Въезжавший на царский двор боярин, тайком крестясь, мог позавидовать суетившимся вокруг холопам, мастеровым и прочему обслуживающему персоналу. Какими бы страшными ни казались дела царя и его подручных, кто-то всегда должен был носить воду, кормить и чистить лошадей, стирать порты и рубахи, печь хлеб и варить щи. Слуги спускались в огромные погреба (глубиной по три с половиной метра). На хозяйственном дворе топились большие надворные печи в форме усечённого конуса (подобные восточным тандырам, на внутренних стенках которых пекут лаваш); там в котлах с тяжёлыми глиняными крышками готовилась пища для обитателей дворца. Во дворе Московского университета археологи раскопали более десятка таких печей.
Деревянный опричный замок прослужил его хозяевам недолго. 28 июля 1568 года митрополит Филипп Колычёв произнёс в Новодевичьем монастыре приуроченную к массовому крестному ходу речь против опричных злодеяний. Оскорблённый Иван IV в гневе ушёл с богослужения, отправившись на свой опричный двор. Когда он проезжал по Арбату, ему была подана челобитная от верхов посада с просьбой отменить опричнину. Челобитье вылилось в волнения горожан, и царь уже не чувствовал себя в безопасности посредине столицы.
Судя по всему, он и раньше стремился заготовить для себя более надёжное убежище, избрав для него Вологду. «Великий государь царь Иван Васильевич повелел заложить град каменной, и его, великого государя, повелением заложен град апреля 28 день, на память святых апостол Иассона и Сосипатра. Нецыи же глаголют, якобы и наречен бысть град во имя святаго апостола Иассона», — сообщал в 1566 году вологодский летописец.
В богатом северном городе начались грандиозные земляные и строительные работы. Прежний административный и духовный центр — архиерейское подворье — было перемещено на полкилометра вниз по реке Вологде. На участке, выбранном для нового кремля, началось строительство каменных стен длиной более трёх километров и высотой от двух до восьми метров; в пояс укреплений входили 23 башни, из которых семь были проездными. Ниже по реке часть города, где находились товарные склады и строились корабли, отделяется от напольной стороны рвом, известным в наше время как река Копанка. В Вологду доставили три сотни пушек, отлитых на московском Пушечном дворе, а в гарнизоне крепости, кроме дворян, состояло полтысячи стрельцов.
В 1568 году началось строительство величественного собора: «Великий государь царь Иван Васильевич повелел соборную церковь во имя Успения Пресвятыя Богородицы поставить внутри города у архиерейского дому, и сделаша в 2 года, а колико зделают, то каждого дня покрывали лубьем и другими орудии, и того ради соборная церковь крепка на разселины. Нецыи же глаголют, егда совершена бысть оная церковь, и великий государь вшед видети пространство ея, и будто нечто отторгнуся от свода и пад, повреди государя во главу, и того ради великий государь опечалился и повеле церковь разобрать. Но чрез некоторое время прошением преклонися на милость, обаче многие годы церковь была не освящена»{9}.
Масштабная стройка так и не была завершена — и не только по причине инцидента с куском штукатурки. Опасаясь действительных и мнимых заговоров, Иван IV не чувствовал себя в безопасности даже в возводимой вдали от Москвы крепости. Английский дипломат Джером Горсей видел в Вологде два десятка построенных кораблей — царь готовился к бегству, пытался найти прибежище в Англии и рассчитывал на союз с королевой Елизаветой. Но и этим планам не дано было осуществиться: «Лета 7079 (1571). Майя в 5 день прииде на Русь крымской царь и град Москву пожег, а царь государь Иван Васильевич был тогда на Вологде и помышляше в Поморские страны, и того ради строены лодьи и другая суды многая к путному шествию; и тогда были вологжанам великия налоги от строения града и судов. Того ж году грех ради наших бысть посещением Божиим на Вологде мор велики, и того ради великий государь изволил итти в царствующий град Москву, и тогда Вологды града строение преста и доныне закосне». Наполовину каменный, наполовину деревянный вологодский кремль, в два раза превосходивший по площади московский, простоял ещё столетие, пока не был окончательно разобран; сейчас от него остались только следы древних рвов.