Трудно сказать, насколько все эти перемены в военном деле волновали Михаила Федоровича, но, без сомнения, он принимал участие в обсуждении вопроса о создании новых полков. На время его правления приходится также формирование драгунских и солдатских полков для охраны южных границ от набегов орд крымского хана. В 1630-х годах шло интенсивное укрепление Засечной черты, строились новые крепости. В 1638 году, когда угроза войны с Крымом стала реальной, был издан указ о возвращении в службу солдат и рейтар, участвовавших в Смоленской войне. В пограничные подразделения набрали драгун и солдат, каждую весну на военных сборах проходивших обучение. Борьба с набегами крымских татар, грабивших русские поселения и уводивших жителей, продаваемых затем в рабство, отнимала много сил. Постоянная опасность вторжения крымчан, несшихся на степных лошадях с кличем «Олай!» и наводивших ужас на население, породила поговорку, внесенную в составленный в XVII столетии сборник пословиц и поговорок: «Олай-булай — крымские песни, с ними и тресни!»
Стройность и маневренность новых полков произвели на Михаила Федоровича столь сильное впечатление, что уже на рубеже 1630–1640-х годов при дворе начинают регулярно устраивать парады рейтарских и солдатских полков, проводить их смотры, до деталей следуя принятым в Европе обычаям. Сами же полки «иноземного строя», в свою очередь, стали образцом строевой подготовки, которому начали подражать московские стрельцы.
При Алексее Михайловиче в ратное дело были внесены коррективы, инициатива которых исходила по большей части лично от царя. Продолжилось формирование полков «иноземного строя», хотя и традиционные дворянские сотни продолжали существовать. В Соборном уложении фиксировалось, что «новиков» верстали в службу «по отечеству» начиная с восемнадцати лет. Но число служилых «по отечеству» постоянно сокращалось, а число солдат росло. Так, в 1651 году из дворян и детей боярских в новых полках служило только 4,5 процента, а в 1672-м — уже 50,3 процента. В 1649 году были созданы полки для охраны северо-западной границы. Новым был не только набор «даточных людей» — крестьян, но и их обеспечение: если дворянское ополчение складывалось из отрядов, приводимых каждым помещиком, обязанным являться «конно, людно и оружно», то полки «иноземного строя» содержались (хотя и не постоянно) за государственный счет: солдаты начали получать пятирублевое денежное жалованье, а также порох, пищали и пр.
Царь захотел внести в военное дело, как и во все остальные дела, чинность и благолепие. Первые нововведения Тишайшего касались утверждения в войсках благочестия. В самом начале царствования он указал заменить рисунки на знаменах полков «иноземного строя» по лично им созданному образцу: вместо разношерстных изображений теперь вверху знамени у древка помещался восьмиконечный православный крест. Это, с точки зрения Алексея Михайловича, резко повышало статус знаменосца, поэтому он указал, чтобы дворяне несли не только главные полковые стяги, но и сотенные знамена. В 1646 году Боярская дума, следуя этому указу, определила в знаменщики родовитых дворян. Однако эта перемена вызвала местнические жалобы, поскольку знаменосцы теперь оказались наравне («в версту») с сотенными головами. Тогда Алексей Михайлович отдал указание: «Быти головам и знаменщиком у сотен без мест (то есть без учета родовитости. — Л.Ч.) и промышляти государевым делом в сотне голове и знаменщику вместе соопча заодин»; если же кто-то посмеет обижать («бесчестить») знаменосцев, то отправится в Сибирь. Знаменщикам повысили оклад, а также придали специальных людей, возивших знамя между боями.
Государь распорядился благословлять воинство крестом с частицами чудотворных мощей, уподобляя его кресту византийского императора Константина Великого, с которым тот побеждал в битвах. Отправляясь в 1655 году в свой второй военный поход, он испросил благословение крестом с частицами Животворящего Древа Господня не только у патриарха Московского, но и у гостившего в Москве патриарха Антиохийского.