Штурм Соловецкого монастыря стал неизбежен. Он состоялся 23 декабря 1675 года. Отряду ротмистра Степана Потапова удалось подняться на стену в районе Сельдяной башни, но, наткнувшись на яростное сопротивление осажденных, атака захлебнулась, и со значительными потерями стрельцы были вынуждены отступить.
Второй штурм 22 января 1676 года стал последним и привел к падению Соловецкой крепости.
После длительного артобстрела, носившего скорее деморализующий для осажденных характер, 50 стрельцов через секретный ход в Белой башне, указанный монахом-перебежчиком Феоктистом, вошли в сушильную палату, затем добрались до монастырских ворот и открыли их. Защитники заметили свершившееся слишком поздно, когда регулярные части Мещеринова стали вливаться в монастырский периметр. Те 30 человек, которые бросились на них с оружием, были почти сразу перебиты.
Финальный же этап трагедии развернулся на подступах к Трапезной палате.
О. В. Чумичева так описала это событие: «Последние защитники монастыря заперлись в “розных палатах” и — главное — в Трапезной. Высокое здание, на втором этаже которого располагалась Трапезная, опирается на прочный валунный фундамент. Дикий камень чередуется с кирпичом и в стенах здания. Перед входами — с северной и западной сторон — расположены два высоких крыльца с узкими лестницами. Подняться в Трапезную большому количеству людей одновременно нельзя. В XVII веке окна Трапезной были узкими, похожими на бойницы, поэтому штурм ее потребовал немалых усилий. Здание обстреливали, в окна метали гранатные ядра. Часть защитников погибли, многие были ранены».
В результате штурма монастыря было пленено 63 человека. Из них 35 были посажены в тюрьму, а 28 казнены.
На то, что произошло в Соловецкой обители потом, существуют две точки зрения — официальная, государственная, и защитников монастыря, старообрядческая. Каждая из них, что и понятно, не может трактоваться нами как истина в последней инстанции. Впрочем, рассматривая каждую из них, сопоставляя факты и цифры, можно прийти к более или менее объективной картине произошедшего.
Согласно первой версии, после взятия монастырь подвергся безудержному разграблению. Вскоре прибывший на остров князь В. А. Волконский учинил расследование, в ходе которого большая часть награбленного была возвращена монастырю, а сам Иван Алексеевич Мещеринов и его сын взяты под стражу по обвинению в хищении государственного имущества и жестоком отношении к арестованным насельникам монастыря. Никакой конкретной официальной информации об этом «жестоком отношении» не сохранилось, а также и о том, как именно были казнены 28 приговоренных к смерти соловчан.
Известно лишь, что 63 пленных мятежника были или сосланы в отдаленные северные монастыри и остроги, или посажены на цепь в соловецких подземельях.
Вполне естественно, что годы осады монастыря и десятки погибших под стенами обители стрельцов не могли не наложить отпечаток на поведение победителей, ворвавшихся в монастырь в кромешной темноте зимней ночи с 22 на 23 января 1676 года, и мы можем только догадываться, что происходило на «острове мертвых» в те дни.
Скорее всего, появление на Соловках князя Волконского говорит о том, что информация о зверствах стрельцов дошла до Москвы, и было принято решение остановить начавшийся на острове беспредел.
Второй взгляд на трагедию, старообрядческий, напротив, не жалеет красок в описании чудовищного Соловецкого погрома, устроенного захватчиками древней обители.
Основным источником в данном случае является составленная Семеном Денисовым в XVIII веке «История об отцах и страдальцах Соловецких иже за благочестие и святые церковные законы и предания в настоящее времена великодушно пострадаша».
Читаем в «Истории...»: «..Дельною яростию вскипев (стрельцы), смерти и казни различны уготовав: повесити сия завеща, овыя за выю, овыя же и множайшия междеребрия острым железом прорезавше, и крюком продевшим на нем обесити, каждаго на своем крюке. Блаженнии же страдальцы с радостию выю в вервь вдеваху, с радостию ноги к небесным тещи уготовляше, с радостию ребра на прорезание дающе».
На известном лубке XIX века «Воевода Мещеринов подавляет Соловецкое восстание» в подробностях изображены лютые зверства стрельцов, которые избивают иноков, подвешивают их за ребра на крючьях, расстреливают из пушек. Также старообрядческие источники сообщают, что много соловецких страстотерпцев было утоплено в прорубях, затравлено собаками, заморожено на льду и заживо сожжено.