Карл IV стремился устранить раскол между западной церковью и восточным христианским миром. Он решил восстановить славянскую литургию в кириллической традиции и превратить Чехию в центр славянского церковного просвещения — для этого в Прагу были призваны бенедиктинские монахи, проводившие службы на церковнославянском языке.
Во времена гуситских войн монастырь во многом благодаря славянским традициям избежал опустошения. В период правления императора Рудольфа II монастырь стал католическим. В 1636 году в него пришли бенедиктинцы из каталонского монастыря Монсеррат и оставались в Эмаузах до 1880 года. После образования Республики Чехословакии в 1919 году монастырь отошел было в ведомство Пражской музыкальной консерватории, но уже через год в него вернулись бенедиктинцы и возобновили славянскую литургию.
Во время войны, в 1942 году, гестапо изгнало монахов из монастыря, чтобы разместить там военный госпиталь. При налете союзной авиации 14 февраля 1945 года были разрушены здание костела и своды монастырского здания.
В 1950 году монастырь был национализирован и перешел в ведение Чешской академии наук, а большая часть бенедиктинцев переехала в Италию. После 1989 года монастырь был возвращен верующим, и его помещения заняло бенедиктинское аббатство в Эмаузах.
В 1995 году был закончен первый этап реконструкции монастыря. В 2003 году была закончена реконструкция костела, освящен новый алтарь, а первая месса была отслужена символически в Пасхальный понедельник 21 апреля 2003 года. Трехнефная церковь используется сегодня как выставочный зал.
Именно в этом монастыре возникла глаголическая часть Ремешского Евангелия, на котором с XVI по XVIII век присягали при коронации все французские короли.
В Эмаузском саду на территории монастыря когда-то был языческий могильник. Видимо, по этой причине там по сей день, согласно легендам, бродит всевозможная нечистая сила. Синие огоньки, мелькающие ночью, указывают на спрятанные клады, которые ищет таинственный черный пес.
В самом монастыре обитает привидение чумного монаха, который принес в монастырь Черную смерть, заразив всех его обитателей. С ним мирно сосуществует призрак звонаря, который когда-то срезал веревки у колоколов, чтобы не приветствовать чужеземцев, за что и был убит мечом прямо на лестнице звонницы. Когда звонаря предавали земле, колокола звонили по нему без посторонней помощи. Согласно преданию, они всегда звонят сами, если Праге грозит беда.
Вот еще одна из легенд, которые народ сложил о монахах Эмаузского монастыря.
Тщетно сатана пытался искушать монахов Эмаузского монастыря — слишком они были набожны и богобоязненны. Дьявол насылал на них одно искушение за другим — по ночам им виделись то соблазнительные красавицы, то богатые клады. Но монахи проявили высокую идеологическую стойкость, и владыка ада совсем было махнул на них рукой. Но тут чумазый повар с адской кухни предложил по-своему покорить Эмаузы.
Вскоре у монастырских ворот появился тихий, скромный путник и предложил настоятелю услуги повара. Прежний монастырский повар был дряхлым старцем и с трудом управлялся с котлами. Новенького приняли помощником на монастырскую кухню. Поваренок был скромный и трудолюбивый, и работа у него кипела с утра до ночи. Вскоре старый повар умер: никто не догадался, что коварный поваренок подмешал ему яд. С печалью в сердцах монахи его похоронили, ничего не подозревая.
С тех пор новенький готовил сам. С утра до вечера на столах у братии были курица с капустой, запеченный с золотистой корочкой индюк, бекасы, перепела, заячий паштет, телячье мясо, свинина, баранина, ягнятина; все эти лакомства запивали красным или белым вином. Животы у монахов округлились, лица светились, просыпались они едва к обеду, а каждый вечер пировали до ночи. Во время постов на столе у них были щуки и угри, а потом посты и вовсе перестали соблюдаться. Монахи заплыли жиром и еле передвигались по лестницам и коридорам.
И только настоятель пытался справиться с собой: убегал из-за стола в монастырский сад, забивался в келью или уходил подальше, но все напрасно: когда из кухни неслись аппетитные запахи, ноги сами несли его к столу.
Однажды ночью настоятель, страдавший бессонницей, бродил по коридорам. Его мучил голод — а на кухне, по его мнению, должна была сохраниться от ужина фаршированная гусиная грудка. Подкравшись на цыпочках к двери, он услышал на кухне голоса. Заглянув в замочную скважину, он увидел поваренка, распивающего вино с рогатым собутыльником. Оба торжествовали победу над монахами. Последним усилием воли настоятель взял себя в руки, распахнул дверь и выкрикнул: «Уйди, дух злой и нечистый!» Черти тут же превратились в двух огненных петухов и с диким криком вылетели в открытое окно. А монахи вернулись к своим постам и чистой воде из источника, а вскоре обрели и свой прежний аскетический внешний вид, подобающий священнослужителям.