А потом началась война со шведами, крымцами. И в самый разгар боевых действий случилась беда в Угличе. Там рос младший брат царя Дмитрий. Его мать Мария и её родня, бояре Нагие, были очень недовольны, что живут не в Москве, не получают важных должностей. Ругали Годунова, переписывались с его врагами, Шуйскими. Борис знал об этом. В Углич он послал государственного чиновника дьяка Битяговского. Присматривать, что там делается. Нагие сразу обозлились на него. Дескать, приехал следить за ними.
Царевичу Дмитрию было 8 лет, 15 мая 1591 года он вышел погулять во двор, и его вдруг убили. Кто — неизвестно до сих пор. Мать царевича не видела, что произошло во дворе. Но в истерике стала кричать, что убийцы — её враги, Битяговский со своими помощниками. Что они наверняка расправились с царевичем по приказу Годунова. На крики сбежалась толпа. Возмутилась и тут же перебила Битяговского и ещё 14 человек. Хотя многие из них были явно ни при чём. Но ведь и допросить их, что-то узнать, стало уже невозможно. А бояре Нагие взбунтовали весь город, обвиняли Годунова.
Сейчас историки разобрались — в это время смерть царевича не могла принести Годунову никакой выгоды. Из Англии по его просьбе как раз прислали лучших медиков. Появилась надежда, что у царя появятся дети. А в мае 1591 года, когда убили Дмитрия, на Россию наступали шведы, на Москву шёл Крымский хан, к ним очень хотел присоединиться польский Сигизмунд. И тут ещё мятеж в Угличе! Оттуда разлетались слухи, что Годунов — заказчик убийства! Это же было опасно для всей страны, могли начаться восстания. Для кого же это было выгодно? Только для врагов России. Больше похоже, что преступление организовали иностранные шпионы. Или изменники. Специально так, чтобы свалить вину на Годунова. Чтобы у русских начались междоусобицы. А может быть и так, что за границей уже придумали будущую операцию. Убить настоящего Дмитрия, а потом забросить к нам ложного.
В Углич послали стрельцов, усмирили бунт. Отправили туда комиссию для расследования. Но и Годунов стал хитрить. Он понял, что раскрыть правду очень трудно. А положение было напряжённое, война. Борис решил — чтобы успокоить людей и прекратить вредные слухи, лучше просто замять дело. Руководить комиссией он назначил Василия Шуйского. Вроде бы даже своего противника. Он был наказан за измену вместе со своими братьями, Андреем и Иваном. Какое-то время сидел в тюрьме. Но он был перепуган. Годунов освободил его, и Василий готов был сделать что угодно, только бы не возвращаться в темницу. По указаниям Бориса Шуйский побыстрее провёл следствие и объявил — никакого убийства не было. Просто несчастный случай. Дескать, у царевича была болезнь, случился приступ, он сам упал и напоролся шеей на свой ножик. Нагие были действительно виноваты — без суда и следствия натравили народ на чиновников, перебили всю городскую администрацию. Марию постригли в монахини, её братьев посадили, участников мятежа сослали в Сибирь.
А царице Ирине помогло английское лечение. В 1592 году она родила дочку Феодосию. Счастье царя было неописуемым. На радостях он простил всех осуждённых преступников, сосланных бояр. Но дочка прожила недолго, вскоре умерла. Государь горевал, целыми днями молился, ездил по святым местам. А из пяти членов совета при царе, назначенных Иваном Грозным, остался один Годунов. Теперь Фёдор Иванович доверил ему все дела, присвоил новый титул — правитель государства.
Но Борис любил иностранцев, ему нравились многие порядки за границей. Подати там были гораздо больше, чем в России, и Борис тоже стал их увеличивать. В Польше, в Прибалтике, Швеции крестьяне были крепостными. Годунов доказал царю, что полезно и у нас следать так же. В 1593 году отменили закон, разрешавший крестьянам на Юрьев день уйти в другое место. Отныне крестьяне становились крепостными. Обязаны были работать на тех хозяев, где живут. Как раз из-за этого родилась поговорка о каком-то неприятном известии: «Вот тебе, бабушка, и Юрьев день».