Начатое еще при СТОНе строительство аэродрома на Большом Соловецком острове было завершено (действует до сих пор), а к 1941 году еще один военный аэродром был построен на острове Муксалма. Соловецкое авиазвено было укомплектовано самолетами-разведчиками У-2 (По-2) и военно-транспортными машинами Щ-2.
В конце 1940 года на остров также стали прибывать регулярные части советской армии, расселение которых уже велось по всему архипелагу. В это же время была сформирована батарея тяжелой береговой артиллерии на северо-западном берегу Большого Соловецкого острова, а также легкие береговые и зенитные батареи у гавани Благополучия. Началось строительство Соловецкого военного порта СФ, впоследствии войсковая часть 42895 — бригада ВМФ «Острова Соловецкие», в задачи которой входило обеспечение всеми видами снабжения кораблей Северного флота, базирующихся на Соловецких островах.
Также островному гарнизону была придана 1 -я отдельная дисциплинарная рота Северного флота для содержания осужденных из числа младшего начальствующего и рядового состава срочной службы Краснознаменного Балтийского и Северного флотов.
После короткого затишья жизнь на Соловках вновь закипела.
По воспоминаниям очевидцев, в начале 40-х годов численность населения (что и понятно) здесь резко выросла. В годы войны на острове проживало более десяти тысяч человек, это были военнослужащие, их семьи, вольнонаемные, а также курсанты УО СФ и учащиеся Соловецкой школы юнг.
О последнем подразделении Соловецкого учебного отряда следует сказать особо.
Из Приказа народного комиссара Военного-морского флота Союза ССР адмирала Н. Кузнецова от 25 мая 1942 года:
«В целях создания кадра будущих специалистов флота высокой квалификации, требующих длительного обучения и практического плавания на кораблях ВМФ, приказываю:
1. К 1 августа 1942 г. сформировать при учебном отряде СФ школу юнгов ВМФ со штатной численностью переменного состава 1500 человек, с дислокацией на Соловецкие острова. Плановые занятия начать с 1 сентября 1942 г.
2. Школу юнгов ВМФ подчинить командиру учебного отряда Северного Флота.
3. Школу укомплектовать юношами-комсомольцами и некомсомольцами в возрасте 15—16 лет... исключительно добровольцами.
4. Из принимаемого контингента готовить следующих специалистов:
— боцманов флота
— рулевых
— радистов
— артиллерийских электриков
— торпедных электриков
— мотористов
— электриков.
...Начальнику Главного Управления Портов ВМФ обеспечить изготовление и подачу комплектов обмундирования для юнгов к началу приема их в школу».
Почему именно здесь, на Соловецком острове, где еще несколько лет назад располагался закрытый спец-объект ОГПУ—НКВД, где каждую весну после схода снега из-под земли выступали человеческие останки, где километры колючей проволоки делили всё пространство архипелага на сектора, где тифозные бараки на Анзере стояли по-прежнему заколоченными, а окна бывших монастырских палат были забраны решетками, решили устроить школу юнг, где детей обучали военному и морскому делу, сказать трудно.
Может быть, дело в том, что военное детство и не могло быть другим, когда многие из питомцев школы юнг уже знали на себе, что такое война, да и дислокация в относительной близости от линии фронта имела решающее стратегическое и военно-транспортное значение.
Следует сказать, что первая школа юнг в СССР была создана в 1940 году на острове Валаам на Ладоге, однако с началом войны юнги были переведены сначала в Шлиссельбург, а потом в Ленинград, где оказались блокированными, а следовательно, не имели возможность взаимодействовать с Балтийским и Северным флотами.
Соловецкая школа должна была заменить оказавшихся в блокадном Ленинграде юнг, а также курсантов учебных школ ВМФ.
История юнг на русском флоте берет свое начало в 1701 году, когда император Петр I открыл в Кронштадте училище юнг в память о своей службе на флоте в чине «каютного юнги» у голландского шкипера Клааса Месши.
Важно заметить, что первое море, с которым познакомился император в качестве шкипера и капитана яхты «Святой Петр», было именно Белое. И вот спустя более чем 200 лет на Соловецком острове, стоящем посреди Белого (Дышащего) моря, была организована школа юнг.
В годы Великой Отечественной войны, безусловно, это не было обычным совпадением, но символическим актом преемственности традиций русского императорского и советского военно-морских флотов.