Поначалу Федора не готовили в цари, поскольку преемником отца был объявлен старший сын Алексей, а его младшего брата одно время прочили в польские короли и даже обучали латыни — впрочем, недолго: когда проект провалился, обучение прекратили. Однако судьба распорядилась иначе — после смерти старшего брата в 1674 году наследником Алексея Михайловича был провозглашен Федор.
Во время недолгого правления Федора Алексеевича власть сосредоточилась в руках его ближайшего окружения. Правда, некоторые историки считают, что юный царь сразу же прочно взял власть в свои руки (см.: Богданов А. П. Несостоявшийся император. М., 2009). Их оппоненты на основании детального изучения архивных документов утверждают, что в первые месяцы страной правили несколько влиятельных бояр — князь Ю. А. Долгоруков, Б. М. Хитрово, князь Н. И. Одоевский и другие, — а затем власть оказалась в руках царских родственников бояр Милославских (см.: Седов П. В. Закат Московского царства. Царский двор конца XVII в. СПб., 2006). В 1676–1677 годах были ликвидированы Приказ тайных дел, Монастырский и Челобитный, которые при Алексее Михайловиче были органами контроля царской власти над всей системой управления, включая церковное землевладение. С 1680 года царь приблизил к себе постельничего И. М. Языкова, стольника А. Т. Лихачева и князя В. В. Голицына, ставших его советниками во всех государственных делах. Само за себя говорит возрастание числа членов Боярской думы с шестидесяти шести в 1676 году до девяноста девяти в 1682-м.
А. П. Богданов, Н. Ф. Демидова и другие историки считают, что Федор вынашивал планы преобразований, по размаху и целям сравнимых с реформами Петра I. Однако всё же маловероятно, что подобные замыслы успели сложиться к пятнадцати годам, когда он оказался на престоле. Правда, с 1679 года юный царь начал совершать самостоятельные поступки, идущие вразрез с традициями старины, противоречить боярам и принимать независимые решения. Это касается внешней и внутренней политики, но в особенности — его собственного поведения и быта. Федор сам выбрал себе в жены Агафью Грушецкую — дочь польского шляхтича, выехавшего на русскую службу. Вскоре после бракосочетания (1680) у царя стала явно проявляться «полонофилия». Он принял польских послов, одевшись в польское платье, издал указ об обязательном ношении одежды тех же фасонов всеми прибывающими на царский двор. В его комнатах появились портреты польских королей, он велел перевести с латыни книгу о законодательстве Речи Посполитой и первым из русских царей посетил Немецкую слободу.
Возможно, здесь сказывалось влияние жены-полячки, но и до женитьбы царь имел пристрастие к польской культуре. Как считал современник событий, ученик Симеона Полоцкого Сильвестр Медведев, увлечениям царя потакали ближние советники, которые вводили «всякие новые дела в государстве… иноземским обычаям подражающее В их числе были не только И. М. Языков и братья А. Т. и М. Т. Лихачевы, но и несколько иностранцев, в частности польский шляхтич Павел Негребецкий, по царскому повелению составлявший проект академии и первую в истории России гербовную книгу русского дворянства, а также стольник С. Ф. Николев (сын французского полковника протестанта Никола де Манора), которому Федор Алексеевич поручил ведать «церковное и дворовое, и хоромное, и садовое строение на Москве». Царское окружение приветствовало ориентацию на политические порядки Речи Посполитой, поскольку они давали широкие полномочия шляхте, выбиравшей короля. Польское влияние в политике оборачивалось умалением абсолютизма и формированием придворной аристократии, включавшей как боярские, так и дворянские роды, пробившиеся к трону. (Справедливости ради следует заметить, что «полонизация» русской культуры началась задолго до правления Федора Алексеевича — еще в Смутное время.)
Самой мощной реформой в правление Федора была отмена местничества. Какова была роль самого царя в ее проведении? Князю В. В. Голицыну, возглавившему Ответную палату, было поручено подготовить реформу. 24 ноября 1681 года царь подписал указ, а 12 января 1682-го под руководством князя М. Ю. Долгорукова состоялись его торжественное оглашение на Земском соборе и сожжение местнических документов. Текст Соборного деяния перечисляет участников комиссии, собравшейся для рассмотрения «ратных дел»: «Боярин князь Василий Васильевич с товарищи… выборные стольники и генералы, стольники же и полковники рейтарские и пехотные, и стряпчие, и дворяне, и жильцы, и городовые дворяне же, и дети боярские». Следовательно, над реформой работали представители служилых людей — «шляхетства». Молодой царь не принимал активного участия в решении этого сложнейшего и животрепещущего вопроса. Отмена местничества давала возможность продвижения по службе не очень знатным, но образованным и умным людям, к каковым относились и ближайшие советники царя. Чтобы пресечь местнические иски, были сожжены все разрядные книги с перечнями назначений на должности за предшествующее время. Взамен сожженных разрядных книг было приказано завести «Родословную книгу князей и дворян российских и выезжих», называемую также «Бархатной» по материалу переплета.