления, сохранив за собой лишь Ла-Рошель и Монтобан. Со своей стороны, король обязался снести форт Луи под Ла-Рошелью, однако не торопился исполнять свое обещание. Тогда жители этого города отправили посольство к английскому королю, прося его о покровительстве.
Фаворит и главный министр английского короля герцог Бекингем охотно откликнулся на их призыв: его настойчивые ухаживания за Анной Австрийской не могли не вызвать гнев французского короля, который объявил Бекингема «персоной нон грата». Ришелье получил полномочия военного министра, направил армию под Ла-Рошель, заключил договор с Испанией и Нидерландами, которые должны были прислать на помощь свои корабли. Осада Ла-Рошели продолжалась целый год; 1 ноября 1628 года Людовик и Ришелье въехали в сдавшийся город под ликующие возгласы своих солдат: «Да здравствует король! Да здравствует великий кардинал!» С Англией заключили мирный договор.
Теперь Людовик XIII мог активнее заниматься внешней политикой. Первым делом он устроил поход в Пьемонт против испанцев и савойцев, чтобы отстоять права герцога Карла де Невера, находившегося под его покровительством, на герцогство Мантуанское. Король и кардинал вместе разрабатывали планы военных походов: Ришелье определял стратегические задачи, Людовик – пути продвижения войск, маршруты подвоза провианта и боеприпасов. Переговоры с Савойей, Испанией и Священной Римской империей вел Ришелье. Ему, как обычно, приходилось доводить до конца все начинания энергичного короля: именно кардиналу летом 1629 года сдался Монтобан – последняя твердыня протестантов. Но опасность подкралась с другого бока: он неожиданно лишился доверия Марии Медичи. Во время пьемонтского похода Людовик опасно заболел и чудом избежал смерти. Обе королевы и их приближенные, собравшись у постели больного, решали судьбу Ришелье: сослать его или арестовать? Молодой капитан гвардейцев де Тревиль предложил отправить его путем Кончини. По счастью, король выздоровел, а кардинал в эти страшные дни чуть сам не умер от тревоги.
Теперь мать и сын поменялись ролями: Мария Медичи требовала вывести Ришелье из Совета, Людовик настаивал на их примирении. 11 ноября 1630 года Ришелье явился в Люксембургский дворец, где между матерью и сыном происходило бурное объяснение. Кардинал интуитивно избрал правильную тактику: он не стал оправдываться или опровергать возводимые против него несправедливые обвинения, а со слезами просил у королевы прощения. По Парижу уже распространились слухи об отставке Ришелье и о том, что новым главным министром станет ставленник королевы-матери Мишель де Марильяк. Однако решение короля всех поразило: Марильяк и его брат, всего два дня как произведенный в маршалы, были арестованы, а Ришелье остался на своем посту (чуть позже Людовик сделал его герцогом и пэром). День 11 ноября назвали «Днем одураченных».
Упрямая Мария Медичи сама себя отправила в изгнание, уехав в Брюссель (Испанские Нидерланды), и пыталась подбить испанцев на военное выступление против Франции. Гастон бежал в Лотарингию, без согласия старшего брата женился на сестре герцога Карла Лотарингского Маргарите и тоже готовился выступить в поход. Фактически мать и брат французского короля своими руками готовили иноземное вторжение на территорию своей страны! Примечательно, что понятие «родина» впервые было введено в политический обиход именно кардиналом Ришелье, который говорил, что у него «нет других врагов, кроме врагов государства».