Любовь к внешним эффектам, свойственная XVIII веку, просто поразительна для современного человека. Любое дело надо было окружить массой обрядов и условностей. Так, баварские иллюминаты должны были сменить свои имена на классические античные. Вейс-гаупт стал Спартаком, фон Цвак — Катоном, маркиз де Констанца — Диомедом, Массенгаузен — Аяксом, барон Меггенхофен — Суллой и т. д. Аналогичным образом были заменены все географические названия. Иллюминаты подвергли преобразованию даже календарные месяцы: январь стали называть димех, февраль — бен-мех и так далее, предвосхитив в этом смысле преобразования Великой французской революции.
Орден был организован по принципу пирамиды и поначалу не имел ничего общего с масонством, к которому Вейсгаупт выказывал даже некоторое презрение. Сам он носил титул генерала, как это принято у иезуитов, и руководил Высшим советом из своих ближних сторонников, который называл ареопагом. Только руководству ордена были известны его тайны и цели. Новобранцы («новиции») должны были выдержать двухлетний испытательный срок, прежде чем пройти посвящение в степень «минервала» (обряд инициации тоже был навеян Античностью). Адептам внушали, что цель ордена состоит в том, чтобы превратить человечество в единое целое под руководством «высших неизвестных». Повиновения руководству требовали под страхом смерти.
Однако в феврале 1777 года Вейсгаупт был посвящен в масонство в Мюнхене в ложе Осторожности, хотя она и придерживалась совсем других мистических концепций, и вступил вместе с двумя другими членами ареопага в ложу Теодора доброго намерения. Вероятно, их целью было проникнуть в стан врага, чтобы потом его сокрушить. Вышло всё по-другому: в 1780-м к ним примкнул барон Адольф фон Книгге, масон с 1773 года, который реорганизовал сам орден иллюминатов, разделив его на три класса:
1. Питомник (подготовительная тетрадь, новициат, минервал, младший иллюминат).
2. Франкмасонство (ученик, подмастерье, мастер, старший иллюминат или шотландский новиций, руководящий иллюминат или шотландский рыцарь).
3. Таинства (малые таинства — жрец, малые таинства — регент или принц, великие таинства — маг, великие таинства — царь).
Книгге придал ордену менее антиклерикальное философское направление в духе Руссо, основанное на идеале аскезы и возвращения человека к естественному состоянию. Согласно новому учению, чтобы восстановить природное равенство между людьми, требовалось уничтожить всякое гражданское общество и частную собственность.
Если раньше в орден принимали только жителей Баварии и число членов не превышало нескольких десятков, теперь это ограничение было снято. Общество невероятно разрослось и не избежало обычного следствия массовости: в его ряды проникли злонамеренные люди. Рассеявшиеся иллюминаты основали множество сект, соперничавших между собой, занимавшихся мистикой и каббалистикой.
Орден достиг своего апогея в 1782 году, когда была организована провинциальная Великая ложа. К тому времени он охватил своим влиянием всю Рейнскую область, Австрию и Швейцарию. В 1783 году в орден вступил Иоганн Вольфганг Гёте, приняв имя Абариса (прорицателя и жреца Аполлона из мифологической Гипербореи, который обходился без пищи и летал на волшебной стреле, подаренной ему Аполлоном).
Однако между Вейсгауптом и Книгге разразился конфликт: первый обвинил второго в «религиозном фанатизме», а тот в отместку опубликовал памфлет, обличающий антиклерикализм своего оппонента и большинства руководителей ордена.
По настоянию католического духовенства баварский курфюрст принял строгие меры против масонов и 22 июня 1784 года запретил орден иллюминатов. Вейсгаупту пришлось оставить кафедру и переехать в Регенсбург, а оттуда в Готу, под покровительство герцога Эрнста II Саксен-Гота-Альтенбургского (1745–1804), сочувствовавшего его идеям.
В 1786 году одного из членов ордена убило молнией неподалеку от Регенсбурга. Полиция обнаружила при нем компрометирующие бумаги, позволившие арестовать руководящую верхушку ордена и опубликовать документы, в которых говорилось о его целях. Подвергаясь преследованиям наряду с уголовными преступниками, баварские иллюминаты постепенно исчезли с юга Германии, только в Саксонии еще оставалось несколько «очагов сопротивления».
Фактическое руководство почти уничтоженным орденом взял на себя журналист Иоганн Боде, издатель произведений Гёте. В 1787 году он отправился в Страсбург, а оттуда в Париж, на встречу с членами ордена филалетов. Некоторые из них составили ядро тайного ордена филадельфов, наследников иллюминатов.