Преображенский приказ еще не был специализированным ведомством; царь мог поручить конкретное расследование иному лицу – например, знаменитому «прибыльщику», изобретателю гербовой бумаги Алексею Курбатову. В 1704 году Курбатов обнаружил в серебряном ряду «воровское» (фальшивое) серебро. Продавец тут же принес следователю 300 рублей. Курбатов принял деньги как доказательство преступления и начал розыск, который категорически не желал передавать в Преображенский приказ, обращаясь к царю: «Благоволи милостивно вняти, почему невозможно сему делу быть в Преображенском. Яков Якимов явился в том же серебра воровстве, о котором сам князь Федор Юрьевич присылал стряпчего своего говорить, чтоб ему в том деле послабить. Дочь его, призвав меня в дом свой, о том же говорила; Кирила Матюшкин, который у него живет, не имея никакого дела, многажды о тех же ворах стужал, чтоб мне являть слабость, и бедство знатно по той ненависти наведено бедным того дела подьячим; Иван Суворов стужал многажды, едва не о первом воре просил и, что в том его не послушали, грозил на старого в том деле подьячего: попадется де скоро к нам в Преображенское! Подьячий Петр Исаков также просил о ином. Мать Федора Алексеевича [Головина] присылала с грозами, спрашивая, по какому я указу в том разыскиваю, и от иных многих непрестанное было стужание. Однако ж я пребывал в той беде, нимало их слушая; ныне колодники об отсылке в Преображенское все возрадовались, и из них некоторые бранили меня и говорили подьячему ‹…›: „Лихо де нам было здесь, а в Преображенском де нам будет скорая свобода: дьяки де и подьячие там нам друзья. Хотя князь Федор Юрьевич неправды сделать и не похочет, но чрез доношения и заступы учинят желатели неправды по своей воле“.[11]
После смещения царевны Софьи и утверждения Петра у власти в 1689 году «потешная изба» стала главной дворцовой канцелярией – появились новые царские хоромы и съезжий двор, который стал называться Генеральным двором. Здесь происходили заседания Боярской думы; здесь же комплектовалась, обучалась, снаряжалась новая армия. Потешный двор ведал гвардейскими полками, охраной порядка в Москве, царской охотой и зверинцем. Царь, переехав вместе с двором и учреждениями в строившийся Петербург, во время наездов в старую столицу именно Преображенское избирал временной резиденцией, где выслушивались расспросные речи царевича Алексея и заседал суд по делу обвиненного во взятках обер-фискала Алексея Нестерова.
В штате Преображенского приказа состояли два дьяка и пять-восемь подьячих, дозорщик, два лекаря и лекарский ученик, заплечный мастер, четыре сторожа, четыре конюха и 16 рабочих – токари, плотники и кузнецы.[12] К нему были прикомандированы несколько десятков офицеров и солдат гвардии, которые несли караульную службу, охраняли зверинец и ведали охотничьим хозяйством государя. Князь Федор Юрьевич, в числе прочего, отстраивал Москву после пожара 1701 года, обеспечивал армию артиллерийскими орудиями и порохом, ведал одно время Аптекарским и Сибирским приказами, при этом иногда вторгаясь в юрисдикцию новоучрежденных коллегий. В 1719 году президент Юстиц-коллегии граф А. А. Матвеев дважды жаловался Петру I, что Преображенский приказ разбирает дела, которые «подлежат» его ведению и при этом, пользуясь своим исключительным положением, на запросы из других учреждений не отвечает и никаких справок и документов не выдает.[13]
Постепенно из аморфной структуры Преображенского приказа выделилась Главная канцелярия, которая со временем сосредоточила в своих руках следствие и суд по государственным делам. Указом 25 сентября 1702 года судопроизводство по «государеву слову и делу» было изъято из подведомственности чиновников Судного приказа, судей других приказов, городовых воевод, а также монастырских властей и помещиков.[14] Любое учреждение, в которое мог обратиться доносчик, обязано было под угрозой штрафа доставить его, не начиная следствия, в Преображенский приказ; его указы стали обязательными для всех центральных и местных учреждений. В случае вмешательства в его компетенцию должностные лица могли быть привлечены к судебной и административной ответственности, как произошло в 1704 году с дьяком Ярославской приказной избы Угримовым, битым батогами «за то, что он роспрашивал в государевом деле колодников». Наказание грозило местным властям также за недостаточно оперативное выполнение распоряжений Ромодановского: с костромского воеводы в 1708 году были взысканы 100 рублей «за его ослушание, что он по тем грамотам не писал и колодников не присылал».[15]