До нашего времени дошли три дворцовые церкви на погребах и подклетах, пять смежных с ними малых палат, церковь «под колоколы» и часть окружавших государев двор крепостных валов. В центре крепости и поныне возвышается главный дворцовый Покровский (ныне Троицкий) собор. Выстроенный из белого камня и большемерного кирпича и освящённый в 1513 году при основании слободы храм являлся третьим по величине зданием тогдашнего Московского государства после Успенского и Архангельского соборов Кремля. Белокаменная отделка храма — орнаментальные пояса, киот, резные капители — делала его нарядным, богатым и особенно торжественным. Внутреннее пространство собора — его стены, своды, столпы — расписано фресками на богородичные сюжеты. Покровский собор располагался «на сенях», в преддверии дворца, о чём говорят его частично сохранившиеся западные «пропилеи» между двумя палатами. Играя в слободе роль открытой для общественных богослужений соборной церкви, Покровский собор имел, однако, и свою, связанную с дворцовым обиходом, внутреннюю часть — спрятанный внутри алтаря Никольский придел.
Этот храм сохранил наследие опричнины. В его южном портале находятся Васильевские врата, созданные в 1335–1336 годах новгородскими мастерами для главной святыни боярской республики — Софийского собора — по заказу архиепископа Василия Калики. Медные пластины врат украшает роспись золотом. Среди традиционных сюжетов из Ветхого и Нового Завета на правой створке врат изображён кентавр (по-древнерусски китоврас), забрасывающий мудрого царя Соломона на край света. Смысл этой сцены был близок средневековым новгородцам и означал их победу в борьбе с княжескими притязаниями на власть в Новгороде. Кроме того, китоврас считался мудрейшим существом, покровителем зодчих, знающим секреты обработки камня. Но судьба «господина Великого Новгорода» была решена ещё Иваном III, а его внук счёл необходимым окончательно уничтожить не только новгородских «изменников», но и память о их былой вольности. Во время опричного погрома Новгорода в 1570 году Васильевские врата были демонстративно сняты со стен Софийского собора и увезены в Александровскую слободу[1]. Там они находятся и сейчас, украшая главный собор царской резиденции. В начале XX века члены Новгородского общества любителей древности просили возвратить врата на историческую родину, но получили отказ.
Шатровый, на погребах и подклетах, Троицкий (Покровский) храм, некогда бывший домовой церковью грозного царя Ивана, дошел до нас в сильно перестроенном виде: в 1680 году из него сделали большую монастырскую трапезную. Но после расчистки и реставрации в 1960-х годах исследователи пришли к выводу, что он представляет собой древнейший из известных подобных храмов с хорошо сохранившейся росписью шатра. Находящиеся под ним белокаменные подклеты со сводами великолепно отделаны; эти внутренние дворцовые помещения, скорее всего, предназначались для хранения государевой казны — «рухлядной», постельной, оружейной. Кроме «погребов» при храме (до его реконструкции в 1680 году), как и при домовом кремлёвском Благовещенском соборе, существовала встроенная в алтари казённая палата для хранения походной казны государя.
Покровский, Троицкий соборы, изящная церковь «иже под колоколы» Алексея митрополита и Успенская церковь и были возведены в одно время. Небольшая по объему Успенская церковь также получила в XVII–XIX веках пристройки (трапезные, звонницы), но в XVI столетии она служила домовой церковью для женской части царской семьи. Говорят, что от храма под землёй шла «государева труба», то есть подземный ход, по которому можно было в случае опасности бежать из дворца.
Во время опричнины началась перестройка дворцового ансамбля: были возведены парадное крыльцо к комплексу зданий близ Троицкой церкви и примыкавшая к ним палата с погребом и подклетом. Одни исследователи считают её парадным залом, другие полагают, что это был специально заказанный царём Иваном притвор, где проходили трапезы государя и его верных слуг, сопровождавшиеся чтением Священного Писания. Ведь именно в слободе, как считается, царь и его опричники подражали монастырской братии.