Но власти Бакуфу Эдо, придерживающиеся конфуцианства, заняли другую позицию, и поддержали указ 1825 года, что вызвало разногласия в самом сердце сёгуната. Некоторые феодальные князья полагали вполне уместным сочетание конфуцианства с гуманизмом. Сёгунат, решивший усилить контроль над побережьем, не поддержал сторонников западной науки в вопросе о применении западной техники. В то время как инженеры вроде Такасимы Сюхана (1798–1866), пытались, невзирая на откровенное недовольство сёгуната, обучать отряды самураев по западной методике, вычитанной из книг (за что были посажены в тюрьму), сёгунат предпочитал следовать традиционным предписаниям конфуцианства, которому были беззаветно преданы сторонники рангаку.
Американские и европейские суда все чаще и чаще появлялись у берегов Японии, а после первого визита коммодора Перри встал вопрос: стоит ли открыть в страну доступ иностранцам? Теоретики школы Мито придерживались того мнения, что император — источник всякой власти в Японии, и сёгун упирается только на него, поэтому следует поддерживать Бакуфу, с полным почтением относясь к императору. Но император, живший в своем дворце в Киото и плохо представлявший себе ситуацию внутри страны, решил, посоветовавшись с сёгуном, изгнать иностранцев и закрыть границы Японии. Однако было поздно, и события приняли необратимый характер. Та же школа Мито, столкнувшись с новым отношением Бакуфу, обеспокоенного военным могуществом иностранцев и, казалось, готового сотрудничать с ними, приняла сторону императора против сёгуната Эдо.
Получили развитие философские школы двух типов: одна была предана урокам прошлого и отказывалась встречаться лицом к лицу с реальностью, предпочитая слепо повиноваться императору; другая, более гибкая и более подверженная сомнениям, не видела смысла обороняться с оружием в руках против требований Запада. Мнения обеих школ совпадали в одном пункте: необходимо защитить Японию от вероятного вторжения иностранцев и сохранить целостность территории.
Инженер Сакума Сётан, который первоначально высказывался против предложения открыть Японию для других стран, позже ознакомился с событиями, происходящими в Китае, и изменил свое мнение. Он писал: «Приверженцы конфуцианства игнорируют истинную науку так же, как и условия, в которых оказалось государство. Пренебрегая другими странами, конфуцианцы без разбору называют их варварами». Спустя несколько лет он добавлял: «Я считаю неприемлемым слово «варвар» и убежден в том, что не следует презирать другие страны, поскольку они гораздо сильнее нашей страны и успешнее ее в науке, технике, талантах, институтах и литературе». Он умолял Бакуфу не следовать, по примеру Китая, политике ксенофобии, которая привела эту страну к катастрофе. Необходимо отметить, что сам Сакума Сётан был конфуцианцем и исповедовал принципы школы Мито, являющейся наследницей Дзуси (XII век). Он гораздо более детально, чем это сделали сторонники школы Ван Янмина, изучил экспериментальные методы западной науки. Идеи Сакумы Сётана, явившиеся революционными для того времени, нашли отражение в следующих строках одной из его поэм:
Мораль Востока, наука Запада дополняют друг друга и замыкают круг: оборот Земли — десять тысяч ри, половина его не должна исчезнуть.
Из этого ясно следует, что, для того чтобы двигаться вперед, следуют соединить исконно японскую этику с достижениями западной науки, и тогда они создадут гармоничный союз. Суммировать мысли Сакумы можно в двух предложениях, взятых из его книги «Сэйкэн-року»: «Когда мне было двадцать, я ощущал себя провинциалом; когда мне исполнилось тридцать, я понял, что я японец; сейчас, когда мне уже за сорок, я чувствую, что принадлежу пяти континентам».
Еще один мыслитель, Ёкои Сёнан, друг Сётана, разделял его идеи и объяснял их, опираясь на китайскую мифологию и ссылаясь на высказывания Конфуция, согласно которым следовало разумно и вдумчиво изучать законы природы, чтобы научиться творить добро для людей. По его мнению, существовало два типа знания: первое он называл «предельным» и «книжным», второе — «воспринимаемым», то есть приближенным к истинной причине существования вещей. Являвшийся вначале горячим сторонником «изгнания варваров», он к 1855 году пересмотрел свои взгляды и стал благожелательно относиться к открытости страны для западной науки, считая «обмен и торговлю» одним из вселенских природных принципов. Но если Сакума просто стремился примирить японскую этику и западную мораль, то Ёкои Сёнан пошел дальше, изучая западную этику и уделяя особо пристальное внимание христианству.