7 мая 2000 года в Благовещенском соборе, по случаю вступления в должность нового президента РФ В. В. Путина, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил благодарственный молебен. Президент В. В. Путин с супругой прибыл в собор сразу после завершения официальной церемонии инаугурации. По окончании молебна предстоятель Русской православной церкви благословил президента и его супругу образом святого благоверного князя Александра Невского и обратился к ним с напутственным словом. В завершение встречи Святейший Патриарх передал главе государства мозаичные образа Спасителя и святителя Николая для Спасских и Никольских ворот Московского Кремля. Хочу пояснить, что все официальные действия главы государства остаются сугубо светскими, и данная церемония лишь подчеркивает его личную принадлежность к православной конфессии.
В 1499 году в Кремле на месте деревянных хором великого князя был сооружен новый каменный дворец с палатами и погребами, который состоял из отдельных зданий, связанных между собой переходами, крыльцами, сенями. От этого дворца сохранилась до наших дней Грановитая палата (1487–1491), главный тронный зал великих князей московских.
В 1635–1636 годах царь Михаил Федорович на древнем каменном основании царских палат выстроил Теремной дворец, который впоследствии занял ведущее место в обширном комплексе дворцовых построек.
В 1642-м начались строительные работы на территории патриаршего двора: деревянные здания заменили каменными и соединили между собой переходами и лестницами. Следующий этап работ на патриаршем дворе связан с именем патриарха Никона. Разобрав несколько древних построек, Никон возвел на их месте церковь апостола Филиппа, к которой с западной стороны пристроил трехэтажные жилые и приказные палаты. Этот комплекс получил название Патриаршего дворца. В 1680–1681 годах церковь апостола Филиппа переименовали в церковь Двенадцати апостолов.
В середине XVII века на дворе царского тестя Милославского появились роскошные палаты, впоследствии названные Потешным дворцом (1651–1652). Все кремлевские башни в этот период были надстроены и получили шатровые завершения, значительно изменившие силуэт городского центра.
В 1702 году Петр I распорядился начать работы по сооружению в Кремле Арсенала, которые растянулись почти на 35 лет. Арсенал предполагалось использовать не только в качестве военного склада, но и как музей-хранилище военных трофеев и древнего оружия.
В XVIII веке Кремль пришел в запустение. Цари приезжали в Москву главным образом лишь на коронацию. К их приезду обветшавшие дворцы спешно ремонтировали и возводили временные коронационные сооружения.
В 17б7 году Екатерина Великая заказала архитектору В. И. Баженову проект нового Большого Кремлевского дворца. Осуществление грандиозного баженовского замысла требовало сноса многих старых построек, что и было частично осуществлено: были снесены Тайницкая и первая Безымянная башни, корпус приказов, Мастерская и Оружейная палаты. В 1773-м состоялась закладка дворца. Однако уже через два года работы прекратили из-за отсутствия средств и в связи с изменившимися планами императрицы. В самом конце XVIII века работы по благоустройству Кремля были поручены архитектору М. Ф. Казакову, который построил здесь здание Правительствующего сената.
В 1806 году, по указу императора Александра I, на месте Троицкого подворья и бывшего двора Бориса Годунова, начали возводить здание Оружейной палаты, предназначенное для хранения кремлевских ценностей. Еще в 1339 году, в духовной грамоте Ивана Калиты говорилось о ценностях, положивших начало созданию великокняжеской сокровищницы: украшениях, посуде из драгоценных металлов, церковных сосудах, одежде из великолепных тканей, дорогом оружии. Первоначально они хранились в подвалах кремлевских дворцов и соборов. В 1810 году строительные работы были завершены, главный фасад музея украсили барельефы на темы отечественной истории, а аттик был увенчан статуями выдающихся просветителей России. Архитектор И. В. Еготов сумел не только вписать новое протяженное здание в ансамбль Сенатской площади, но и создать между музеем, Троицкой башней и Арсеналом еще одну небольшую площадь Кремля, получившую название Троицкой. В 1851 году, при императоре Николае I, по проекту архитектора К. А. Тона у Боровицких ворот было построено новое здание Оружейной палаты, в котором ее коллекции размещаются до настоящего времени. Прежнее здание палаты было перестроено под казармы и превратилось в безликое казенное строение.