Поскольку принадлежность того или иного судна к какому-либо государству редко можно было определить по его внешнему виду, каждый корабль поднимал на грот-мачте государственный флаг. Каперы ходили под флагом страны, патентом которой обладали. Французы поднимали белое полотнище с золотыми лилиями, англичане — сине-бело-красный флаг с перекрещивающимися Георгиевским и Андреевским крестами, но это дозволялось только королевским судам: французские корсары были обязаны ходить под синим флагом с белым крестом с лилиями на концах, а английские — под флагом с одним лишь Георгиевским крестом, красным на белом фоне. Но на практике и в Европе, и в Америке корсары и купцы поднимали королевский флаг, ставший национальным символом. Испанцы поднимали на грот-мачте белый флаг с гербом Австрийского дома Габсбургов; большинство испанских судов в Америке использовали флаг герцогства Бургундия[20] — красный Андреевский крест на белом фоне. Голландцы ходили под трехполосным красно-бело-синим флагом Соединенных провинций. Помимо флага на корме на специальном флагштоке вывешивали вымпел: у французов он был белого цвета или цветов родной провинции корсаров, у англичан — красным с четырьмя белыми квадратами в верхнем левом углу, у голландцев — оранжевым (цвет герцогов Оранских). Большие суда вывешивали основной флаг еще и на бушприте.
Корсар Людовика XIV Клод де Форбен рассказывает в своих мемуарах, как однажды во время рейда он наткнулся на траверзе Малаги на пять кораблей алжирских корсаров. Французы гневно спросили у них, по какому праву они ходят под белым флагом; те заявили в свое оправдание, что это флаг Португалии, а не Франции. Прекрасно понимая, что это ложь, французы всё же были вынуждены их отпустить.
А вот одному английскому контрабандисту, промышлявшему в районе Малых Антильских островов под французским и голландским флагами, не повезло: повстречав на пути французский военный корабль, он поспешил нарисовать на белом полотнище красный Георгиевский крест и поднял его на грот-мачте, но его всё равно арестовали как пирата.
Флагманский корабль обладал собственным прапором, который поднимали на грот-мачте, вице-адмиральский корабль вздымал прапор на фок-мачте, а контр-адмиральский — на бизань-мачте. Использовались также сигнальные флажки; в каждой стране существовал свой сигнальный код, чтобы во время боя противник не мог разгадать маневр, расшифровав «переговоры». Французский король Людовик XIV распорядился, чтобы корабли салютовали друг другу, приспуская и вновь поднимая флаг. Спущенный флаг означал, что судно сдается, поэтому, если капитан собирался сражаться до конца, он мог приказать прибить флаг к мачте гвоздями, чтобы какой-нибудь трус или предатель не мог его спустить.