Всеми русскими ложами управляла на основании особых «законов» петербургская Великая национальная ложа, торжественно открытая 25 мая 1779 года, под председательством Гагарина. Над явной и видимой наружной Великой национальной ложей стояло высшее тайное правление — капитул, который распоряжался ее работой и о котором рядовые братья ничего не должны были знать. Он находился в полной зависимости от Швеции — именно это и насторожило императрицу. В 1779 году петербургский полицмейстер Лопухин по приказанию начальства два раза побывал в «гагаринских» ложах «для узнания и донесения ее величеству о переписке с герцогом Зюдерманландским». Екатерина «почла весьма непристойным столь тесный союз подданных своих с принцем крови шведской». Как раз в это время императрица разорвала дружбу с Пруссией и хотела войти в тесное соглашение с Австрией, чтобы обеспечить свои черноморские проекты. Связи масонов с Пруссией и Швецией противоречили ее внешней политике. В 1780 году Гагарина отправили на службу в Москву. Труды Великой национальной ложи были прекращены, но тайные действия капитула продолжались: он распался на петербургское и московское отделения. В Москве «шведское» масонство сосредоточилось вокруг ложи Сфинкса, в Петербурге — вокруг ложи Пеликана, но последняя была вынуждена примкнуть к «елагинскому» союзу.
В период расцвета «шведской системы», в 1780 году, к ней в России принадлежали 17 лож — в Москве, Петербурге, Ревеле, Кронштадте, Казани, Перми. Обрядность была такой же пышной, как и в «елагинских» ложах, однако в «шведских» ложах отмечалась более напряженная умственная работа, чем в «новоанглийских», их члены во время собраний произносили речи на морально-философские темы.
Как уже упоминалось, 16 июля 1782 года собрался Вильгельмсбадский конвент под председательством герцога Фердинанда Брауншвейгского. На съезде присутствовали представители Франции, Верхней и Нижней Германии, Австрии и Италии, а также России; шведы его проигнорировали. Конвент должен был дать окончательный ответ на вопрос о родстве масонства с тамплиерами, и этот ответ был отрицательным. Храмовни-чество было заменено «благотворным рыцарством» Виллермоза; герцог Брауншвейгский сделался теперь генеральным мастером благотворных рыцарей. Решением конвента Россия была признана восьмой провинцией масонского ордена «во внимание к ее обширному пространству и к большому числу лож, ревностно в ней работавших».
Швеция вышла из-под власти герцога Брауншвейгского, не согласившись отречься от прежнего понимания тамплиерства. На случай раскаяния шведов для них приберегли вакантную девятую провинцию.
Орден Злато-розового креста
Пока некоторые русские масоны добивались для себя высших степеней в Швеции, Н. И. Новиков встретился с князем П. И. Репниным. Тот рассказал, что искал в разных государствах истинное масонство, не жалея денег, старался достать всевозможные градусы, но всегда находил ложное, пока не познакомился с одним человеком, который открыл ему, что истинное масонство скрывается у розенкрейцеров. Их учение просто и клонится к познанию натуры и себя. Однако их весьма трудно найти, а тем более примкнуть к ним. Правда, обществ, называющих себя этим именем, очень много и трудно найти истинных розенкрейцеров среди ложных.
В 1776 году два члена ложи Трех мечей, Иоганн Рудольф фон Бишофсверден (1714–1803), прусский офицер, ставший военным министром после смерти Фридриха Великого, и бывший пастор Иоганн Христофор Вёльнер (1732–1800) на базе берлинской ложи Трех глобусов учредили новый масонский розенкрейцерский орден — Злато-розового креста древней системы. В ордене было девять степеней посвящения: юниоры, теоретики, практики, философы, миноры, майоры, адепты, магистры и маги. Поднимаясь со ступени на ступень, члены ордена как бы совершали обратное восхождение по лестнице истории, последовательно изучая труды алхимиков сначала XVII, а потом XVI века и придерживаясь практического подхода к делу. Основателем ордена считался Ормузд — египтянин, окрещенный святым Марком. Однако орден Злато-розового креста сильно отличался от розенкрейцерства предыдущего столетия, проникнутого мистицизмом и ставившего своей целью проведение великой интеллектуальной и религиозной реформы для процветания человечества.
В новом ордене алхимия смешивалась с масонством, степень рыцаря Розы и креста стала считаться самой высшей, тогда как в масонстве французской системы 1786 года она была седьмой, в системе Древнего и принятого шотландского устава — восемнадцатой.