Будучи же, в свою очередь, учеником преподобного Александра Свирского, основателя Троицкого Свирско-го монастыря и единственного среди русских святых подвижника, удостоившегося видения Святой Троицы, Иона, безусловно, обладал не только большим опытом устроения монашеской жизни, но и глубоким мистическим опытом, которым он не мог не поделиться с Филиппом.
За строгостью и требовательностью старца скрывался искренний и живой интерес к личности необычного для этих мест молодого монаха, в котором тяжелые соловецкие послушания не заглушили вкуса к настоящей духовной жизни, а усердное рвение новоначального не прошло с годами, но лишь усилилось и расцвело новыми красками.
Подражая Отцам Древней Церкви, Филипп по благословению Ионы удаляется из монастыря в лесную пустыню: «тамо к Богу ум возвысив, в молитвах точию упражняшеся», пребывая в посте и лишениях. Здесь отшельник поселился в тесной деревянной келье-часовне, спал на земле, подложив под голову камень. Впоследствии эта реликвия будет принесена в монастырь, а на камне будет изваян облик святителя.
В Житии сказано, что «не мала лета» провел Филипп в уединении, но потом вернулся к ежедневным трудам, приобретя бесценный опыт предельного внутреннего сосредоточения и «умной молитвы», то есть молитвы, непрестанно звучащей в уме и сердце и приносящей великие откровения. Так, в скиту на берегу Игуменского озера он удостоился видения Иисуса Христа в терновом венце и оковах, а «на месте этого явления брызнули из земли струи чистой ключевой воды».
Аскетические подвиги Филиппа (к тому моменту его происхождение уже перестало быть в Соловецкой обители тайной) не могли не обратить на себя внимание братии и старцев монастыря. Духовное водительство Ионы и покровительственное отношение игумена Алексия сформировали к нему особое отношение насельников обители, замешанное на противоречивых чувствах — уважении и непонимании, любви и зависти, боязни и почитании.
Читаем у Г. И. Федотова: «Через десять лет Соловецкой жизни Филипп был у всех на виду, среди первых по дарованиям и подвигам иноков. Игумен Алексий любил его и уже видел в нем своего возможного заместителя... Удручаемый старостью и болезнями, он (Алексий) задумал еще при жизни сложить с себя бремя управления на молодые плечи. Несмотря на отказы Филиппа, игумен предложил братии, ссылаясь на свою немощь, выбрать нового настоятеля, и выбор единодушно пал на Филиппа. Филипп не прекословил».
Будучи сильной, разносторонней личностью, молодой избранник на пост соловецкого настоятеля, сознательно уйдя из мира, сознательно изнуряя себя пустынными трудами, смиренно принимая внешние стрелы зависти и непонимания, утвердил на острове представления о важности и суверенности всякой человеческой индивидуальности, абсолютной ответственности за свой выбор, за который отвечать перед Богом будешь только ты.
Такое миропонимание, мироощущение было, можно утверждать, очень близко менталитету северного человека, не знавшего крепостного рабства, на равных говорившего не только с высокомерной новгородской или московской элитой, но и самой природой сурового Поморского края.
Именно осознанное аскетическое трезвение Филиппа (не вынужденное, не натужное, не жалостливое), во многом основанное на непростом личном жизненном опыте, абсолютно лишено мифологичности и, если угодно, духовного аутизма. Филипп (Колычев) — абсолютный реалист, он не питает никаких иллюзий по поводу своего служения, он абсолютно точно знает, чего хочет и какими немыслимыми трудами это дается, а посему он требователен и взыскателен. Он прекрасно понимает, что без дисциплины, безусловного послушания и ответственности за свои поступки выжить на Соловецком острове просто невозможно.
Скорее всего, эта внутренняя решимость Филиппа, и в первую очередь по отношению к себе, ошибочно почитаемая близкими за излишнюю суровость и гордость, и стала причиной непростых отношений будущего игумена с братией.
Известно, что окончательное решение о судьбе новопоставленного игумена принял архиепископ Феодосий Новгородский, который рукоположил Филиппа во священника и вручил ему игуменский посох. Обращаясь к прибывшим с ним в Новгород соловецким инокам, он сказал: «Вот отец вам, имейте его во образ Христов и покоряйтесь ему со всяким послушанием».
В августе 1548 года Филипп отслужил свою первую Божественную литургию в Спасо-Преображенском соборе монастыря в качестве его настоятеля.
Однако вскоре Филипп, совершенно неожиданно для многих, и для Алексия (Юренева) в первую очередь, слагает с себя игуменские полномочия и вновь удаляется в скит на берег Игуменского озера.