К этому времени Испания уже пережила период своего расцвета и быстрыми шагами шла к глубокому экономическому упадку. Золото Америки не оплодотворило испанскую промышленность, а ушло в бездонные карманы испанских грандов и царедворцев, корабли же, идущие из-за океана с грузом пряностей и других колониальных товаров, предпочитали швартоваться не в Кадиксе, а в Антверпене, где торговля приносила большие барыши. В результате уже к концу XVI века обнищавшая Испания превратилась во второстепенную державу, и богатые Нидерланды, волею истории оказавшиеся у нее в подчинении, не могли не представляться ей весьма лакомой добычей. Отсюда неизбежность конфликта между передовой нидерландской буржуазией и феодально-абсолютистской Испанией, который и привел в конечном итоге к Нидерландской революции.
Все началось с идеологии. Стремясь «испанизировать» Нидерланды, с целью ограбления их по образцу своих заокеанских колоний, Филипп решил нанести удар по самому больному месту — религии. К этому времени по стране быстро распространялся кальвинизм. Буржуазия городов создавала консистории по женевскому образцу. Среди ремесленников и крестьян, зараженных всевозможными «ересями» (прежде всего анабаптизмом), также зрело возмущение против католической церкви. Ревностный католик, оплот и радетель «святой» инквизиции у себя дома, Филипп задумал «навести порядок» и в Нидерландах. В стране запылали костры. За отказ «образумиться» и вернуться в лоно католицизма «еретиков» сжигали, имущество же их конфисковывали в пользу испанской казны. Тогда поднялось все население Нидерландов. Первыми заявили о себе дворяне, возглавляемые лидерами национальной аристократии — принцем Оранским Вильгельмом Молчаливым, полководцем графом Эгмонтом и адмиралом Горном. В 1565 году была организована Святая лига, и в Брюссель, ко двору штатгальтера Маргариты Пармской, отправилась депутация с требованием отменить репрессивные меры правительства. Но народ не стал дожидаться официальных решений и дружно поднялся на борьбу. Осенью 1566 года в двенадцати провинциях вспыхнуло восстание под флагом «иконоборчества» («белденстром»), вылившееся в разгром католических церквей, уничтожение икон и прочих атрибутов «римского идолопоклонства». Маргарите (не без помощи струхнувшего нидерландского дворянства) удалось подавить восстание. Но Филипп решил использовать этот повод для задуманной акции. Маргарита Пармская фактически была отстранена, а ее место занял суровый и жестокий полководец герцог Альба. Немедленно по прибытии в Нидерланды новый наместник учредил Совет по делу о мятежах, по приговорам которого погибло около восьми тысяч человек, в том числе Эгмонт и Горн, а Вильгельм Оранский, спасаясь, бежал за рубеж. Но это не сломило мужества народа. Пиком революции стал 1572 год, когда восстание охватило все северные провинции. Испанские каратели не заставили себя ждать. Дорога на север стала дорогой крови. Осады, расправы… Амстердам, Харлем… Но под Лейденом их ждал полный провал. Мужественные горожане пошли на крайнюю меру — открыли шлюзы, ограждающие сушу от моря. Город был затоплен, но водная стихия «смыла» испанских солдат — они в ужасе бежали и покинули север. Это была решительная победа в масштабах всей страны. Филипп в гневе отозвал Альбу, а революция стала национальным праздником, на какой-то момент приведшим к объединению всех Нидерландов (Гентское соглашение 1576 года). Но затем союзники разошлись: предприниматели Фландрии и Брабанта не хотели полностью порывать с Испанией — их мастерские работали на испанском сырье. Кроме того, дворянство и богатая буржуазия юга убоялись радикализма протестантских проповедников, опасаясь, как бы революция не зашла слишком далеко и не нарушила их собственности и привилегий. В результате южные провинций заключили между собой сепаратное соглашение (Аррасская уния, 1579 год). В ответ на это семь северных провинций в том же году заключили свой союз, Утрехтскую унию, обещая «соединиться навеки, как будто бы они составляли одну провинцию», а вслед за этим особым актом объявили Филиппа II низложенным.