Язичники зазвичай не намагалися впливати на особисті переконання один одного. Не було жодних авторитетних письмових джерел про язичницькі релігійні доктрини, як-от Біблія чи Коран. «Іліаду» та «Одіссею» Гомера й «Теогонію» Гесіода сприймали як літературу, а не теологію. Язичництво мало багато поетів та священиків, але не породило жодного теолога. Утім, відкриті вияви атеїзму були небезпечні. Принаймні в Афінах звинувачення в атеїзмі подеколи ставали зброєю в політичних дебатах, а філософи, що висловлювали невіру в язичницький пантеон, могли відчути на собі гнів держави. Філософ-досократик Анаксагор був змушений тікати з Афін через вчення, що Сонце – це не бог, а гарячий камінь, більший за Пелопоннес.
Платон особливо переймався збереженням ролі релігії у вивченні природи. Він був так наляканий атеїстичним вченням Демокріта, що в десятій частині своїх «Законів» проголосив, що в його ідеальному суспільстві люди, які заперечують реальність богів та їхнє втручання у справи людей, були б засуджені до п’яти років одиночного ув’язнення з подальшою стратою, якщо в’язень не розкається.
У цьому плані, як і багато в чому іншому, дух Александрії відрізнявся від афінського. Я не знаю жодного елліністичного вченого, у чиїх роботах можна знайти хоч якийсь інтерес до релігії, як і не знаю нікого, хто постраждав за свою невіру.
Натомість чимало відомо про релігійні переслідування владою Римської імперії, хоча там не мали нічого проти іноземних богів. Пантеон пізньої Римської імперії розширився, включивши в себе фригійську Кібелу, єгипетську Ісіду та перського Мітру. Однак, у що б людина не вірила, вона мала обов’язково також публічно шанувати офіційну римську релігію, виявляючи таким чином лояльність до держави. Згідно з Ґіббоном, усі релігії Римської імперії «народ вважав однаково істинними, філософи – однаково хибними, а влада – однаково корисними»8. Християн переслідували не тому, що вони вірили в Єгову чи Ісуса, а тому, що вони публічно заперечували римську релігію – їх взагалі виправдовували, якщо вони клали хоч дрібку фіміаму на вівтар римських богів.
Ніщо з цього не заважало роботі давньогрецьких вчених під владою імперії. Гіппарха та Птолемея ніколи не переслідували за їхні атеїстичні теорії планет. Набожний язичник імператор Юліан критикував послідовників Епікура, але не утискав їх.
Християнство хоч і було незаконне через своє заперечення державної релігії, однак ширилося імперією у II і III століттях. У 313 році імператор Костянтин І його узаконив, а в 380 році Феодосій І зробив узагалі єдиною законною релігією імперії. Упродовж цих років велична давньогрецька наука почала занепадати. Зрозуміло, це змушує істориків замислитися, чи було піднесення християнства якось пов’язане із занепадом попереднього розвитку науки.
У минулому основна увага була зосереджена на можливих конфліктах між релігійними вченнями та науковими відкриттями. Наприклад, Коперник присвятив свій шедевр «Про обертання небесних сфер» папі Павлу III і у присвяті застерігав проти використання уривків зі Священного Писання, щоб заперечити досягнення науки. Як жахливий приклад цього він цитує Лактанція, християнського наставника найстаршого сина імператора Костянтина: