Период с 1939 по 1991 год, когда на острове находились военные, является, пожалуй, наиболее закрытым и малоизученным в силу объективных причин. Военно-морская база на многие годы ограничила доступ на остров исследователей-профессионалов и по сути закрыла посещение Соловков для обычных путешественников, любителей русских древностей. Разумеется, говорить о посещении бывшего монастыря представителями православного духовенства и богослужениях в нем не приходилось.
При этом следует заметить, что нахождение на Соловках базы ВМФ обеспечивало острова как рабочими местами, так и продовольствием. Это был статус, которому могли бы позавидовать многие провинциальные города и райцентры Архангельской и Мурманской областей.
В 1967 году распоряжением Совета министров РСФСР на острове был создан Соловецкий музей-заповедник как филиал Архангельского областного краеведческого музея, который предполагал только целевое экскурсионное посещение. В том же году на острове силами студенческого отряда физфака МГУ начали проводиться ежегодные летние реставрационные работы, которые, к слову заметить, проводятся на Соловках каждое лето и по сей день.
По воспоминаниям студентов, в отряд всеми правдами и неправдами прорывались также химики и филологи, историки и ребята с мехмата, студенты из других московских вузов.
Заслуженный профессор МГУ, заведующий кафедрой биофизики физического факультета В. А. Твердислов в 1967 году был секретарем комитета комсомола физфака и первым командиром стройотряда на Соловках.
О работе московских студентов на острове Всеволод Александрович рассказывал следующее: «Сначала надо было расчистить помещения кремля от мусора, скопившегося там за многие годы. Мусор таскали носилками, потом поняли, что так будет до второго пришествия, и “физики” пришли на помощь “лирикам”. Сделали тачку с полозьями, и ее вытаскивал грузовик. Расчистили ризничную палату, иконописную, рухлядную и чоботную палаты, вывезли мусор из подвалов, где когда-то томились узники, потом перешли к зондажу стен. Работали, как шутили студенты, почти как в каменном веке. Инструмента не было, любая железка, найденная в мусоре, шла в дело. Обивали позднюю штукатурку, чтобы обнажить стенную кладку, обивали не специальными инструментами, а простыми ломиками, от которых потом “руки отваливались”».
Уже этих слов достаточно, чтобы понять, в каком состоянии находились древние монастырские сооружения, от которых по сути остались только стены. Вероятно, уйдя из кремля, сначала СЛОН—СТОН, а потом и военные вывезли и вынесли всё, что возможно, оставшись до конца верными принципу — «после нас хоть потоп».
Из воспоминаний доцента кафедры общей физики физфака МГУ, участника Соловецких факультетских экспедиций с 1975 года И. В. Митина:
«Когда отряд прибыл на место, выяснилось, что никто из его членов (около 60 человек) никогда не бывал на Соловках... Основу отряда составляли студенты 2—3 курсов, было и несколько старшекурсников, аспирантов и сотрудников. В те годы соловецкий отряд выделялся из всех отрядов физфака своим “романтическим” настроем, сюда ехали “за туманом”, из любопытства, просто посмотреть, что же это за место, о котором наверняка слышали немало самых различных толков и версий. Как следствие этого большое количество девушек — около трети отряда, что не могло не сказаться на некоторой приподнятости настроения всего отряда... Подготовка кадров для будущего отряда начиналась уже осенью, сразу после возвращения с Соловков. Отряд фактически был круглогодичным, для начинающих в Москве организовывалась “Школа реставратора”, учеба проходила в Новоспасском монастыре, на Крутицком подворье, на других реставрируемых памятниках. Организовывались лекции по истории и архитектуре, отряд выезжал на многочисленные экскурсии по городам Золотого кольца. И летом на Соловки студенты отправлялись уже подготовленными к серьезной работе».
Совершенно неожиданно возрождение разоренного монастыря и скитов Соловецкого архипелага началось усилиями тех, чьи родители, вполне возможно, или отбывали в СЛОНе наказание, или надзирали за теми, кто это наказание отбывал.
И вновь на Соловках среди руин, гор мусора, ржавой колючей проволоки, бараков и брошенной военной техники (она, кстати, остается на острове и по сей день) со всей очевидностью проступил смысл слов из Книги Екклесиаста: «Род проходит, и род приходит, а земля пребывает во веки... бывает нечто, о чем говорят: “смотри, вот это новое”; но это было уже в веках, бывших прежде нас...» Смысл, заповеданный еще преподобными Савватием, Зосимой и Германом; смысл, который оказывается выше и глубже обыденного понимания трудов и дней, когда «всяческая суета» затмевает то, что святые Отцы Церкви называли «блюдением ума».