По сохранившимся черновикам можно судить, с каким упорством и напряжением работал Менделеев в поисках правильного расположения каждого элемента в таблице. Однажды он закупил пустые визитные карточки и на каждой написал с одной стороны название элемента, а с другой — атомный вес и формулы его различных соединений. Часы и дни проводил ученый, раскладывая их на большом квадратном столе, порою за ним и засыпая. В пасмурный февральский день 1869 года домочадцы слышали доносившиеся из его кабинета возгласы: «У-у-у! Рогатая. Ух, какая рогатая! Я те одолею. Убью-у!» Они знали, что это означает высшую степень творческого возбуждения. Вечером Дмитрий Иванович переписал набело таблицу под названием «Опыт системы элементов, основанный на их атомном весе и химическом сходстве». Сделав пометки для типографских наборщиков, он поставил дату: «17 февраля 1869 года.» Этот день считается днем рождения периодического закона, современная формулировка которого такова: «Свойства простых веществ, а также формы и свойства элементов находятся в периодической зависимости от заряда ядер их атомов».
Мировое научное сообщество не сразу оценило это открытие. Уж очень многое оно меняло в сложившихся представлениях. Так, немецкий физико-химик В. Оствальд, будущий лауреат Нобелевской премии, утверждал, что открыт не закон, а принцип классификации «чего-то неопределенного». Его соотечественник Р. Бунзен, открывший в 1861 году два новых элемента — рубидий и цезий, говорил, что Менделеев увлекает химиков «в надуманный мир чистых абстракций». Профессор Лейпцигского университета Г. Кольбе назвал открытие «спекулятивным».
Сдержанно отнеслись к нему и русские химики. Зачитанный Н. Меншуткиным по просьбе отсутствовавшего Менделеева доклад «Соотношение свойств с атомным весом элементов» на заседании недавно созданного Русского химического общества не произвел впечатления на специалистов. Академик Н. Н. Зинин заявил, что Менделеев делает не то, чем следует заниматься настоящему исследователю. Правда, через два года, прочитав статью Дмитрия Ивановича «Естественная система элементов и применение ее к указанию свойств некоторых элементов», Зинин изменил свое мнение и написал автору: «Очень, очень хорошо; премного отличных сближений, дай Бог Вам удачи в опытном подтверждении Ваших выводов».
Периодический закон давал возможность предсказать существование еще не известных науке элементов. В столбце под алюминием Менделеев оставил место для его аналога «экаалюминия», под бором — для «экабора», а под кремнием — для «экасилиция». Так он назвал еще неоткрытые химические элементы и даже присвоил им соответствующие символы.
И вот в 1875 году французский химик Лекок де Буабодран открыл предсказанный Менделеевым «экаалюминий», назвал его галлием и заявил: «Я думаю нет необходимости настаивать на огромном значении подтверждения теоретических выводов господина Менделеева». Спустя четыре года известный химик Л. Нильсон открыл скандий и сказал: «Не остается никакого сомнения, что в “скандии” открыт “экабор”… Так подтверждаются нагляднейшим образом соображения русского химика, которые не только дали возможность предсказать существование скандия и галлия, но и предвидеть заранее их важнейшие свойства». В 1886 году профессор Горной академии во Фрайбурге немецкий химик К. Винклер при анализе редкого минерала аргиродита обнаружил еще один элемент — предсказанный Менделеевым «экасилиций» — и назвал его германием.
Ясное понимание того, что место элемента в системе выражает его связи, отношения с ближайшими соседями по системе, а через них и со всеми остальными элементами определило научное превосходство Менделеева перед всеми оппонентами. В системе действительно отразился закон природы. Понимая систему, зная, например, через какой промежуток повторяются свойства элементов и как они меняются в пределах одного периода от одного элемента к другому, можно было целенаправленно вести поиск новых элементов, представляя, как, примерно, будут выглядеть «незнакомцы», если обнаружатся.
В то же время предугадать существование группы благородных газов Менделеев не смог. Им поначалу не нашлось места в периодической системе. Поэтому открытие английским учеными У. Рамзаем и Дж. Релеем в 1894 году аргона сразу же вызвало бурные дискуссии и сомнения в периодическом законе и периодической системе элементов. После нескольких лет раздумий Менделеев согласился с присутствием в предложенной им системе «нулевой» группы химических элементов, которую заняли другие благородные газы, открытие вслед за аргоном. В 1905 году ученый написал: «По-видимому, периодическому закону будущее не грозит разрушением, а только надстройки и развитие обещает, хотя, как русского, меня хотели затереть, особенно немцы».