В новом, 1882-м году, по возвращении в Петербург они все-таки повенчались. Священник Адмиралтейской церкви в Кронштадте, исполнивший обряд таинства, был за это лишен сана, утешаясь, возможно, лишь хорошим денежным вознаграждением от Менделеевых; но законность брака церковные власти под сомнение не поставили. Молодая семья зажила дружно и счастливо. Через два года после рождения дочери Любы на свет появился сын Иван, еще через два — близнецы Мария и Василий. Возобновились «менделеевские среды». В доме снова появилась студенческая молодежь. Гостей ожидало простое угощение: чай, бутерброды, красное вино. Анна Ивановна сочла нужным в воспоминаниях особо подчеркнуть «отсутствие светских дам (бывали только художницы)» и добавила: «Все чувствовали себя легко и свободно». И еще: «Дмитрий Иванович всегда был как будто в состоянии душевного горения. Я не видела у него никогда ни одного момента апатии. Это был постоянный поток мыслей, чувств, который крушил на своем пути все препятствия».
Вызывает удивление, что при всем своем авторитете в научном мире Д. И. Менделеев не удостоился избрания действительным членом Академии наук, был только членом-корреспондентом. Еще осенью 1874 года академики А. М. Бутлеров и Н. Н. Зинин попытались ввести в Академию Менделеева, написав в своем представлении, что «его право на место в русской Академии наук никто не решится оспаривать…» Но тогда представители других профессий в этом высшем научном учреждении просто решили не открывать дополнительной вакансии для химиков.
Диплом Д. И. Менделеева — иностранного члена Национальной Академии наук США
После смерти Зинина в феврале 1880 года Менделеев был предложен на освободившееся место четырьмя академиками: А. Бутлеровым, Н. Чебышевым, Ф. Овсянниковым и Н. Кокшаровым, — которые старательно подвели итог его работе по чистой и прикладной химии на пользу русской науки, промышленности и сельского хозяйства. И не только для них стало большой неожиданностью, что при голосовании количество голосов «против» на один голос превысило количество голосов «за». В газете «Голос» появилось коллективное заявление, выражавшее недоумение 18 виднейших химиков; Бутлеров в газете «Русь» выступил со статьей, в название которой вынес принципиальный вопрос: «Русская или только императорская Академия наук?» Пафос выступлений был направлен против засилья в Академии иностранцев. «История многих академических выборов показала, что в среде этого учреждения голос людей науки подавляется противодействием темных сил, которые ревниво закрывают двери Академии перед русскими талантами», — писали Менделееву московские профессора.
В прогрессивной либеральной печати «дело Менделеева» получило широчайшую огласку. «Кто они, эти люди науки, посмевшие забаллотировать Менделеева? — спрашивали газеты. — Чем они занимаются? Счетом букв в календарях? Составлением грамматики ашантийского языка, исчезнувшего тысячи лет назад, или решением вопроса: сколько при Сулле назначалось для Рима постоянных судей — 350 или 375?»
Сомневаясь в заслугах иноземных членов Российской Академии, связанных круговой порукой посредственностей, наиболее смелые авторы шли дальше. «Как же винить ветхую Академию, — иронизировала газета “Голос”,— за то, что она отвергла Менделеева, человека крайне беспокойного, — ему до всего есть дело.<…> Он едет в Баку, читает там лекции, учит, как и что делать, съездив предварительно в Пенсильванию, чтобы узнать, как и что там делается; выставил Куинджи картину — он уже на выставке: любуется художественным произведением, изучает его, задумывается над ним и пишет новую мысль, пришедшую ему при взгляде на картину. Как же впустить такого беспокойного человека в сонное царство? Да ведь он, пожалуй, всех разбудит и — чего Боже упаси — заставит работать на пользу родины».
Группа профессоров, преподавателей и студентов физико-математического факультета С.-Петербургского университета (в центре — Д.И. Менделеев). 1875 г.
Множество русских и иностранных университетов в пику Академии избрали Менделеева своим почетным членом. Характерен ответ Дмитрия Ивановича ректору Киевского университета Св. Владимира: «Душевно благодарю Вас и совет Киевского университета. Понимаю, что дело идет об имени русском, а не обо мне. Посеянное на поле научном взойдет на пользу народную».