Чудовищные кровавые картины, словно пришедшие из времен опричного разгула грозного царя Иоанна Васильевича, стали частью повседневной соловецкой жизни зимой 1676 года. Непогребенные, со следами ужасных истязаний тела «соловецких сидельцев» можно было встретить не только на территории монастыря (в местах столкновения со стрельцами), но и на берегах моря и Святого озера. Лишь к весне трупы защитников монастыря были собраны и захоронены на острове Бабья Луда при входе в бухту Благополучия, а над братской могилой стрельцов возвели деревянную Таборскую часовню в полуверсте от монастыря.
Тягостное состояние от посещения острова в то время не могло не передаться с богомольцами и стрельцами на материк. Вероятно, так и сложилась знаменитая песня об «Осаде Соловецкого монастыря»:
Восстановление мирной монашеской жизни в монастыре на Большом Соловецком острове требовало, разумеется, значительных усилий — как моральных, так и материальных.
Как сообщает «Соловецкий летописец», «для приведения Соловецкой обители в прежнее состояние и для восстановления порядка по указу царя Феодора Алексеевича и по благословению патриарха Иоакима прислан был из Тихвинского монастыря в Соловецкий настоятелем архимандрит Макарий, из Сийского монастыря келарь Иларион и казначей Феодосий».
...Удивительным образом состояние разорения и пустоты, царившее в Соловецкой обители после подавления мятежа, уже при других обстоятельствах и в другие годы описал бывший заключенный Соловецкого Лагеря Особого Назначения Борис Солоневич: «В громадном Преображенском соборе царила полутьма. Несколько тусклых электрических лампочек едва освещали длинные ряды сплошных нар, заваленных спящими человеческими телами. За грязными абажурами ламп вверх к куполу тянулась жуткая тьма, казавшаяся небом безлунной ночи. В соборе было холодно. Несколько железных печурок с длинными жестяными трубами нагревали только небольшое пространство около себя. Около каждой такой печурки группировались оборванные люди, старавшиеся высушить свои лохмотья и согреть окоченевшие тела. Изредка гудевшая извне вьюга проникала в собор через какие-то разбитые окна или щели, и тогда сверкающие серебром струйки снежинок проносились около лампочек и шипели на трубах печей. В роте № 13 было тихо. Только кое-где заглушенный гул разговоров нарушал эту тишину. Большинство уже спало мертвым сном усталости. На крайних нарах, на возвышении бывшего алтаря лежала небольшая человеческая фигура, прикрытая пальто. Иногда лежащий медленно поворачивался, и тогда из-под края пальто показывалось измученное лицо седого старика. В полумраке собора это лицо часто казалось мертвым, и только порывистые движения да изредка тихие стоны показывали, что старик еще жив».
После разгрома соловецких бунтовщиков моральный и психологический удары, нанесенные по традициям и стилю жизни обители в целом, были столь ужасны и очевидны, что должны были пройти десятилетия, дабы Спасо-Преображенский монастырь оправился от свершившегося.
К началу 80-х годов XVII века в обители произошла полная ротация насельников и соборных старцев, островной гарнизон был укомплектован дополнительными силами стрельцов, а согласно указу царя Федора Алексеевича монастырь начал строительство в Сумском остроге деревянной крепости для защиты от немецких и шведских войск.
Преодоление последствий Соловецкого мятежа велось по всем направлениям. В частности, архиепископ Холмогорский и Важский Афанасий (Любимов) строго наставлял архимандрита Илариона: «В обители пребывая немалое время, рассмотрев чин монастырский, видел некие дела, требующие исправления... заповедаю вам: да не один монах от братии вашей — и пострижен-ники Соловецкия лавры, и пришедшие, и терпевшие многие лета во общем житии своего спасения ради — таковых на вселенную по своей воле с острова хотящих отходити да не отпустите, и за таковыми повелеваю погони крепкия посылать... Приказываю накрепко лодейщикам, и карбасникам, и богомольцам всем, чтоб без нашей общей воли никого утайкою с острова на вселенную не свозити... Завещаю не держать всякого отреченного пития, сиречь вина горячего и треклятой табаки...у всяких богомольцев то вино запечатывать... и таковых присланных людей держать под крепким началом и воли им никакой ни в чем не давать».