В отличие от брата Ивана Василий Воронцов не был казнён, но отдал в монастырь не только полученную от государя чужую вотчину, но и свою родовую. Впрочем, предусмотрительный опричник «взял есми с того села из деревень здачи у келаря у старца Еустафья Головкина да у старца Варсунофья у Якимова 700 рублев денег», что может говорить не о благочестии, а о замаскированной продаже земли, которую в любой момент могли отнять. Другие опричники также отдавали в обители на помин собственные вотчины, как Дмитрий Иванович Годунов и его младший родственник Борис Фёдорович, отписавшие в марте 1572 года родному костромскому Ипатьевскому монастырю «искони вечное» сельцо Прискоково «по наших душах в наследье вечных благ вовеки»{23}. Вероятно, в последний год существования опричнины будущее казалось им непредсказуемым.
Многие утерявшие земли вотчинники и спустя 40 лет помнили о своих родовых владениях. Ещё в 1610 году князь И. А. Солнцев-Засекин пытался вернуть «старинную прародительскую вотчину», которая была у его семьи «взята в опришнину при царе Иване и отдана в поместье ярославцу сыну боярскому Ивану Андрееву сыну Долгово Сабурову»; характерно, что истец сам получил спорное сельцо Гавшинское с деревнями в поместье после того, как потерял свою вотчину и был выслан «из Ярославля вон».
Многие дворяне также были наделены землями в других уездах в виде компенсации за конфискованные вотчины и поэтому утратили право на возврат этих имений. Процесс возвращения вотчин растянулся на десятилетия. Не надеясь на царскую милость, то есть возврат владений законным путём, служилые люди после Смуты самовольно, явочным порядком вселялись в свои прежние доопричные вотчины, оставленные их новыми владельцами вследствие разорения в Смутное время. Они рассчитывали впоследствии записать эти земли за собой в писцовые книги и таким образом вновь утвердиться на них. Такие случаи были распространены, поскольку они специально оговаривались в проекте наказа писцам, составленном в 1682/83 году, то есть через 110 лет после окончания опричнины. Но московское правительство даже спустя многие годы после смерти Грозного признавало законность земельных переселений и не стремилось к пересмотру их результатов{24}.
Опричнина оказала глубокое воздействие на судьбы русского дворянства. За время существования этого режима пострадали многие представители аристократии, однако опричная гроза миновала крупнейшие княжеско-боярские фамилии Мстиславских, Воротынских, Бельских, Шуйских, Глинских, Одоевских, Романовых-Юрьевых, которые составляли цвет Боярской думы. Именно поэтому сразу же после смерти Ивана Грозного, при его сыне Фёдоре, управление страной перешло в руки боярского совета. В конце XVI века в списках служилых людей по-прежнему сохранялись ростовские, суздальские, оболенские, ярославские, стародубские корпорации служилых князей. Княжеские владения и после опричнины оставались в среднем крупнее некняжеских. Составленная в 1678 году роспись владений членов Боярской думы показывает, что многие из титулованных бояр и окольничих даже в последней четверти XVII столетия имели земли на территории своих бывших княжеств, как, например, Оболенские в одноимённом уезде.
Зато рядовые помещики и вотчинники пострадали от ударов опричной политики даже больше, чем знатные бояре, поскольку были экономически более слабыми. Значительная часть (вероятно, не менее половины) помещиков и вотчинников сменила в последней трети XVI века свои земли и таким образом рассталась с соседями, что нарушило традиционные местные связи служилых людей с «однородцами», друзьями, фамильными монастырями и храмами. Под влиянием опричных переселений была разрушена прежняя территориальная структура «государева двора» — деление на москвичей, галичан, «можаичей» и т. д. Произошла консолидация верхушки дворянства в особую замкнутую чиновно-сословную группу «дворян московских», которые обособлялись от уездных корпораций, несли службу по «московскому списку» и противопоставлялись остальной части дворянства — городового (провинциального).