Теперь игумен Филипп — не только воспитатель братии и ревнитель благочестия, но прежде всего строитель, «ктитор» монастыря, организатор и вдохновитель огромной, невиданной доселе на Соловках стройки.
В 1552 году приглашенные на остров новгородские мастера под руководством Игнатия Салки и Столыпы приступили к возведению каменного (зимнего) Успенского собора, о котором «Летописец Соловецкий» сообщает: церковь «с трапезою и келарскою в одной стопе, единостолпна, со своды, на погребах; на трапезе колокольня каменная с часами, под трапезою потребы — хлебный да квасной, под олтарем и под церковию просвиренная служба, вверху над церковию Успенскою придел Усекновения честныя главы Иоанна Предтечи».
Однако этот гигантский по тем временам архитектурный комплекс становится лишь начальным этапом в эпических замыслах игумена Филиппа.
В 1558 году по проекту соловецкого настоятеля «зачат на Соловках делати большой храм Преображения Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, каменный». Украшать собор приглашены новгородские иконописцы — Гаврила Старой, Илья и Крас.
Но внутренний конфликт на острове никуда не делся; он, разумеется, отошел на второй план, многие затаились. В монографии Г. П. Федотова «Святой Филипп митрополит Московский» есть такие слова на этот счет: «Братия, которая с радостью взирала на начало строительства, теперь пришла в смущение от смелости игумена. “Отче, говорили ему, недостаток в киновии и оскудение великое, ибо нет прилежащих городов. Откуда возьмешь злата на сооружение великой церкви?”».
Одним из тех, кто более всего не принимал Филиппа, находя игумена слишком заносчивым и гордым, но по должности находился у него в подчинении, был келарь и казначей Соловецкого монастыря Паисий. То обстоятельство, что большую часть финансовых вопросов Филипп решал в обход Паисия, ставя его лишь перед фактом, не могло не задевать старца —кстати, ровесника и спостника старца Ионы (Шамина). Более того, имея возможность напрямую решать вопросы строительства с новгородской посадской элитой и московским двором, соловецкий игумен оперативно, без известной бюрократической волокиты, по большей части приводящей к воровству, единолично решал хозяйственные и административные вопросы, являясь в одном лице и келарем, и казначеем, и архитектором, и заказчиком строительства.
По замыслу Филиппа, Спасо-Преображенский собор должен был стать самым большим каменным храмом на Русском Севере, зримым символом того «луча пресветлого» и той «церкви, стоящей в воздухе, большой и прекрасной, простершейся над землей», которые наблюдал в своем видении преподобный Зосима.
И вновь мы можем говорить об уникальном даре мистического символизма, которым обладал святитель, о запредельном умении видеть невидимое в повседневном, подчинять обыденное таинственному монашескому обиходу.
Преподобный Максим Исповедник в VIII—XXIII главах своей «Мистагогии» обратил внимание на то, что евангельский символизм есть проявление насущности и обыденности Священного Предания, то есть опыта Церкви, канонической и ментальной преемственности.
Не случайно, что именно Филипп (Колычев), видя себя продолжателем и наследником преподобных соловецких началоположников Савватия и Германа, в 1599 году установил у подножия Секирной горы, в Савватиевской пустыни, поклонный крест в память о старцах. Более того, игумен Филипп разыскал образ Пресвятой Богородицы Одигитрии, который был привезен святым Савватием на остров в 1429 году, келейный каменный крест отшельника, Псалтирь преподобного Зосимы, а также его ризы, в которых любил сам совершать богослужение.
В этой связи интересно вспомнить еще одного соловецкого, точнее анзерского, постриженника — Никиту Минова, будущего патриарха Всероссийского, одного из величайших мистиков и символистов Русской Церкви уже XVII века.