Большинство планов нового царя и его советников остались неосуществленными. Среди них — намерение ввести некое подобие позднейшей петровской Табели о рангах с разделением военной и гражданской службы и перечнем служебных чинов с целью окончательной ликвидации местничества. Проект учреждения академии был реализован спустя пять лет после смерти Федора Алексеевича. Сохранившийся «Привилей на Академию», составленный, скорее всего, Сильвестром Медведевым на основе предложений Симеона Полоцкого, с одной стороны, предполагал организацию высшего образования по типу западноевропейских университетов, с другой — содержал пункты, которые С. М. Соловьев сравнил «со страшным инквизиционным трибуналом»; например, чтение книг на иностранных языках и общение с иностранцами запрещались под угрозой ссылки в Сибирь и даже сожжения на костре. «Привилей» начинался сравнением Федора с его любимым героем, библейским царем Соломоном, стремящимся к мудрости — «царских должностей родительнице и всяких благ изобретательнице и совершительнице». В качестве предтечи академии в 1679 году царь указал открыть греческое училище при Печатном дворе («типографское»).
Нельзя не упомянуть и о таком распоряжении Федора Алексеевича, как запрет в челобитных писать, «чтоб государь пожаловал, умилосердился, аки Бог». Видимо, сравнение с Господом, столь любимое отцом государя, сам он считал неуместным.
В целом же всё правление Федора Алексеевича связано с деятельностью его ближайшего окружения, «сильных людей», «царских предстателей», освещается отраженным светом их реформ и проектов преобразований, их незаурядных личных качеств. О личности и характере самого юного государя сведений мало. Известно, что он часто ездил на богомолье, любил поэзию, лошадей и сады… В записках современников образ рано ушедшего из жизни монарха идеализирован. Обычно подчеркивается его благочестие, унаследованное от отца, и акцентируется внимание на обширном круге деяний правительства Федора (естественно, все заслуги приписываются лично ему). В этом смысле показательна знаменитая посмертная парсуна, написанная в 1686 году Иваном Салтановым, Ерофеем Елиным и Лукой Смоляниновым и изображающая Федора Алексеевича в рост в царском облачении. В четырех барочных картушах по сторонам от фигуры царя помещены тексты. В них подводится итог его недолгого, но насыщенного новациями правления. Так, в одном из картушей перечисляются «памяти достойные и церкви полезные дела» царя, среди которых особо выделяется «освобождение из басурманского плена» и «научение свободных мудростей», о котором монарх «присно помышляющий и монастыр Спасский иже в Китае на то учение определил и чудную и похвалы достойную свою царскую утвердительную грамоту со всяким опасным веры охранением на то учение написа». В другом говорится о социальной политике и градостроительной деятельности Федора: «Домы каменныя на пребывание убогим и нищым доволным пропитанием содела, и оных упокоиша многия тысящи, царских многолетных долгов народу отдаде, и впредь дани облегчи, богоненавистная враждотворных и междоусобных в местничества брани прекрати. Царский свой дом и грады Кремль и Китай преизрядно обнови и многоубыточныя народу одежды премени, и иная многая и достохвалная и памяти должная содеял…» Такова панегирическая эпитафия юного преобразователя, именуемого иногда предтечей Петра Великого.
В недолгое правление Федора не сложилось новой концепции государева чина, как при его отце. Можно только убедиться в том, как универсально было это понятие, отраженное в «Чине поставления на царство» 1676 года. Здесь чин — это и весь порядок проведения церемонии, что видно из заголовка, и царские регалии («А несли с казенного двора царский чин: крест Господен, царский венец»…), и ступень должностного или родового достоинства (на церемонии крест целовали «по чину и по целовании поклонялись святому патриарху и ставились по своим степенем»).