Придя в упадок во время английской революции 1640–1660 годов, «Незримая коллегия» возродилась в 1662-м и создала Лондонское королевское общество по развитию знаний о природе (Royal Society of London for the Improvement of Natural Knowledge) — английскую Академию наук Члены Королевского общества входили в окружение короля — только он один мог избавить от необходимости служить мессу в англиканской церкви (получая степень магистра, бывшие студенты приносили клятву посвятить себя церкви). Многие члены Королевского общества, в том числе его секретарь Ханс Слоун, состояли в «Древнем и Почтенном братстве вольных и принятых каменщиков Англии».
Некоторые члены Королевского общества занимались алхимией и были розенкрейцерами, искавшими философский камень для превращения неблагородных металлов в благородные. Причем эти поиски носили не только утилитарный, но и философский характер. Последователи розенкрейцеровской утопии примкнули к масонским обществам в Англии и Шотландии. Через увлечение алхимией прошел и Ньютон, произведший революцию в науке открытием закона всемирного тяготения. Среди его близких знакомых были масоны, в том числе знаменитый Кристофер Рен, отстроивший Лондон после пожара 1666 года, архитектор собора Святого Павла. Другим его другом был Жан Теофиль Дезагюлье — французский гугенот-эмигрант, ставший священником англиканской церкви, но также физик и математик, член Королевского общества, которое Ньютон возглавил в 1703 году, автор механического планетария, впервые представивший динамику Солнечной системы. Он принадлежал к парамасонскому клубу Джентльменов Спалдинга и внес свой вклад в развитие философии просветителей и масонской духовности.
Геометрия — «высшее знание» «вольных каменщиков» — была основой фортификации, которую полагалось изучить будущим офицерам, поэтому неудивительно, что и среди английских военных было много франкмасонов. (Во Франции геометрию и фортификацию преподавали в некоторых коллежах и в военных училищах.) После «Славной революции» 1688 года часть войск, сохранивших верность низложенному королю Якову II, последовала за ним в изгнание во Францию. Англичан и ирландцев расквартировали в Сен-Жермен-ан-Ле, неподалеку от Парижа, а также усилили ими гарнизоны в Бордо и некоторых других городах. Эмигранты по-прежнему проводили масонские собрания, которые не могли не вызвать интерес и любопытство со стороны их французских собратьев.
К концу XVII века в Англии существовали три десятка лож, членами которых были в основном небогатые горожане, ремесленники и торговцы. Они уже давно утратили связь с ремеслом каменщиков и больше походили на общества взаимопомощи наподобие «вольных садовников» или Odd Fellows (букв, общества чудаков). Их главной целью была благотворительность: они помогали «братьям», сраженным недугом или оставшимся без работы, оплачивали похороны, содержали вдов и сирот. Но и представители высшего круга сохраняли интерес к масонству: в 1696 году ложей в Чичестере руководил Карл Леннокс, герцог Ричмонд, внебрачный сын Карла II и приставленной к нему шпионки Людовика XIV Луизы де Керуаль.
Как мы видим, цели, преследуемые многочисленными масонскими ложами, сильно разнились, общим же для всех было то, что «братства» представляли собой ТАЙНЫЕ общества для узкого круга лиц, передававших друг другу некое секретное ЗНАНИЕ.
Со строителями соборов всё было достаточно ясно: они хранили чисто профессиональные секреты, и хотя их странные, порой пугающие ритуалы давали кое-кому повод заподозрить их в неблагонадежности, у властей, как правило, не было к ним претензий: «вольные каменщики» не плели заговоров против власти и религии, а возводили дворцы и храмы. Но вот с их последователями дело обстояло далеко не так просто.
В 1707 году Англия объединилась с Шотландией под властью королевы Анны, но между масонами обеих территорий сохранялись различия. В Шотландии еще оставалось оперативное масонство, а в Англии члены масонских лож уже очень сильно отдалились от непосредственной строительной деятельности, предпочитая ей умозрительную — спекулятивное масонство.