Столицей государства горцев были аулы Ашильта и Ахульго в Дагестане, а после их разрушения царскими войсками - Дарго и Ведено в Чечне. Вот свидетельство одного из очевидцев: «Дарго, жилище Шамиля, заключало в себе дворец и много других больших зданий, в коих помещались приверженцы его и разные заведения; кроме того, с западной стороны аула, за широким рукавом Аксая, устроены были с большими удобствами избы, служившие жилищем русским, бежавшим к Шамилю в разное время».
Наиб Шамиля Магомед-Амин, посланный в 1848 году на Западный Кавказ, сумел завоевать доверие значительной части абадзехов, натухайцев и шапсугов. В попытке установить среди адыго-черкесов политическое управление, сходное с Имаматом в Дагестане и Чечне, он разделил их земли на участки и округа. Участки создавались на основе сельских общин (примерно по 100 дворов в каждой) с выборными старшинами во главе. Несколько участков составляли округ. Центром округа являлось мехкеме - укрепленный горский аул, в котором находились окружное управление, суд, тюрьма, провиантский магазин, мечеть и духовное училище. Округом управляли муфтий и советы из трех кадиев с правами административной и судебной власти. В распоряжении окружного управления находились отряды ополченцев и муртазикатов (муртазагеты, муртазеки) - ядро постоянной армии адыгов. Высшая светская и духовная власть была сосредоточена в руках самого Магомед-Амина. Всего было создано семь округов: четыре-в землях абадзехов, два - у натухайцев и один - у шапсугов. Сопротивление на Западном Кавказе продолжалось даже после завершения войны в Дагестане в августе 1859 года, когда, после штурма высокогорного Гуниба, окруженный имам Шамиль принял условия почетного пленения. Противоборство длилось до середины 60-х годов и завершилось массовым переселением черкесов (особенно из числа «демократических» племен), а также части чеченцев и дагестанцев в Турцию.
Если на ход Кавказской войны значительно повлияли духовные наставники горцев шейхи Магомед Ярагинский и Джамалуддин Казикумухский, то после ее окончания большое влияние приобрел шейх Кунта-Хаджи Кишиев из чеченского аула Илсхан-юрт. Кунта-Хаджи проповедовал учение тариката кадирийа, которое позже стали называть «зикризмом». Как отмечал В. X. Акаев, автор книги «Шейх Кунта-Хаджи: жизнь и учение»: «…В своих проповедях и наставлениях он осуждал кровопролитие как богопротивное дело, призывал горцев к ненасилию, милосердию, братской помощи, мирному укладу жизни».
В послевоенной атмосфере неопределенности и тревожного ожидания перемен народ нуждался в духовной опоре и воспринял учение миротворца. Последователями шейха становились не только простые горцы, но и бывшие сподвижники Шамиля. Царские власти поначалу не увидели в учении Кунта-Хаджи ничего опасного. Но когда число последователей шейха стало стремительно увеличиваться, приобретая очертания объединяющей силы, администрация забеспокоилась. Шейх и множество его последователей были арестованы. Сторонники шейха подняли восстание, требуя освободить арестованных. На усмирение восставших были брошены войска. У села Шали произошел бой, стоивший обеим сторонам больших жертв.
Кунта- Хаджи с ближайшими сподвижниками был отправлен в ссылку, откуда уже не вернулся. Но в народе он приобрел значение «эвлии» - святого и у него по-прежнему много последователей. О Кунта-Хаджи сложены народные песни.
Послевоенное управление на Кавказе
С начала 1850-х годов князь А. И. Барятинский, тогда еще не наместник, а начальник левого фланга Кавказской линии, стал вводить для управления подконтрольной частью Чечни наибства и словесные суды, к которым горцы привыкли в Имамате. Восстановлено было и сельское самоуправление, но под контролем военных или царских чиновников. Подобная система впоследствии получила название военно-народного управления.
После завершения Кавказской войны 1817-1864 годов началась постепенная замена военного управления Северным Кавказом на гражданское. В 1860 году вместо правого и левого флангов Кавказской линии были созданы Кубанская и Терская области; Черноморское казачье войско стало называться Кубанским, а Кавказское линейное - Терским.
Горское население Кубанской области в 1865 году было распределено по пяти военно-народным округам: Псекупскому (сюда вошли аулы западных черкесов по среднему течению Кубани и нижнему течению реки Псекупс), Лабинскому (объединял черкесов, живших по рекам Лабе и Белой), Урупскому (черкесы, ногайцы и армяне, жившие по Урупу и его притокам), Зеленчукскому (черкесы, абазины и ногайцы по рекам Большой и Малый Зеленчук) и Эльбрусскому (карачаевские и абазинские аулы по Куме и ее притокам). Прежние феодальные владения упразднялись. Функции и штаты военно-окружных управлений были определены в специальном «Положении», утвержденном наместником и главнокомандующим Кавказской армией великим князем Михаилом Романовым 20 января 1866 года.
На Западном Кавказе, ввиду небольшого количества горского населения (к концу 60-х гг. XIX в. его оставалось около 87 тыс. чел. - 6% от прежнего состава), а также в связи с наплывом переселенцев из южных и центральных губерний России, военно-народные округа уже в 1871 году были упразднены и введено традиционное гражданское управление. Кубанская область подразделялась на 5 уездов: Ейский, Темрюкский, Екатеринодарский, Майкопский и Баталпашинский. Основная масса горского населения проживала в трех последних уездах. Южные районы области, ранее населенные черкесскими племенами убыхов, шапсугов, джигетов, саше и другими, вошли во вновь образованную Черноморскую губернию.
Терская область была разделена на 8 округов: Кабардинский (кабардинское и балкарское население), Осетинский, Ингушский, Кумыкский, Чеченский, Аргунский, Ичкерийский и Нагорный (последние 4 округа были населены чеченцами). Административная, военная и судебная власть в округах принадлежала их начальникам. Округа делились на участки во главе с участковыми начальниками - царскими офицерами. Существовавшие ранее в Кабарде княжеские владения ликвидировались. Устанавливалось раздельное управление для гражданского, казачьего и горского населения. В 1871 году Кабардинский округ был переименован в Георгиевский, Кумыкский - в Хасавюртовский; Осетинский и Ингушский объединены в один Владикавказский; созданы новые округа: Грозненский, Веденский и Кизлярский.
Наиболее пестрой оставалась картина управления в Дагестане. По «Положению об управлении Дагестанской областью», 5 апреля 1860 года утвержденному наместником А. И. Барятинским, во главе Страны гор был поставлен начальник из царских генералов, облеченный огромной властью. В области гражданского управления он пользовался правами генерал-губернатора, в области военного - командира корпуса. Он мог применять оружие против горцев, предавать их военному суду и высылать в административном порядке.
Область состояла из четырех отделов: Северный Дагестан (Даргинский округ, Мехтулинское ханство, шамхальство Тарковское и Присулакское наибство), Средний Дагестан (Аварское ханство, Гунибский и Казикумухский округа), Верхний Дагестан (остальные высокогорные селения, ранее входившие в Имамат Шамиля) и Южный Дагестан (Кюринское ханство, Самурский и Кайтаго-Табасаранский округ). Округа в свою очередь делились на более мелкие административные единицы - наибства. Первые возглавляли русские офицеры, вторые - лояльные царским властям горские феодалы и старшины. Кроме того, в Дагестанскую область вошли Дербентское градоначальство (город Дербент и Улусский магал) и управление портовым городом Петровском (ныне Махачкала) с прилегающими к нему землями. Граница между Дагестанской и Терской областями была проведена по Андийскому хребту.