В 1516 году от стрельницы через реку Неглинную был построен каменный мост, соединивший Троицкую башню со сторожевой предмостной башней — Кутафьей. Сегодня это главный проход на все культурно-массовые и политические мероприятия, проходящие в Кремлевском Дворце съездов.
Боровицкая башня выходит в Александровский сад близ Каменного моста. При Иване Грозном сад между Боровицкой и Троицкой башнями назывался Аптекарским. В основном Боровицкую башню использовали для хозяйственных нужд Житного и Конюшенного дворов, находившихся рядом. Через Боровицкие ворота наполеоновские войска в сентябре 1812 года вошли в Кремль и через них же в октябре покинули его. В современную эпоху это самый рабочий вход в Кремль и для служащих, и для туристов, и для въезжающих машин.
Никольская башня дольше всех сохраняла свои древние архитектурные формы. В XVI—XVII веках ее ворота служили главным образом для подъезда к боярским дворам и монастырским подворьям в Кремле.
Тайницкая башня была наиболее важной в системе обороны Кремля со стороны реки. В ней были колодец-тайник и скрытый выход к Москве-реке, а также отводная стрельница, соединявшаяся с ней каменным мостом, и проездные ворота. В 1930–1933 годах стрельницу разобрали, тогда же были заложены проездные ворота и засыпан колодец.
Самая красивая и известная башня Кремля — Спасская, это его главные ворота. До середины XVII века она называлась Фроловской по расположенной рядом церкви Фрола и Лавра, а когда над воротами башни со стороны Красной площади в 1658 году поместили образ Спаса Нерукотворного, она получила название Спасской.
В 1521 году, во время нашествия на Москву крымского хана Менгли-Гйрея, слепой монахине Вознесенского монастыря было видение: под колокольный звон из этих ворот вышли московские святители, чьи мощи тогда уже покоились в Успенском соборе Кремля. Перед собой они несли чудотворную икону Владимирской Божией Матери. У ворот их встретили преподобный Сергий Радонежский и святой Варлаам Хутынский с просьбой не оставлять Москву и молить Бога о прощении грехов и спасении москвичей. В тот же день татары внезапно отступили от Москвы... С тех пор Спасские ворота особенно почитались москвичами: через них проходили только пешком, сняв шапку и осеняя себя крестным знамением. Через Спасские ворота проходили торжественные шествия, въезжали в Кремль цари, императоры и иностранные послы.
Доподлинно неизвестно, когда именно на Спасской башне были установлены первые часы. Возможно, сразу же после ее возведения в 1491 году. Первые башенные часы на Руси появились еще в 1404 году при великом князе Василии, сыне Дмитрия Донского, дворец которого находился примерно на том же месте, где ныне высится Большой Кремлевский дворец. Это были вторые башенные часы в Европе, и изготовил их монах Лазарь Сервин. В летописях сохранились записи о том, что каждый час молот в этих часах ударял в колокол, ведя счет дневному и ночному времени.
В конце XV века, при Иване III в Кремле появились куранты — башенные часы с музыкой. До нас дошли сведения о том, что спустя почти столетие, в 1585 году, куранты были установлены уже на трех башнях — Троицкой, Тайницкой и Спасской, так что стрелки были видны изо всех уголков Москвы, и жители могли узнавать по ним время, поскольку карманные часы, появившиеся в России в начале XVI века, могли себе позволить только самые зажиточные горожане.
В начале XVII века старые башенные часы со Спасской башни были проданы в Ярославль, и благодаря сохранившейся в архивах купчей нам известен их вес — 960 килограммов. Новые, большие по размеру куранты были заказаны английскому мастеру Христофору Головею, приглашенному ко двору московского государя. В 1625 году, когда надстраивали все башни Кремля, специально для курантов русским мастером Баженом Огурцовым был возведен на Спасской башне многоярусный верх с высоким каменным шатром. Кузнецы-часовщики крестьяне Ждан, его сын Шумило Жданов и внук Алексей Шумилов, отлили детали и собрали часы. 30 колоколов для перечасья отлил литейщик Кирилл Самойлов. У часов был огромный вращающийся циферблат, разделенный на 17 частей. Циферблат весил более 400 килограммов и был сбит из деревянных досок и выкрашен в небесно-голубой цвет, а по его полю были укреплены светлые жестяные звезды. В верхней части циферблата золотой краской были нарисованы луна и солнце, луч которого служил неподвижной часовой стрелкой. Часовые деления обозначались буквами славянского алфавита. Выше часов располагался восьмерик с часовыми колоколами. Дважды в день, когда солнце пересекало линию горизонта, часовщик поднимался на башню и вручную поворачивал циферблат в исходную точку отсчета. Летом, в дни летнего солнцестояния, часы отбивали максимальное количество дневных часов — 17 и минимальное ночных — 7. Каждые 16 дней соотношение дневных и ночных часов менялось, поэтому приходилось перенастраивать и механизм часов.