Успенский собор, будучи кафедральным, всегда играл видную роль в идейно-политической жизни Москвы и всего Российского государства. С 1547 года, начиная с Ивана IV, в нем венчались на царство русские цари и императоры, и пышный ритуал коронации по византийскому образцу просуществовал в течение трех с половиной столетий.
В 1589 году именно в Успенском соборе константинопольским патриархом Иеремией был поставлен первый в России патриарх Иов. Здесь же покоятся московские митрополиты и патриархи.
Архангельский собор был построен Иваном Калитой в 1333 году по обету — в благодарность за избавление Руси от голода. Собор был изначально задуман как место захоронения московских князей. От многочисленных пожаров он утратил былую красоту, а потому при Иване III было начато строительство нового храма, который был завершен уже при Василии III, отце Ивана Грозного. Строительством руководил приглашенный великим князем итальянский архитектор Алевиз Новый. С момента своего основания и до XVIII столетия Архангельский собор служил усыпальницей московских князей.
Колокольня Ивана Великого, трехъярусный столп из удлиненных, уменьшающихся кверху восьмигранников, поставленных один на другой, появилась в1505–1508 годах вместо разобранной церкви Ивана Лествичника. В начале XVII века, по указанию царя Бориса Годунова, она была надстроена до 81 метра в высоту. В 1624 году, в период правления Михаила Романова, русский зодчий Важен Огурцов поставил вплотную к церкви Воскресения звонницу, названную в честь патриарха Филарета, в миру — Федора Никитича Романова.
В сентябре 1812 года, во время наполеоновского нашествия, Кремль, как и вся Москва, был охвачен огнем со всех сторон, на крышу Кремлевского дворца градом сыпались горящие головни, раздуваемые порывами ветра. Горела Троицкая башня. В том страшном пожаре все храмы и колокольня Ивана Великого устояли, зато звонница и Филаретова пристройка были разрушены до основания, и в 1814–1815 годах их пришлось восстанавливать.
Пожары, губительные для города и его Кремля, случались в прежние времена очень часто. К примеру, в XV веке их было двенадцать. Особо упоминается в летописях о сильном пожаре 2 октября 1475 года, во время которого в Кремле обгорело 11 каменных церквей и сгорело 12 деревянных. Один из крупнейших кремлевских пожаров произошел в июле-августе 1493 года. Тогда великому князю и его семье, лишившимся крова, пришлось жить за Яузой, «в крестьянских дворех».
«Великий пожар» случился 21 июня 1547 года. Кремль горел, огонь уничтожил не только городские строения, но и большую часть государственной казны, запасы пороха. Царь Иван Грозный вместе с царицей Анастасией наблюдал его с Воробьевых гор.
Во время осады столицы в 1571 году крымским ханом Девлет-Гиреем Москва за три часа выгорела так, что, по свидетельству очевидцев, не осталось даже обгорелого пня, к которому можно было бы привязать лошадь.
В начале XVII века, во время польско-шведской интервенции, Кремль подвергся сильнейшему разорению. Особенно пострадал царский дворец. Позднее на его месте были спешно отстроены новые деревянные хоромы, которые дважды, в 1613 и 1626 годах, уничтожали пожары. Самым сильным был пожар 1626 года, после которого было принято решение строить в Кремле преимущественно каменные дома. Однако в начале XVIII века указом Петра I в связи с возведением новой столицы Санкт-Петербурга каменное строительство в Москве было запрещено.
В 1737 году в Кремле в очередном большом пожаре сгорели многие древние постройки.
В начале XX века Кремль стал ареной борьбы за установление в Москве власти Советов. В октябре-ноябре 1917 года с колокольни храма Христа Спасителя корректировалась прицельная артиллерийская стрельба по Кремлю, в котором засели юнкера. Тяжелые орудия били несколько суток, днем и ночью, в результате чего были повреждены главная кремлевская святыня Успенский собор, Чудов монастырь, собор Двенадцати апостолов, Беклемишевская башня и многие другие строения, имевшие огромную историческую и культурную ценность.
Кремлевский Благовещенский собор был построен в 1489 году. В нем проходили церемонии бракосочетания, именин и крещения, настоятель собора до начала XX века был духовником царской семьи. Северная и западная галереи были соединены с входом в царский дворец. В 70-х годах XVI века для Ивана Грозного пристроили паперть с высоким белокаменным крыльцом. С дворцом собор соединялся специальным переходом. Во время торжественных церемоний, проходивших на Соборной площади, храм служил для парадного выхода из дворца великого князя (позднее царя) и его свиты. Здесь сохранился уникальный ансамбль фресок времен Ивана Грозного, а на столпах — генеалогия московских правителей.