Говоря об активности мятежников, мы, однако, не должны забывать о том, что тот, против кого по сути и было поднято это восстание, еще в 1666 году, то есть за год до начала активной фазы Соловецкого бунта, был извержен из патриаршества, священства, лишен епископского сана и сослан сначала в Ферапонтов, а затем в Кирилло-Белозерский монастырь.
Следовательно, решительные эпистолы так называемых «черных соборов» соловецкого духовенства, в которых имя Никона поминалось далеко не самыми лестными словами, были адресованы на тот момент уже рядовому монаху, заточенному и опальному, не имевшему ни власти, ни влияния как в церковной, так и в государственной сферах. В Кремле это понимали, как, впрочем, и то, что с каждым годом негодование соловецких сидельцев все более и более оборачивалось на царя, в котором мятежники видели прямого продолжателя «бесовского» дела Никона. Более того, поддержка монастыря местным населением, поморами (что объяснимо — Соловецкая обитель, говоря современным языком, была крупнейшим и богатейшим поставщиком рабочих мест на Беломорье) полностью вывела бунт за рамки спора о «древлем благочестии», о котором миряне, откровенно говоря, имели весьма отдаленное представление.
Соловецкое восстание стало объективным противостоянием московскому давлению, в первую очередь экономическому.
Скорее всего, именно осознание того, что на острове зреет или уже созрел антигосударственный протест, подвигло власть принять решительные меры по усмирению бунтовщиков. Лимит «большой осторожности» правительства по отношению к Соловкам, о котором пишет историк и славист С. А. Зеньковский (1907— 1990) в своей книге «Русское старообрядчество», был исчерпан.
Итак, 31 мая 1674 года воевода Иван Алексеевич Мещеринов прибыл на Соловки и сразу перешел к делу. По его приказу была спущена часть воды из пресного Святого озера, в результате чего в монастыре обмелели колодцы и остановилась мельница (впоследствии это привело к распространению массовых болезней и цинги). Также, по сообщению «Соловецкого летописца», Мещериновым было «выстроено вблизи монастыря 13 батарей и брустверов и начата работа шанцов, проведенных им почти под самые стены», откуда из пушек, пищалей и ружей был начат обстрел монастыря, неожиданно приведший к значительным потерям среди мятежников. Мощные каменные сооружения сослужили в данном случае защитникам обители плохую службу. Залетая во внутренние дворы и периметры монастыря, картечь и ядра рикошетили от стен, неся за собой тучи каменных смертоносных осколков. Иван Мещеринов сообщал в записке: «И они, воры, в туманные дни и в то время, как шанец в тех ближних местах не было, из монастыря тех побитых и рваных воров выносили в убогой дом к Анофрею и, завертя в парусину, без гробов в анбар метали».
Позже в Ануфриевской кладбищенской церкви (ныне не существующей) было найдено около двадцати трупов монахов и мирян, убитых при артобстрелах монастыря, а к осени 1674 года стрельцами Мещеринова было взято и достаточное количество пленных, которых в кандалах немедленно переправили на материк в Сумской острог для дознания.
В мае 1675 года осада Спасо-Преображенского Соловецкого монастыря была возобновлена с новой силой и энергией. Стрельцы полностью блокировали обитель со стороны гавани Благополучия и губы Долгой, а ежедневные гранатные обстрелы периметра с применением зажигательных ядер стали делом обычным и почти рутинным.
Первое оцепенение от столь внезапно и активно начавшихся военных действий прошло в монастыре к середине июля, и мятежники стали не только отвечать огнем из башенных орудий, но и наладили систему жизнеобеспечения при непрекращающемся бомбометании со стороны государевых войск.
Некий псаломщик Сергий рассказывал: «И как де граната на кровлю падет, и кровли ломало, а проходов не пробивали... а зажигальные де ядра наметывали мокрыми войлоками и тем гасили».
Истовая готовность «умереть за крест и за молитву», ожидание мученической смерти, которая теперь, как казалось многим, была уже неизбежна, придавали защитникам монастыря особое экстатическое возбуждение, не предполагавшее никаких компромиссов и переговоров с людьми воеводы Мещеринова.
Впрочем, к поздней осени 1675 года время переговоров и уговоров прошло. Войска попытались организовать подкоп под Белую, Никольскую и Квасоваренную башни, но осажденные, узнав об этом, перешли в контрнаступление и, «укрываючись от гранатных ядер досками», остановили нападавших. Число погибших с каждой стороны росло день ото дня, но ни та ни другая сторона остановиться уже не могла. Черта здравомыслия была перейдена, а пролитая кровь застила глаза как соловчанам, так и воинам Мещеринова.